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万見
- PDB-9h2s: a YnaI-MscS chimera in a closed conformation purified in DDM with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h2s
タイトルa YnaI-MscS chimera in a closed conformation purified in DDM with additional lipids showing ligand-filled pore and pockets
要素Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Small-conductance mechanosensitive channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / chimera / mechanosensitive ion channel / MscS-like
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / cellular response to osmotic stress / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel protein YnaI-like / Conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel, conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. ...Mechanosensitive ion channel protein YnaI-like / Conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel, conserved TM helix / Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0003 signature. / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DODECANE / Low conductance mechanosensitive channel YnaI / Small-conductance mechanosensitive channel
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Flegler, V.J. / Bottcher, B. / Rasmussen, T. / Rasmussen, A. / Hedrich, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)343886090 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanosensitive channel engineering: A study on the mixing and matching of YnaI and MscS sensor paddles and pores.
著者: Vanessa J Flegler / Akiko Rasmussen / Rainer Hedrich / Tim Rasmussen / Bettina Böttcher /
要旨: Osmotically varying environments are challenging for bacterial cells. Sudden drops in osmolytes cause an increased membrane tension and rupture the cells in the absence of protective mechanisms. One ...Osmotically varying environments are challenging for bacterial cells. Sudden drops in osmolytes cause an increased membrane tension and rupture the cells in the absence of protective mechanisms. One family of protective proteins are mechanosensitive channels of small conductance that open in response to membrane tension. Although these channels have a common architecture, they vary widely in the number of transmembrane helices, conductivity, and gating characteristics. Although there are various structures of channels in the open and closed state, the underlying common principles of the gating mechanism remain poorly understood. Here we show that YnaI opens by radial relocation of the transmembrane sensor paddles together with a shortening of the pore, which contrasts the prototypic smaller MscS. A chimera of both channels with the YnaI sensor paddles and the pore containing C-terminal part of MscS is functional and has the tension response of the paddle donor. Our research shows that elements with different structural opening mechanisms can be mixed and matched within one channel as long as they support the common area expansion on the periplasmic side.
履歴
登録2024年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Small-conductance mechanosensitive channel
D: Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Small-conductance mechanosensitive channel
B: Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Small-conductance mechanosensitive channel
C: Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Small-conductance mechanosensitive channel
E: Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Small-conductance mechanosensitive channel
F: Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Small-conductance mechanosensitive channel
G: Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Small-conductance mechanosensitive channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,71928
ポリマ－255,1427
非ポリマー3,57721
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Low conductance mechanosensitive channel YnaI,Small-conductance mechanosensitive channel


分子量: 36448.789 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: ynaI, b1330, JW1323, mscS, yggB, b2924, JW2891 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MJF641 / 参照: UniProt: P0AEB5, UniProt: P0C0S1
#2: 化合物...
ChemComp-D12 / DODECANE


分子量: 170.335 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A YnaI-MscS chimera in a closed conformation / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MJF641 / プラスミド: pTrc
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium chlorideNaCl1
250 mMHEPESC8H18N2O4S1
30.03 %DDMC24H46O111
40.1 mg/mlAzolectin1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4 s blotting, blot force +25

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.94 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 9563
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 5 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4粒子像選択
4cryoSPARC4.4CTF補正
10cryoSPARC4.4初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC4.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3067795
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 311990 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 76 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00218508
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3124934
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.3912667
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0382968
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0013087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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