[日本語] English
万見
- PDB-9gxf: Crystal structure of Lotus japonicus CHIP13 extracellular domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gxf
タイトルCrystal structure of Lotus japonicus CHIP13 extracellular domain
要素LysM type receptor kinase
キーワードPLANT PROTEIN / Receptor / carbohydrate binding / immunity / chitin
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / NFP/LYK LysM1 domain / LYK4/5 LysM3 domain / : / LYK3/4/5 LysM2 domain / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain ...: / : / : / NFP/LYK LysM1 domain / LYK4/5 LysM3 domain / : / LYK3/4/5 LysM2 domain / Lysin motif / LysM domain profile. / LysM domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / LysM type receptor kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Lotus japonicus (エボシグサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Gysel, K. / Andersen, K.R.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0071300 デンマーク
Danish Council for Independent Research3103-00137B デンマーク
The Carlsberg FoundationCF21-0139 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for size-selective perception of chitin in plants
著者: Gysel, K. / Hansen, S.B. / Ruebsam, H. / Alsarraf, H.M.A.B. / Madland, E. / Cheng, J.X.J. / Baadegaard, C. / Poulsen, E.C. / Vinther, M. / Fort, S. / Stougaard, J. / Andersen, K.R.
履歴
登録2024年9月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LysM type receptor kinase
B: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,94513
ポリマ－50,0172
非ポリマー3,92811
水9,512528
1
A: LysM type receptor kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6137
ポリマ－25,0091
非ポリマー1,6046
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint35 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.739, 91.902, 92.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LysM type receptor kinase


分子量: 25008.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lotus japonicus (エボシグサ) / 遺伝子: LYS13 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: D3KU00

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 531分子

#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NaAc . 3H2O pH 4.5 23% PEG-3350 / PH範囲: 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→49.49 Å / Num. obs: 61671 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 27.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.02493 / Rrim(I) all: 0.09193 / Net I/σ(I): 14.61
反射 シェル解像度: 1.64→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 4077 / CC1/2: 0.416 / Rpim(I) all: 0.7006 / Rrim(I) all: 2.612

