PDB-9h2w: Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_055

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h2w

タイトル

Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_055

要素

YTH domain-containing protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / YTHDC1 / inhibitor / complex / reader

機能・相同性

機能・相同性情報

primary follicle stage / mRNA alternative polyadenylation / mRNA splice site recognition / dosage compensation by inactivation of X chromosome / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Bedi, R.K. / Caflisch, A.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of YTHDC1 in complex with AI_04
著者: Bedi, R.K. / Caflisch, A.

履歴

登録	2024年10月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h2w.cif.gz	106.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h2w.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h2w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h2w_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h2w_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9h2w_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	9h2w_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/9h2w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9h2tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YTH domain-containing protein 1

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

38.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: YTH domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.760, 103.648, 41.868
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.418, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	YTH domain-containing protein 1 / Splicing factor YT521 / YT521-B 分子量: 18823.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YTHDC1, KIAA1966, YT521 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96MU7
#2: 化合物	ChemComp-A1IR5 / 2-sulfanyl-3~{H}-thieno[2,3-d]pyrimidin-4-one 分子量: 184.239 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₂OS₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25% PEG 3350, 0.2M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96863 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96863 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→40.55 Å / Num. obs: 150574 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 1.56 % / B_iso Wilson estimate: 18.7 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 8.75
反射シェル	解像度: 1.28→1.35 Å / Num. unique obs: 22160 / CC_1/2: 0.472

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.28→40.55 Å / SU ML: 0.1792 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4023
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2208	4077	5.06 %
R_work	0.1976	76427	-
obs	0.1988	80504	95.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→40.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2530	0	52	381	2963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2668
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7673	3622
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0764	393
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	450
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3376	950

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.28-1.3	0.3782	142	0.3394	2537	X-RAY DIFFRACTION	92.76
1.3-1.31	0.3405	143	0.331	2579	X-RAY DIFFRACTION	94.15
1.31-1.33	0.3208	145	0.3251	2607	X-RAY DIFFRACTION	94.77
1.33-1.34	0.3353	134	0.3038	2599	X-RAY DIFFRACTION	94.67
1.34-1.36	0.3625	125	0.2974	2629	X-RAY DIFFRACTION	94.9
1.36-1.38	0.2936	140	0.2892	2621	X-RAY DIFFRACTION	95.37
1.38-1.4	0.3514	123	0.2805	2655	X-RAY DIFFRACTION	95.37
1.4-1.43	0.2853	117	0.2678	2615	X-RAY DIFFRACTION	95.22
1.43-1.45	0.289	131	0.2596	2637	X-RAY DIFFRACTION	95.65
1.45-1.47	0.2697	159	0.2475	2643	X-RAY DIFFRACTION	95.83
1.47-1.5	0.3004	134	0.2365	2603	X-RAY DIFFRACTION	95.6
1.5-1.53	0.2418	153	0.2197	2642	X-RAY DIFFRACTION	95.88
1.53-1.56	0.2349	142	0.2141	2586	X-RAY DIFFRACTION	94.33
1.56-1.59	0.2557	124	0.2041	2654	X-RAY DIFFRACTION	95.33
1.59-1.63	0.2241	141	0.2116	2630	X-RAY DIFFRACTION	96.99
1.63-1.67	0.2259	136	0.2116	2723	X-RAY DIFFRACTION	96.72
1.67-1.72	0.2592	135	0.2077	2619	X-RAY DIFFRACTION	95.49
1.72-1.77	0.2346	134	0.2164	2667	X-RAY DIFFRACTION	96.59
1.77-1.83	0.2493	141	0.217	2692	X-RAY DIFFRACTION	97.45
1.83-1.89	0.2582	144	0.206	2687	X-RAY DIFFRACTION	97.69
1.89-1.97	0.2329	124	0.2031	2701	X-RAY DIFFRACTION	97.68
1.97-2.06	0.1985	134	0.2006	2697	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.06-2.16	0.217	168	0.1922	2672	X-RAY DIFFRACTION	97.29
2.16-2.3	0.2262	174	0.1853	2669	X-RAY DIFFRACTION	97.13
2.3-2.48	0.2125	162	0.19	2653	X-RAY DIFFRACTION	96.7
2.48-2.73	0.2143	144	0.1988	2591	X-RAY DIFFRACTION	94.47
2.73-3.12	0.2229	140	0.1991	2638	X-RAY DIFFRACTION	95.17
3.12-3.93	0.2028	130	0.1701	2620	X-RAY DIFFRACTION	94.02
3.93-40.55	0.1812	158	0.1711	2561	X-RAY DIFFRACTION	91.77

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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