PDB-9h03: NMHase, dihydrouridine, 2.1A, CC_mask=0.7859

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9h03

タイトル

NMHase, dihydrouridine, 2.1A, CC_mask=0.7859

要素

N-Methylhydantoinase

キーワード

HYDROLASE / ATPASE / NMH / DHU / ATP-BINDING / CREATINE METABOLISM / HYDROLASE 1

機能・相同性

DIHYDROPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE

機能・相同性情報

生物種

Glutamicibacter protophormiae (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Toedtli, P. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMHase, dihydrouridine, 2.1A, CC_mask=0.7859
著者: Toedtli, P. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2024年10月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9h03.cif.gz	482.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9h03.ent.gz	391.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9h03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9h03_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9h03_full_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示
XML形式データ	9h03_validation.xml.gz	46.2 KB	表示
CIF形式データ	9h03_validation.cif.gz	71.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/9h03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/9h03	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	51451 EMDB 未公開エントリM M: このデータのモデリングに利用したマップデータ
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-Methylhydantoinase

B: N-Methylhydantoinase

ヘテロ分子

281 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, from map, used C2 as constraint, gel filtration

#1: タンパク質	N-Methylhydantoinase 分子量: 140124.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Glutamicibacter protophormiae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-DUC / DIHYDROPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / DIHYDROURACIL 分子量: 114.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: NMHase-DHU complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Glutamicibacter protophormiae (バクテリア)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 7.4
試料	濃度: 0.45 mg/ml / 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
EM embedding	Material: vitreous ice
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / C2レンズ絞り径: 30 µm
撮影	平均露光時間: 1.2 sec. / 電子線照射量: 39 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7046

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性	点対称性: C₂ (2回回転対称)
3次元再構成	解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 430323 / 対称性のタイプ: POINT

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)