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- PDB-9h15: Crystal structure of OXA-163 in complex with nacubactam -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h15
タイトルCrystal structure of OXA-163 in complex with nacubactam
要素Beta-lactamase
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / beta lactamase / class D / apo
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OP0 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)R102376-101 英国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: Electrostatic interactions influence diazabicyclooctane inhibitor potency against OXA-48-like beta-lactamases.
著者: Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Calvopina, K. / Beer, M. / Hinchliffe, P. / Shaw, J.M. / Tooke, C.L. / Takebayashi, Y. / Cadzow, A.F. / Harmer, N.J. / Mulholland, A.J. / Schofield, C.J. / Spencer, J.
履歴
登録2024年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,29516
ポリマ－55,7392
非ポリマー1,55614
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5070 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.623, 79.043, 126.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27869.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F6KZJ2, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 205分子

#2: 化合物 ChemComp-OP0 / (2S,5R)-N-(2-aminoethoxy)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide


分子量: 326.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18N4O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.09 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.8, 40% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→52.66 Å / Num. obs: 37053 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 34.99 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.18→2.22 Å / 冗長度: 14.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 3661 / CC1/2: 0.327 / Rpim(I) all: 1.171 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.18→52.66 Å / SU ML: 0.2778 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.0944
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 1881 5.08 %
Rwork0.1963 35172 -
obs0.1987 37053 98.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→52.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3910 0 96 191 4197
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00734131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84235570
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.60641524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.240.33321450.31642647X-RAY DIFFRACTION98.03
2.24-2.310.33941290.29032685X-RAY DIFFRACTION98.32
2.31-2.380.32461670.27192626X-RAY DIFFRACTION98.35
2.38-2.460.31161390.25812694X-RAY DIFFRACTION98.75
2.46-2.560.30881540.23232641X-RAY DIFFRACTION98.73
2.56-2.680.25971330.22922692X-RAY DIFFRACTION98.74
2.68-2.820.25791460.20962703X-RAY DIFFRACTION98.85
2.82-30.26651620.19762687X-RAY DIFFRACTION99.2
3-3.230.24131330.18962728X-RAY DIFFRACTION99.24
3.23-3.550.23861400.16862728X-RAY DIFFRACTION99.31
3.55-4.070.21731440.16742603X-RAY DIFFRACTION94.4
4.07-5.130.19451430.15262807X-RAY DIFFRACTION99.7
5.13-52.660.20831460.19222931X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.7612514827-1.5516475270.433683023865.357638213921.209547372896.70643076499-0.0296725824620.543411255274-0.932231847414-0.0204133170813-0.1158079958330.3527987901810.854685932274-0.1308419133480.1324310514080.491278175077-0.0922919032932-0.01578884864770.295828288796-0.04323406206950.236476985211-27.6757195505-12.9698315788-10.1584762468
28.6958994484-0.6294425095112.489762072454.218272909530.561813066895.14228095891-0.09223432955090.26320621891-0.414648257097-0.3866733910750.09258978153560.06268210764790.702746906410.1381739739210.04932473727170.455447228937-0.02162888458950.03664044487350.3038710572760.03150868443810.218636740992-22.1553790339-8.89530896398-6.94186333441
31.968124071251.48947140082.443176497995.310430603442.584920544415.63630981786-0.3298530676050.1352264910150.139581183652-0.6749878998090.296412241825-0.06072236056-0.95413078316-0.0164152430470.05494252737420.256210653755-0.008116676745430.05244660258430.2441202400830.01452435748540.206932968722-24.78396634376.60515029275-4.17322622219
