PDB-9h12: Crystal structure of OXA-48 in complex with nacubactam

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h12

タイトル

Crystal structure of OXA-48 in complex with nacubactam

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic resistance / beta lactamase / class D / DBO

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2025
タイトル: Electrostatic interactions influence diazabicyclooctane inhibitor potency against OXA-48-like beta-lactamases.
著者: Hoff, J.F. / Goudar, K.E. / Calvopina, K. / Beer, M. / Hinchliffe, P. / Shaw, J.M. / Tooke, C.L. / Takebayashi, Y. / Cadzow, A.F. / Harmer, N.J. / Mulholland, A.J. / Schofield, C.J. / Spencer, J.

履歴

登録	2024年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h12.cif.gz	231.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h12.ent.gz	185.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h12.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9h12_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h12_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9h12_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	9h12_validation.cif.gz	39.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/9h12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/9h12	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	9h11C 9h13C 9h14C 9h15C 9h16C 9h17C 9h18C 9hpvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.759, 121.759, 159.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-409- HOH
2	1	A-477- HOH
3	1	A-537- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28338.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bla OXA-48, bla_4, blaOXA-48, AI2879V1_5232, GJJ21_26815, KPE71T_00045, SAMEA3727706_05517 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 9種, 362分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-OP0 / (2S,5R)-N-(2-aminoethoxy)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide 分子量: 326.327 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₈N₄O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE 分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.24 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.8, 50% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→60.88 Å / Num. obs: 109282 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.51→1.56 Å / 冗長度: 33.5 % / Num. unique obs: 10755 / CC_1/2: 0.327 / R_pim(I) all: 0.956 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→60.88 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1924	5513	5.04 %
R_work	0.1731	-	-
obs	0.174	109282	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→60.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4000	0	217	329	4546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4439
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	5954
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.544	1669
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	607
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	753

