PDB-9gwz: Crystal structure of 23ME-00610 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gwz

タイトル

Crystal structure of 23ME-00610 Fab

要素

(23ME-00610 Fab ...) x 2

キーワード

ANTITUMOR PROTEIN / 23ME-00610 / human CD200R1 / immune checkpoint inhibitor / immuno-oncology

機能・相同性

PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Huang, Y.M. / Ganichkin, O.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2024
タイトル: CD200R1 immune checkpoint blockade by the first-in-human anti-CD200R1 antibody 23ME-00610: molecular mechanism and engineering of a surrogate antibody.
著者: Melero, C. / Budiardjo, S.J. / Daruwalla, A. / Larrabee, L. / Ganichkin, O. / Heiler, A.J. / Fenaux, J. / Chung, B. / Fuh, G. / Huang, Y.M.

履歴

登録	2024年9月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gwz.cif.gz	370 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gwz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gwz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/9gwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/9gwz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gwtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

HHH: 23ME-00610 Fab (heavy)

LLL: 23ME-00610 Fab (light)

AAA: 23ME-00610 Fab (heavy)

BBB: 23ME-00610 Fab (light)

CCC: 23ME-00610 Fab (heavy)

DDD: 23ME-00610 Fab (light)

EEE: 23ME-00610 Fab (heavy)

FFF: 23ME-00610 Fab (light)

ヘテロ分子

197 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

HHH: 23ME-00610 Fab (heavy)

LLL: 23ME-00610 Fab (light)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

AAA: 23ME-00610 Fab (heavy)

BBB: 23ME-00610 Fab (light)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: 23ME-00610 Fab (heavy)

DDD: 23ME-00610 Fab (light)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

EEE: 23ME-00610 Fab (heavy)

FFF: 23ME-00610 Fab (light)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	225.274, 67.447, 136.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.710, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	HHH	A	1 - 219	1 - 219
2	2	1	GLU	GLU	LYS	LYS	AAA	C	1 - 219	1 - 219
3	3	2	GLU	GLU	LYS	LYS	HHH	A	1 - 219	1 - 219
4	4	2	GLU	GLU	LYS	LYS	CCC	E	1 - 219	1 - 219
5	5	3	GLU	GLU	PRO	PRO	HHH	A	1 - 218	1 - 218
6	6	3	GLU	GLU	PRO	PRO	EEE	G	1 - 218	1 - 218
7	7	4	ASP	ASP	GLY	GLY	LLL	B	1 - 216	1 - 216
8	8	4	ASP	ASP	GLY	GLY	BBB	D	1 - 216	1 - 216
9	9	5	ASP	ASP	GLY	GLY	LLL	B	1 - 216	1 - 216
10	10	5	ASP	ASP	GLY	GLY	DDD	F	1 - 216	1 - 216
11	11	6	ASP	ASP	GLY	GLY	LLL	B	1 - 216	1 - 216
12	12	6	ASP	ASP	GLY	GLY	FFF	H	1 - 216	1 - 216
13	13	7	GLU	GLU	LYS	LYS	AAA	C	1 - 219	1 - 219
14	14	7	GLU	GLU	LYS	LYS	CCC	E	1 - 219	1 - 219
15	15	8	GLU	GLU	PRO	PRO	AAA	C	1 - 218	1 - 218
16	16	8	GLU	GLU	PRO	PRO	EEE	G	1 - 218	1 - 218
17	17	9	ASP	ASP	GLU	GLU	BBB	D	1 - 217	1 - 217
18	18	9	ASP	ASP	GLU	GLU	DDD	F	1 - 217	1 - 217
19	19	10	ASP	ASP	GLU	GLU	BBB	D	1 - 217	1 - 217
20	20	10	ASP	ASP	GLU	GLU	FFF	H	1 - 217	1 - 217
21	21	11	GLU	GLU	PRO	PRO	CCC	E	1 - 218	1 - 218
22	22	11	GLU	GLU	PRO	PRO	EEE	G	1 - 218	1 - 218
23	23	12	ASP	ASP	GLU	GLU	DDD	F	1 - 217	1 - 217
24	24	12	ASP	ASP	GLU	GLU	FFF	H	1 - 217	1 - 217

