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万見
- EMDB-51451: Cryo-EM structure of NMHase in complex with DHU -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51451
タイトルCryo-EM structure of NMHase in complex with DHU
マップデータSharpened map (deepEMhancer) used for modeling
試料
  • 複合体: Complex of NMHase and DHU
    • Other: N-methyl hydantoinase
キーワードN-methyl hydantoinase Creatine catabolism Dihydrouracil DHU inhibitor / HYDROLASE
生物種Glutamicibacter protophormiae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Clairfeuille T / Rudolph M
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of N-methyl hydantoinase reveal large conformational changes during catalysis and a novel prototypic mechanism
著者: Clairfeuille T / Rudolph M
履歴
登録2024年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51451.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51451.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map (deepEMhancer) used for modeling
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 335.872 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 335.872 Å		0.66 Å/pix.
x 512 pix.
= 335.872 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.656 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.09155534 - 2.6548634
平均 (標準偏差)0.00077036786 (±0.018014966)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 335.872 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51451_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map out of last round of non-uniform refinement

ファイルemd_51451_additional_1.map
注釈Unsharpened map out of last round of non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A out of last round of non-uniform refinement

ファイルemd_51451_half_map_1.map
注釈Half-map A out of last round of non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B out of last round of non-uniform refinement

ファイルemd_51451_half_map_2.map
注釈Half-map B out of last round of non-uniform refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of NMHase and DHU

全体名称: Complex of NMHase and DHU
要素
  • 複合体: Complex of NMHase and DHU
    • Other: N-methyl hydantoinase

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超分子 #1: Complex of NMHase and DHU

超分子名称: Complex of NMHase and DHU / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Glutamicibacter protophormiae (バクテリア)

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分子 #1: N-methyl hydantoinase

分子名称: N-methyl hydantoinase / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Glutamicibacter protophormiae (バクテリア)
配列文字列: MKRIGVDVGG TFTDLYFSDD DQRIAVVEKV PSTPHDPSEA VINGIKKLCE KAGVSLSEID QLVHGTTVAT NTALTHTGAE VGMITTEGFR DILHIARHKK PHNFSLQQDL PWQTKPLIKR RYRLTVKERI TAPHGEILVP LDEDEVRQRV RELKTAGVQA IAVCLLHSYL ...文字列:
MKRIGVDVGG TFTDLYFSDD DQRIAVVEKV PSTPHDPSEA VINGIKKLCE KAGVSLSEID QLVHGTTVAT NTALTHTGAE VGMITTEGFR DILHIARHKK PHNFSLQQDL PWQTKPLIKR RYRLTVKERI TAPHGEILVP LDEDEVRQRV RELKTAGVQA IAVCLLHSYL NPEHEQRIGE IVNEEFPEAY LSLSSEIVPL YREYERFSTT ALNAYVGPRV SRYLHRLQEQ AENLGYQREI LLMQSSGGMV PIGEAAKRPV TLMMSGPVGG LIGGMWAAKQ SGFENVVTLD IGGTSADIGV AYQGELRMRH LLDTKIGDHQ AMVPMVDIDT IGAGGGSIAY VDAGGVFRVG PQSAGAVPGP VCYGRGGTEP TSTDAQVLLG RMRPDRILAG SGLDMDLDGA RAAMQGLADK LGMSIEEAAL GALQIQKFGM TQAIEQNSVR RGYDPRDFTL VAAGGAGALF ACEIAAELEV PHVLVPAHPG IIAGIGLLAT DEQYEFVATN RFSFASADAA VIQASYEQLE REANAQLDAE EVPAERRKIV WLADARYEGQ GYEIRFVVPE GPVTTAWLDQ AEAAFHDAHF EEYGHRFKGG TVEVINIRVE ARAVMDELPT PEATQSGSLE NALVETRPVT FQQAGKPVTL DTGFYDRAKM GIGTTFAGPV VIEQYDSTTV IPPGFTGTVD DAGNLVIACP AVTQTVEKLA TPILMRVIGG ALNSAAKEMA SVLFRMSYSS IIRESEDLGA GLFDKDGNVL AESDSTPMFM GSMPKIVKGV ISVLGDDIHD GDVILHNDPY LGATHSPDVA IIEPIFHDGE LVGFAGASGQ LIDNGGAFSG LMVDIQDVQS EGTIFRAVKV YEKGVRQESL IRHILNNTRT PTSNEGDFQA MIAACDLAKS RYLALVERYG RDSVRDAGQF WIDYSERMLR QEIAKIPDGV YETETGYLDD DGRNYGKKLP IVVKVIVEGD EITYDLTGSS EQVPTAYNCA FEGTTVSAFT FITRMMFLDE VAFPVFVPQN EGMLKPLKVI APKGTIFNPN YPAATFSRFS QVQRAVDLAL RALAPVMPER VTAGNSAHIH FMSYSGWDEK QGEYWVYLEV NEGSYGARQD SDGPDSVDNL IANTRNNPIE ELEWRFPMRT DRYELREDPA AAGEYRGGIG IVRENTFLED TAVTCEGERH DSDVPWGAYG GHDGLNASLI KNPGRDGEES WPSKVTGRQL QAGDSLQITV PSGGGFGDPL KRNPLQVLED VLDGFTTTEA ASRDYGVILK TVNGQLTVDL AATAVKRENA VSELSHTN
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES/NaOH pH 7.4, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 30 mM NH4Cl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 301 K / 装置: LEICA PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7046 / 平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 80000

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4) / 使用した粒子像数: 430323
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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