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- PDB-9gwt: crystal structure of 23ME-00610 Fab in complex with human CD200R1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gwt
タイトルcrystal structure of 23ME-00610 Fab in complex with human CD200R1
要素
  • (23ME-00610 Fab ...) x 2
  • Isoform 1 of Cell surface glycoprotein CD200 receptor 1
キーワードANTITUMOR PROTEIN / 23ME-00610 / human CD200R1 / immune checkpoint inhibitor / immuno-oncology
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin receptor activity / glycosylated region protein binding / negative regulation of T cell migration / negative regulation of macrophage migration / negative regulation of neuroinflammatory response / regulation of neuroinflammatory response / heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-6 production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity ...immunoglobulin receptor activity / glycosylated region protein binding / negative regulation of T cell migration / negative regulation of macrophage migration / negative regulation of neuroinflammatory response / regulation of neuroinflammatory response / heterotypic cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-6 production / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / receptor complex / intracellular signal transduction / external side of plasma membrane / cell surface / signal transduction / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cell surface glycoprotein CD200 receptor / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell surface glycoprotein CD200 receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Huang, Y.M. / Ganichkin, O.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Mabs / 年: 2024
タイトル: CD200R1 immune checkpoint blockade by the first-in-human anti-CD200R1 antibody 23ME-00610: molecular mechanism and engineering of a surrogate antibody.
著者: Melero, C. / Budiardjo, S.J. / Daruwalla, A. / Larrabee, L. / Ganichkin, O. / Heiler, A.J. / Fenaux, J. / Chung, B. / Fuh, G. / Huang, Y.M.
履歴
登録2024年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 23ME-00610 Fab (heavy)
L: 23ME-00610 Fab (light)
P: Isoform 1 of Cell surface glycoprotein CD200 receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2629
ポリマ－78,7503
非ポリマー3,5116
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9610 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area31660 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)98.654, 98.654, 279.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質 Isoform 1 of Cell surface glycoprotein CD200 receptor 1 / CD200 cell surface glycoprotein receptor / Cell surface glycoprotein OX2 receptor 1


分子量: 29882.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CD200R1, CD200R, CRTR2, MOX2R, OX2R, UNQ2522/PRO6015
細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TD46

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 23ME-00610 Fab (heavy) / 23ME-00610 Fab


分子量: 24980.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fab Heavy chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 23ME-00610 Fab (light) / 23ME-00610 Fab


分子量: 23887.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Fab light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 4種, 5分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 26分子

#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Sodium Cacodylate 0.1M, Glycerol 10% (v/v), NaCl 1M, PEG 600 30.0% (w/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.887→93.031 Å / Num. obs: 27539 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 25.1 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.887→3.077 Å / Num. unique obs: 1377 / CC1/2: 0.618

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→93.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 28.716 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.57 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1362 4.9 %RANDOM
Rwork0.2018 ---
obs0.2036 26177 86.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 224.29 Å2 / Biso mean: 108.553 Å2 / Biso min: 59.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.82 Å2-0 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→93.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4845 0 234 25 5104
Biso mean--165.19 76.91 -
残基数----632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0125151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0210.0164511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9511.677071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5771.55810577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1715634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg1.955517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.810717
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0450.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8677.0232539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8667.0232539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.11910.5263172
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.962 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 4 -
Rwork0.338 141 -
obs--6.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.77360.5870.14763.07010.99243.4428-0.0753-0.2357-0.0565-0.1050.04660.19420.0189-0.05310.02880.0327-0.0022-0.01920.29490.06520.2494-12.07430.1815.854
24.88080.4576-3.30591.7125-0.17056.7089-0.17790.2674-0.7355-0.5045-0.0767-0.12540.593-0.16920.25470.4934-0.0491-0.11120.1516-0.02560.4208-7.99919.244-20.272
34.88950.1459-2.03842.98050.72785.81750.1196-0.38550.5901-0.0517-0.0182-0.0788-0.58410.4098-0.10130.2006-0.1245-0.0890.34240.02940.27213.39744.9869.33
46.5371.05320.87213.3743-0.41173.6154-0.02310.24750.0281-0.4894-0.08870.27450.0872-0.16540.11180.3441-0.0481-0.07090.09370.00140.1704-6.93435.579-18.523
54.1823-1.2496-2.81822.56772.02173.2112-0.11920.3551-0.0641-0.1060.04480.268-0.06630.05220.07440.23130.0477-0.10440.4355-0.07830.4182-10.16749.30742.168
69.2019-1.2535-0.85112.0402-0.12192.999-0.0272-0.18050.04660.0509-0.01470.34890.0022-0.32090.04190.44390.0168-0.02590.2265-0.05980.4593-36.84657.21754.732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2L112 - 255
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4H120 - 300
5X-RAY DIFFRACTION5P1 - 151
6X-RAY DIFFRACTION6P152 - 400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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