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→49.49 Å / SU ML: 0.2463 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.2106
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2007 2120 3.44 %
Rwork0.1761 59522 -
obs0.177 61642 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3356 0 259 528 4143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00533843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8675293
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0515680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057665
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.97271639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.680.37581360.32173942X-RAY DIFFRACTION99.98
1.68-1.720.30071300.28653876X-RAY DIFFRACTION99.65
1.72-1.770.36251460.31793935X-RAY DIFFRACTION99.88
1.77-1.820.3661400.3233912X-RAY DIFFRACTION99.93
1.82-1.880.28011410.25243936X-RAY DIFFRACTION99.63
1.88-1.940.24951410.19163911X-RAY DIFFRACTION99.9
1.94-2.020.23121400.17873942X-RAY DIFFRACTION99.88
2.02-2.110.18861420.17983931X-RAY DIFFRACTION99.93
2.11-2.230.20881390.18343944X-RAY DIFFRACTION99.76
2.23-2.370.20571390.16553987X-RAY DIFFRACTION99.85
2.37-2.550.20611450.17243986X-RAY DIFFRACTION99.93
2.55-2.80.22791440.17983978X-RAY DIFFRACTION99.95
2.8-3.210.20831420.16663989X-RAY DIFFRACTION99.85
3.21-4.040.171430.1514061X-RAY DIFFRACTION99.76
4.04-49.490.14871520.14994192X-RAY DIFFRACTION99.34
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.48990576613-1.67059869431-2.411920666673.904484209070.9297849322585.36911172053-0.02843599669370.71861841016-0.0564143119319-0.265042821169-0.04302355596060.0490634003956-0.0964879876665-0.2349870029840.1123238544760.275119339708-0.0208243526087-0.03384938757530.363008987211-0.008806838313530.257326152931-13.214353503-12.7265448103-4.99803429545
23.58401827784-2.81030681255-0.5070427278784.274684906481.071710667275.450805872940.0392880748243-0.05437580202470.216785367642-0.0528612724086-0.02063855805060.0387747401875-0.602107967518-0.399073625871-0.06622280560380.149638782534-0.0317644712194-0.03347182381360.209686372304-0.02798456467270.264089936684-14.2528296857-5.541241903698.30853590536
31.75735775003-0.2198663577240.5073907690891.81765784249-0.6753097390272.95287545113-0.0133206336733-0.189962808327-0.03816592289930.0280540401408-0.0033613118232-0.0367180469514-0.01991672546130.01170833519830.0148611960750.14720453652-0.0255964531696-0.00176114570570.221820269029-0.01388847005750.219028272137-6.74966730898-13.809464351917.5744716497
43.61941203908-2.05863284757-1.269918428092.142786094830.8563322918112.830919077810.0699919293698-0.0399265554810.183323633621-0.206415356118-0.077922302601-0.175878233803-0.1993683915230.2633905851840.006656915705790.173518347197-0.04011298069560.002537076914270.194259064940.01035531368280.203723804976-0.7538643941-12.11507697363.18498472088
51.03895491893-0.104158929952-0.08259539447354.081769502241.336142969843.98247668580.05153616416490.0200189417116-0.114068642292-0.0760465551888-0.1396115013620.284069776311-0.0337599118644-0.6453150481220.1093649470570.14487512832-0.00231774444385-0.01574649467720.362397217554-0.03291822181590.265805900226-25.2153497675-13.89550805777.73812694822
65.24199378296-0.765917145082-2.201638067721.540588970760.9649185415578.49133488137-0.0249574972571-0.149815658778-0.3513037270940.0515060289416-0.09659327580290.01338816047840.199172562968-0.695752421745-0.006121237124710.162836684673-0.0535823574629-0.01372536350360.316603959219-0.01939641124150.320443683266-21.8620425254-15.200341361617.0395172194
73.777311366211.0020661943-1.631629901133.9114712692-1.372679014995.22520535904-0.00556861755994-0.486500820378-0.09854329403340.316850176978-0.146331377020.01103539943270.0651660355496-0.007991742809690.1196662803370.24207014027-0.00835556419739-0.01734080095360.296046515964-0.007460184007410.2652155968715.4466328013-12.973743436350.6636930006
83.084049581812.029958261950.4104122280323.09546713427-0.6828192531233.05303882242-0.05689524165710.1028429158160.2975856497530.00113267762637-0.03748504601440.0633366571401-0.3007109192770.284165123580.09205533554050.09871234749310.017359596887-0.0180720091840.1891608247920.02823687064310.29471547050916.8672985464-5.6036019502536.6555592373
93.442252399260.06667474920960.6003360588144.630948701520.4868904609323.945875323210.007907403816550.373893148858-0.0996077375683-0.117857292179-0.003127279723770.008342622609490.2125987829120.0725042710143-0.002727183302230.1435446472780.0175686294783-0.01523936007620.247014982575-0.011036241490.1909324906797.86966292649-18.287379135724.1834477962
101.847948368160.610785915728-0.3510273460470.941900367-0.1407489290532.121792298070.00807664543174-0.01165574060440.1278975402910.051482537535-0.07641597953850.06910807040310.0310907797094-0.08256851479520.05673493791620.1376767788320.0157927566144-0.004818998556840.1922563133820.0005132871902150.2532359482956.38619242373-10.767927551837.4526981201
114.597750082061.225788260460.01008610280081.58495312286-0.009757006713661.308262750050.0963135708783-0.1936725213870.3421596971010.172274174614-0.09271241943440.235575112773-0.0427889652806-0.138423790392-0.005486127940750.1683005546950.001394433718050.0241564644650.198029126623-0.009214201965490.2333461486543.80949385423-9.5800608662942.5323751253
124.135808871081.22460772371-0.2108072411015.8003063938-1.198094303733.101064044070.03755177886360.0519695185947-0.0374775931901-0.141859279548-0.205244433298-0.5022044384580.1357310073460.6028981142630.1374580806980.1575568769250.04223374241670.01495297365710.3388552391010.04863373798320.26962317377528.0989611781-13.352840660935.1396974017
135.399437708232.46792232916-3.320320842227.84792659547-0.4429467442963.9768940824-0.01177855550840.187130036986-0.1117724796840.280069197293-0.02070534618580.0225104441970.2268130533430.1878856589860.02093061348380.2597576346520.0460314816131-0.01204033689210.2620478651180.02245641406040.31889220876925.346307804-18.689149567146.0917751565
145.09566658208-0.79867692849-1.916115054521.344929493280.9360418210288.811624548480.02186982678030.573771352252-0.135406164114-0.02187001907-0.0956070459927-0.0419326748640.4802340932170.3857842049110.03315826161430.2032988091710.0578632624926-0.01027994257060.3251850050350.01975881044610.30290150492323.9837898189-15.722880352728.4858445002
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 34 through 48 )AA34 - 482 - 16
22chain 'A' and (resid 49 through 69 )AA49 - 6917 - 37
33chain 'A' and (resid 70 through 130 )AA70 - 13038 - 98
44chain 'A' and (resid 131 through 182 )AA131 - 18299 - 150
55chain 'A' and (resid 183 through 234 )AA183 - 234151 - 202
66chain 'A' and (resid 235 through 250 )AA235 - 250203 - 218
77chain 'B' and (resid 34 through 48 )BJ34 - 482 - 16
88chain 'B' and (resid 49 through 69 )BJ49 - 6917 - 37
99chain 'B' and (resid 70 through 108 )BJ70 - 10838 - 76
1010chain 'B' and (resid 109 through 143 )BJ109 - 14377 - 111
1111chain 'B' and (resid 144 through 182 )BJ144 - 182112 - 150
1212chain 'B' and (resid 183 through 222 )BJ183 - 222151 - 190
1313chain 'B' and (resid 223 through 234 )BJ223 - 234191 - 202
1414chain 'B' and (resid 235 through 250 )BJ235 - 250203 - 218

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る