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- PDB-9gy6: Mycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gy6
タイトルMycobacterial cytochrome bc1:aa3 with inhibitor
要素
  • (Cytochrome bc1 complex cytochrome ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 3
  • Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
  • Cytochrome c oxidase polypeptide 4
  • DUF5130 domain-containing protein
  • Secreted protein
  • Superoxide dismutase [Cu-Zn]
  • Transmembrane protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / membrane protein / inhibitor complex / mycobacterium / cytochrome bc
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB ...Protein of unknown function DUF2631 / Protein of unknown function (DUF2631) / Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome c / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Cupredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9Y0 / Chem-9YF / : / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-7 ...Chem-9Y0 / Chem-9YF / : / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / MENAQUINONE-7 / MENAQUINONE-9 / PALMITIC ACID / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Transmembrane protein / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / cytochrome-c oxidase / Uncharacterized protein MSMEG_4692/MSMEI_4575 / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者lamers, M.H. / Verma, A.K.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative853903 スイス
引用
ジャーナル: NPJ Drug Discov / 年: 2025
タイトル: Structural and mechanistic study of a novel inhibitor analogue of cytochrome bc:aa.
著者: Amit K Verma / Robbert Q Kim / Dirk A Lamprecht / Clara Aguilar-Pérez / Sarah Wong / Nicolas Veziris / Alexandra Aubry / José M Bartolomé-Nebreda / Rodrigo J Carbajo / Jennefer Wetzel / Meindert H Lamers /
要旨: Drug-resistant tuberculosis (TB) continues to challenge treatment options, necessitating the exploration of new compounds of novel targets. The mycobacterial respiratory complex cytochrome bc:aa has ...Drug-resistant tuberculosis (TB) continues to challenge treatment options, necessitating the exploration of new compounds of novel targets. The mycobacterial respiratory complex cytochrome bc:aa has emerged as a promising target, exemplified by the success of first-in-class inhibitor Q203 in phase 2 clinical trials. However, to fully exploit the potential of this target and to identify the best-in-class inhibitor more compounds need evaluation. Here, we introduce JNJ-2901, a novel Q203 analogue, that demonstrates activity against multidrug-resistant clinical strains at sub-nanomolar concentration and 4-log reduction in bacterial burden in a mouse model of TB infection. Inhibitory studies on purified enzymes validate the nanomolar inhibitions observed in mycobacterial cells. Additionally, cryo-EM structure analysis of cytochrome bc:aa bound to JNJ-2901 reveals the binding pocket at the menaquinol oxidation site (Qp), akin to other substate analogue inhibitors like Q203 and TB47. Validation of the binding site is further achieved by generating and isolating the JNJ-2901 resistant mutations in , followed by purification and resistance analysis of the resistant cytochrome bc:aa complex. Our comprehensive work lays the foundation for further clinical validations of JNJ-2901.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic study of a novel inhibitor of M. tuberculosis cytochrome bc1:aa3
著者: Lamers, M. / Verma, A. / Kim, R. / Lamprecht, D. / Perez, C.A. / Wong, S. / Veziris, N. / Aubry, A. / Bartolome-Nebreda, J.M. / Carbajo, R. / Wetzel, J.
履歴
登録2024年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin / em_software
Item: _citation.country / _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Data processing / Database references / Experimental summary
Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
B: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
C: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
D: Transmembrane protein
E: Cytochrome c oxidase subunit 2
F: Cytochrome c oxidase subunit 1
G: Cytochrome c oxidase subunit 3
H: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
I: Secreted protein
J: DUF5130 domain-containing protein
L: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
M: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
N: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
O: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
P: Transmembrane protein
Q: Cytochrome c oxidase subunit 2
R: Cytochrome c oxidase subunit 1
S: Cytochrome c oxidase subunit 3
T: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
U: Secreted protein
V: DUF5130 domain-containing protein
X: Superoxide dismutase [Cu-Zn]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)707,79181
ポリマ－662,35022
非ポリマー45,44159
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 6種, 12分子 AMDPHTIUJVLX

#1: タンパク質 Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrA / Rieske iron-sulfur protein / QcrA


分子量: 46383.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4262
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R051
#4: タンパク質 Transmembrane protein / PRSAF1


分子量: 9531.069 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_2575
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QVH4
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome aa3 subunit 4 / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / CtaF


分子量: 15177.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4267
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R056, cytochrome-c oxidase
#9: タンパク質 Secreted protein / CtaJ


分子量: 8365.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4693
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R1B6
#10: タンパク質 DUF5130 domain-containing protein / CtaI


分子量: 15910.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4692, MSMEI_4575
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R1B5
#11: タンパク質 Superoxide dismutase [Cu-Zn] / SOD


分子量: 23232.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: sodC, MSMEG_0835
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QQQ1, superoxide dismutase

-
Cytochrome bc1 complex cytochrome ... , 2種, 4分子 BNCO

#2: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / Cytochrome bc1 reductase complex subunit QcrB / QcrB


分子量: 60262.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: mutations: F156Y, I182M, M189L, D309E, I312A
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4263
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R052, quinol-cytochrome-c reductase
#3: タンパク質 Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / QcrC


分子量: 27874.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4261
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R050, quinol-cytochrome-c reductase

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 3種, 6分子 EQFRGS

#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / CtaC


分子量: 38077.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4268
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R057, cytochrome-c oxidase
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / CtaD


分子量: 64162.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: D806_022970
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A2U9PNL2, cytochrome-c oxidase
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / CtaE


分子量: 22196.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
遺伝子: MSMEG_4260
発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R049, cytochrome-c oxidase

-
非ポリマー , 14種, 270分子

#12: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#13: 化合物
ChemComp-9YF / (2R)-2-(hexadecanoyloxy)-3-{[(S)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5R,6S)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propyl (9S)-9-methyloctadecanoate


分子量: 853.112 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85O13P
#14: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#15: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#16: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-A1IRE / 6-chloranyl-2-ethyl-N-[[4-[2-(trifluoromethylsulfonyl)-2-azaspiro[3.3]heptan-6-yl]phenyl]methyl]imidazo[1,2-a]pyridine-3-carboxamide


分子量: 540.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24ClF3N4O3S
#18: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#19: 化合物 ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#20: 化合物
ChemComp-9Y0 / (2R)-3-(((2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl)oxy)-2-(palmitoyloxy)propyl (E)-octadec-9-enoate


分子量: 717.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76NO8P
#21: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#22: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#23: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#24: 化合物 ChemComp-MQ7 / MENAQUINONE-7 / 2-メチル-3-(3,7,11,15,19,23,27-ヘプタメチル-2,6,10,14,18,22,26-オクタコサ(以下略)


分子量: 648.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H64O2
#25: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: cytochrome bc1:aa3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.667 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00445054
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.79661168
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d25.0277179
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0456454
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0067512

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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