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.53	0.3638	179	0.3378	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.3427	180	0.323	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.56	0.3128	170	0.3049	3417	X-RAY DIFFRACTION	100
1.56-1.58	0.325	182	0.2938	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
1.58-1.6	0.3091	171	0.2663	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.63	0.2477	185	0.2562	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.65	0.2715	185	0.2485	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.65-1.67	0.2736	172	0.2379	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.7	0.2324	179	0.227	3387	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.73	0.2651	176	0.2197	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.76	0.255	209	0.2127	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
1.76-1.79	0.2421	182	0.2086	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.79-1.82	0.2273	196	0.1996	3396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.86	0.2195	190	0.1939	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.9	0.2392	178	0.1993	3458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.95	0.2037	179	0.1773	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.1856	161	0.1623	3471	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.05	0.1612	186	0.1485	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.11	0.168	179	0.151	3442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.18	0.1661	203	0.1478	3433	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.26	0.1579	183	0.1473	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.35	0.1701	167	0.1484	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.45	0.1741	209	0.1462	3447	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.58	0.1803	193	0.1489	3461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.58-2.74	0.1734	182	0.1541	3492	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.96	0.1795	171	0.1483	3521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.96-3.25	0.1662	194	0.1485	3507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.72	0.1565	197	0.1472	3546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.72-4.69	0.1587	178	0.1449	3616	X-RAY DIFFRACTION	100
4.69-60.88	0.2083	197	0.1951	3805	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.959	0.8608	0.2526	4.374	2.7195	5.5326	-0.0034	-0.1421	0.3447	-0.1991	0.2017	-0.3162	-0.5597	0.672	-0.2303	0.1585	-0.0728	-0.0354	0.2276	0.0074	0.278	31.8181	-40.0888	3.2161
2	3.2277	0.9921	1.3293	4.6474	4.1957	8.0908	0.085	-0.0461	0.1905	-0.0018	-0.0792	-0.1469	-0.1424	-0.0311	-0.0423	0.0712	-0.0318	0.0007	0.1127	0.0287	0.1465	27.8145	-45.1652	0.3869
3	6.718	3.8589	0.1245	3.3967	-0.2336	0.68	0.029	-0.0186	-0.1314	0.0426	-0.0236	-0.1353	0.0017	0.1132	-0.0045	0.0739	0.0041	-0.0096	0.1097	-0.0004	0.0735	21.3635	-58.1857	9.4182
4	2.5119	-2.2322	-1.2246	3.0173	2.4755	9.0641	-0.1422	-0.2502	-0.0506	0.5852	0.0601	0.2434	0.0419	-0.3318	0.0981	0.2481	-0.0461	0.0467	0.1819	0.0281	0.1819	2.3846	-61.7847	17.6138
5	6.2736	1.4465	2.8119	4.3992	-2.188	3.6165	-0.0711	-0.1584	0.1368	0.3989	-0.0266	0.2582	-0.0642	-0.3348	0.0887	0.1163	0.0142	0.039	0.1316	-0.0315	0.1371	4.4952	-54.5194	16.772
6	6.8503	-2.4482	-5.1258	2.8627	1.1655	4.8907	-0.1873	-0.1047	-0.2269	0.1767	0.0591	0.0066	0.2906	0.0353	0.1234	0.1175	-0.0222	-0.0432	0.1077	-0.0021	0.1119	14.8149	-69.0728	12.5437
7	2.0869	-0.1884	0.8401	1.1549	-0.7457	1.8832	0.0406	0.0811	-0.0893	-0.0162	-0.0475	-0.037	0.0748	0.1577	0.0062	0.0794	-0.0013	0.0087	0.097	-0.0145	0.0921	18.9908	-61.5861	5.326
8	3.1823	-0.0354	1.5893	1.0734	-0.1787	4.4651	-0.007	-0.0909	0.1769	0.1022	-0.0113	-0.0099	-0.1788	0.1319	0.0396	0.0886	-0.0208	-0.0102	0.0812	-0.0211	0.1228	18.1256	-47.514	7.1821
9	3.0981	1.0208	-1.0269	3.2696	-2.8494	8.1331	-0.0171	-0.1283	0.3796	0.0398	-0.0801	0.1115	-0.5731	0.0761	0.0672	0.1628	-0.0229	-0.0321	0.1164	-0.053	0.2257	20.0552	-38.5128	7.6453
10	4.2852	3.7402	-3.4713	7.4786	-4.4543	4.0076	0.2724	0.0292	0.4239	0.6232	0.0702	0.4436	-0.5474	-0.2617	-0.3436	0.2085	0.089	-0.0087	0.2427	-0.0365	0.2266	-21.4475	-37.5496	5.3983
11	3.5317	-0.5293	-0.3669	8.429	-3.5751	4.1029	0.0153	-0.2315	0.0827	0.1657	-0.1263	0.1522	-0.1798	-0.1761	0.0743	0.0903	0.0357	0.0053	0.2014	-0.0659	0.1509	-18.1779	-43.3128	3.8982
12	2.3785	-0.2361	-0.2143	1.238	-0.0142	1.769	0.0793	0.1109	0.1328	-0.1839	-0.053	-0.0759	-0.0957	0.0249	-0.0269	0.0984	0.007	-0.009	0.1134	0.0077	0.1007	-4.2143	-47.7666	-16.1934
13	2.0559	-2.8981	2.0061	4.9534	-1.651	5.326	-0.0252	0.0862	0.1758	-0.0797	-0.1964	-0.311	-0.0244	0.2863	0.2155	0.0919	-0.0208	0.0139	0.1559	0.0138	0.1903	4.6455	-42.1409	-15.9669
14	1.6187	0.871	-0.4765	2.7386	0.2513	2.5547	-0.0801	0.2197	0.0149	-0.1561	0.085	0.1357	0.0782	-0.1892	-0.0008	0.0723	0.0156	-0.029	0.1483	0.002	0.1231	-10.2442	-53.9326	-20.5831
15	3.2816	-1.5456	1.1655	1.847	-0.3603	2.1578	0.0388	-0.067	-0.1227	-0.047	0.0078	0.1327	0.0929	-0.1041	-0.0455	0.0703	-0.0101	0.001	0.1002	-0.0063	0.1076	-9.3086	-54.1874	-8.1884
16	4.2986	-1.6482	2.3028	3.255	-1.5385	4.1023	-0.0998	-0.0145	0.2601	-0.0329	0.0805	0.0084	-0.299	-0.1585	0.0896	0.0851	0.0173	0.0103	0.1021	-0.0061	0.1386	-6.7608	-40.4661	-7.081
17	2.6148	-1.2769	0.51	3.3015	-1.1656	3.1364	-0.0916	-0.1823	0.293	0.1219	0.0242	-0.0978	-0.3059	-0.0511	0.0718	0.0863	0.02	-0.0126	0.1364	-0.0419	0.1757	-10.0907	-39.0418	0.6437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 39 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 59 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 141 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 195 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 244 through 265 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 21 through 38 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 39 through 58 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 59 through 102 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 103 through 119 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 120 through 155 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 156 through 194 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 195 through 218 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 219 through 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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