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万見
- PDB-9h2d: Human IFT172 C-terminal U-box domain crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h2d
タイトルHuman IFT172 C-terminal U-box domain crystal structure
要素Intraflagellar transport protein 172 homolog
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Cilia / intraflagellar transport / IFT172 / intracellular trafficking / U-box / ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


hindgut development / sperm cytoplasmic droplet / intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle B / embryonic camera-type eye morphogenesis / sperm principal piece / intraciliary transport / spinal cord motor neuron differentiation / left/right axis specification / ciliary tip ...hindgut development / sperm cytoplasmic droplet / intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle B / embryonic camera-type eye morphogenesis / sperm principal piece / intraciliary transport / spinal cord motor neuron differentiation / left/right axis specification / ciliary tip / Intraflagellar transport / non-motile cilium assembly / positive regulation of smoothened signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / limb development / smoothened signaling pathway / heart looping / roof of mouth development / keratinocyte proliferation / axoneme / cilium assembly / epidermis development / negative regulation of keratinocyte proliferation / Hedgehog 'off' state / Notch signaling pathway / cytoplasmic microtubule organization / sperm midpiece / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / brain development / protein processing / bone development / extracellular vesicle / ciliary basal body / cilium
類似検索 - 分子機能
Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Intraflagellar transport protein 172 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.097 Å
データ登録者Lorentzen, E. / Zacharia, N.K. / Bhogaraju, S.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF23OC0085823 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Intraflagellar transport protein IFT172 contains a C-terminal ubiquitin-binding U-box-like domain involved in ciliary signaling
著者: Lorentzen, E. / Zacharia, N.K. / Bhogaraju, S.
履歴
登録2024年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Intraflagellar transport protein 172 homolog
B: Intraflagellar transport protein 172 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5515
ポリマ－61,0392
非ポリマー5123
水3,189177
1
A: Intraflagellar transport protein 172 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7933
ポリマ－30,5201
非ポリマー2742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Intraflagellar transport protein 172 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7582
ポリマ－30,5201
非ポリマー2381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.967, 90.507, 67.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Intraflagellar transport protein 172 homolog


分子量: 30519.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT172, KIAA1179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UG01
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M Sodium phosphate dibasic dihydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH 9.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.006 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.006 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→46.573 Å / Num. obs: 34038 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.07→2.1 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1631 / CC1/2: 0.777 / Rpim(I) all: 0.483 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
pointlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.097→46.573 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 1564 4.8 %
Rwork0.1893 --
obs0.1917 32557 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.097→46.573 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4128 0 1 177 4306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9525904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6823509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05661
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008768
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0972-2.16490.34781340.35252602X-RAY DIFFRACTION92
2.1649-2.24230.39071460.31932827X-RAY DIFFRACTION100
2.2423-2.33210.35841400.28832821X-RAY DIFFRACTION100
2.3321-2.43820.36661510.26412799X-RAY DIFFRACTION100
2.4382-2.56680.30151520.24412835X-RAY DIFFRACTION100
2.5668-2.72760.29051280.21522830X-RAY DIFFRACTION100
2.7276-2.93810.25821420.20482858X-RAY DIFFRACTION100
2.9381-3.23370.30021260.2012838X-RAY DIFFRACTION100
3.2337-3.70150.23961390.18062850X-RAY DIFFRACTION100
3.7015-4.66280.1911490.14042850X-RAY DIFFRACTION100
4.6628-46.5730.17421570.15222883X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.8411 Å / Origin y: -23.3209 Å / Origin z: 17.3765 Å
111213212223313233
T0.33 Å20.0158 Å20.1808 Å2-0.229 Å2-0.0044 Å2--0.706 Å2
L1.2881 °20.1199 °20.4937 °2-1.4107 °20.3594 °2--1.7332 °2
S0.0095 Å °-0.011 Å °0.0163 Å °-0.1413 Å °-0.032 Å °-0.04 Å °-0.1625 Å °0.052 Å °0.0318 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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