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万見
- PDB-9h14: Crystal structure of OXA-163 in complex with avibactam -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h14
タイトルCrystal structure of OXA-163 in complex with avibactam
要素(Beta-lactamase) x 2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / beta lactamase / class D / DBO
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-NXL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)R102376-101 英国
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: Electrostatic interactions influence diazabicyclooctane inhibitor potency against OXA-48-like beta-lactamases.
著者: Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Calvopina, K. / Beer, M. / Hinchliffe, P. / Shaw, J.M. / Tooke, C.L. / Takebayashi, Y. / Cadzow, A.F. / Harmer, N.J. / Mulholland, A.J. / Schofield, C.J. / Spencer, J.
履歴
登録2024年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年9月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2039
ポリマ－55,7822
非ポリマー1,4217
水7,296405
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area21090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.600, 122.600, 160.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-413-

HOH

21A-576-

HOH

31A-585-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27912.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F6KZJ2, beta-lactamase
#2: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27869.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
遺伝子: blaOXA-163 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F6KZJ2, beta-lactamase

-
非ポリマー , 6種, 412分子

#3: 化合物 ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-A1IY4 / (2S,5R)-1-methanoyl-5-(oxidanylamino)piperidine-2-carboxamide / avibactam, reacted form


分子量: 187.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL


分子量: 414.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.63 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Tris pH 9.0, 32% PEG 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→106.2 Å / Num. obs: 101172 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 38.7 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 39.1 % / Num. unique obs: 4960 / CC1/2: 0.313 / Rpim(I) all: 0.899 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.56→64.03 Å / SU ML: 0.218 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3352
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1843 5025 4.97 %
Rwork0.1637 96055 -
obs0.1647 101080 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→64.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3932 0 105 405 4442
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00644255
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8585762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0567597
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083745
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3291586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.580.36371640.39473157X-RAY DIFFRACTION99.91
1.58-1.60.4191840.36023108X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.620.35671670.33783194X-RAY DIFFRACTION99.94
1.62-1.640.3411650.3043130X-RAY DIFFRACTION100
1.64-1.660.32881380.29313195X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.680.29941690.26293147X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.70.2911620.24433158X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.730.2651610.23773148X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.760.27841370.21543205X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.790.23071610.20623165X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.820.21121860.20393140X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.850.24581790.20943173X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.890.22541690.21043165X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.920.22261830.2043147X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.970.20921620.17833195X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.010.18791560.15573164X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.060.16171670.15083197X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.120.16231630.15273173X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.180.17931600.15373206X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.250.16721590.15223183X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.330.17781750.16063185X-RAY DIFFRACTION99.97
2.33-2.420.19321780.15543202X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.530.1811760.15843215X-RAY DIFFRACTION99.97
2.53-2.670.17291810.16443209X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.830.19591790.16493210X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.050.17671660.17043255X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.360.17351480.16263274X-RAY DIFFRACTION99.97
3.36-3.850.15681700.13923305X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.850.14061770.123319X-RAY DIFFRACTION100
4.85-64.030.16781830.14793531X-RAY DIFFRACTION99.89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.90939960881-0.25397184073-5.271087665745.93701596385-0.2535247504064.378004987290.4539247281530.1119559557680.6786616886090.315713272728-0.0382007893850.487129769776-0.84867163329-0.304981749268-0.4988782154430.2719989211440.013210244727-0.03848472075660.179361541531-0.004407095768040.32951063782351.21033860047.13680596592-23.4473948535
21.063526586220.102362046950.2470296691131.81493393109-0.2109292460041.0656517659-0.07373331135190.04060932073190.04664400138660.06162298194970.04740046619030.0502336291272-0.0636910982077-0.01619920505420.02433826225410.197827118772-0.01321203685550.008276709804940.165860824838-0.01500907471960.15183569163756.5567403126-13.2031111155-18.3086812355
37.66285610724-4.315885579174.489602453297.99053040558-5.741142540745.400818738770.0458157507828-0.495376853726-0.07595363014870.2495649491220.437024192971.27525074640.010153701533-0.612556524974-0.4837573434250.261960474448-0.1011366278410.1197546987810.395971831718-0.0697523394550.42605046810422.307249381-37.5041860487-21.1394308239
40.8755599434470.230494563515-0.2845794048451.263413585170.294057733581.92798056072-0.008673865537530.03045673662380.04045472084720.00335556196923-0.01500144459450.153128438820.0001200379986-0.1153388631190.02133878070720.158054481753-0.03130338622830.004393312984250.191841471091-0.02494782660120.20473831837337.0507456013-30.4674871085-35.4625526238
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 21 through 38 )AA21 - 381 - 18
22chain 'A' and (resid 39 through 261 )AA39 - 26119 - 241
33chain 'B' and (resid 21 through 38 )BE21 - 381 - 18
44chain 'B' and (resid 39 through 261 )BE39 - 26119 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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