43.76295081150.1497403291692.614510838151.793313830721.03389981963.23702921523-0.505679815958-0.7720982787810.5876459268460.05798452597580.08645548636470.172753510432-0.6086821106-0.8214986929980.4587491898220.5335306861820.161798001031-0.001585449299340.387953663972-0.04083608074170.367842041957-31.881297870116.332484400713.5965642734
54.01093167648-4.53258090264-0.7969801057047.050855235331.361220680330.2677787760830.0424948893621-0.5222424341720.0710290892108-0.239871098236-0.3602508335990.348752867788-0.380412328827-1.194850156740.2442813313610.2786594892790.09195772308250.02555616531780.563775594788-0.05360906234430.256469779297-31.126200110410.093351311713.257287286
66.22083015772-0.735802006176-0.7556209659125.235455677220.1246103327723.05257653922-0.1941402999240.1774354378910.839957705706-0.2120419047530.17949503997-0.117059305887-1.24058194901-0.108635320870.007058920143720.6544025777580.0236890795764-0.1283528543610.2585033408880.01550261395630.299869719714-22.932325588919.30002046010.909807346455
70.9755612451291.018786061610.5098317561081.591326149620.5767762336384.22571970256-0.1014402749520.1404021634610.104803838187-0.2166034281010.0840973395347-0.0413562382304-0.602179533021-0.04602885275630.01701717899560.312422903070.0149493215613-0.008824401573130.248529589297-0.004024508414570.247735315892-19.79265809449.22112223541-1.52916932893
82.123894001390.390462871569-0.1615525216842.489995397341.158850406914.117640709630.03137550863830.0862716105738-0.02950208538860.0976242359942-0.08799818111630.1971806286110.365144353678-0.5333605591720.02943642085980.262234477686-0.04572722605330.01223813846070.2762835813360.02935268705140.240844265671-27.7869798383-5.57746480771.8391634727
94.28775228988-2.42302554698-0.7246786087928.656571850411.534367298876.23030455860.206602728495-0.291643608094-0.2325771002260.934174293148-0.3539755928530.3740071269940.000146982452283-0.5499412731020.1512009524510.310069016982-0.1321357473030.03248461893090.6138732797770.01661680257450.283646813087-28.9797177825-5.67133119341.886145887
104.27007525453-0.455717060351-1.165580327080.782389622981-0.8588018228135.19155643558-0.1587534716-0.37710630727-0.00766209850260.1490954350610.1649695586580.03789440306430.104618098892-0.0448141727994-0.01674283235960.299880714994-0.0395730002512-0.02650062790950.17145825597-0.08503802901850.237324610337-16.3466742847-3.0500710422135.3330521113
113.85151139452-0.374079687962-0.2676979385055.59117531676-0.6676996437333.848278366880.2434415792960.0925023500795-0.253493602732-0.123495739189-0.346846563733-0.2385341417060.7744499235450.6923645208280.09827647413690.3556481686320.115867808390.00554973645990.404957254227-0.02239177113740.209930421307-4.65329549951-13.30971047416.2844883313
122.002951068530.274232629144-0.3918168040571.39381815584-0.5746543681813.664332983410.114587536751-0.209264953202-0.09999216523320.0516630061889-0.0461235868195-0.1060267107730.1151493234770.226045711955-0.07399583303450.260186450844-0.00248576928021-0.02321901983650.213596004008-0.0229267491240.233248230208-13.1033265127-4.3037958547629.3692713445
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 23 through 38 )AA23 - 381 - 16
22chain 'A' and (resid 39 through 56 )AA39 - 5617 - 34
33chain 'A' and (resid 57 through 83 )AA57 - 8335 - 61
44chain 'A' and (resid 84 through 105 )AA84 - 10562 - 83
55chain 'A' and (resid 106 through 119 )AA106 - 11984 - 97
66chain 'A' and (resid 120 through 142 )AA120 - 14298 - 120
77chain 'A' and (resid 143 through 194 )AA143 - 194121 - 172
88chain 'A' and (resid 195 through 261 )AA195 - 261173 - 239
99chain 'B' and (resid 23 through 38 )BG23 - 381 - 16
1010chain 'B' and (resid 39 through 83 )BG39 - 8317 - 61
1111chain 'B' and (resid 84 through 119 )BG84 - 11962 - 97
1212chain 'B' and (resid 120 through 261 )BG120 - 26198 - 239

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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