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24

-
抗体 , 2種, 8分子 HHHAAACCCEEELLLBBBDDDFFF

#1: 抗体	23ME-00610 Fab (heavy) / 23ME-00610 Fab 分子量: 24980.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Heavy chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	23ME-00610 Fab (light) / 23ME-00610 Fab 分子量: 23887.381 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 765分子

#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: MPD 50.0% v/v; NH4H2PO4 0.20M; Tris-HCL 0.10M pH 8.50

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→95.167 Å / Num. obs: 112044 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.12→2.157 Å / R_merge(I) obs: 1.178 / Num. unique obs: 5684 / CC_1/2: 0.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.12→67.106 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 8.337 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.203 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2562	5592	5.004 %
R_work	0.2182	106164	-
all	0.22	-	-
obs	-	111756	97.543 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.299 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.704 Å²	-0 Å²	-2.166 Å²
2-	-	-1.222 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.459 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→67.106 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13091	0	61	749	13901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	13653
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	12496
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.599	0.05	7
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.391	1.642	18666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.105	1.571	28955
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.572	5	1777
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.298	23.596	570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.995	15	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.149	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	1813
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	15631
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.147	0.2	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.151	0.2	10818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.141	0.2	6164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	6089
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.075	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.151	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.967	4.588	7057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.967	4.588	7056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.174	6.863	8851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.174	6.864	8852
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.022	4.746	6596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.022	4.746	6597
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.26	7.031	9815
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.26	7.031	9816
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.634	52.104	13841
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.598	51.995	13723
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.027	0.05	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.03	0.05	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.023	0.05	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.019	0.05	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.015	0.05	2394
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.019	0.05	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.025	0.05	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.031	0.05	2188
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.017	0.05	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.015	0.05	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.03	0.05	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.015	0.05	2431

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02703	0.05
1	2	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02703	0.05
2	3	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0299	0.05
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0299	0.05
3	5	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02252	0.05
3	6	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02252	0.05
4	7	LLL	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01922	0.05
4	8	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01922	0.05
5	9	LLL	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0153	0.05
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0153	0.05
6	11	LLL	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01928	0.05
6	12	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01928	0.05
7	13	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02466	0.05
7	14	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02466	0.05
8	15	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03096	0.05
8	16	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03096	0.05
9	17	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01694	0.05
9	18	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01694	0.05
10	19	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01451	0.05
10	20	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01451	0.05
11	21	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03029	0.05
11	22	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03029	0.05
12	23	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01478	0.05
12	24	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.01478	0.05

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.175	0.384	439	0.392	7813	X-RAY DIFFRACTION	97.5875
2.175-2.235	0.385	405	0.366	7699	X-RAY DIFFRACTION	98.8654
2.235-2.299	0.379	268	0.349	5286	X-RAY DIFFRACTION	69.6863
2.299-2.37	0.312	431	0.295	7303	X-RAY DIFFRACTION	99.9871
2.37-2.448	0.292	363	0.27	7167	X-RAY DIFFRACTION	100
2.448-2.534	0.304	386	0.26	6897	X-RAY DIFFRACTION	99.9863
2.534-2.629	0.28	343	0.241	6680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.737	0.281	310	0.242	6463	X-RAY DIFFRACTION	99.9262
2.737-2.858	0.246	330	0.212	6156	X-RAY DIFFRACTION	100
2.858-2.998	0.265	311	0.213	5889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.998-3.16	0.254	294	0.217	5602	X-RAY DIFFRACTION	99.983
3.16-3.351	0.267	287	0.215	5342	X-RAY DIFFRACTION	99.9645
3.351-3.583	0.254	269	0.215	4960	X-RAY DIFFRACTION	99.4296
3.583-3.869	0.214	229	0.198	4667	X-RAY DIFFRACTION	99.4112
3.869-4.238	0.209	226	0.184	4292	X-RAY DIFFRACTION	99.6471
4.238-4.738	0.191	197	0.157	3910	X-RAY DIFFRACTION	99.9757
4.738-5.47	0.234	186	0.181	3456	X-RAY DIFFRACTION	99.9177
5.47-6.697	0.226	148	0.216	2941	X-RAY DIFFRACTION	99.9353
6.697-9.459	0.22	107	0.174	2326	X-RAY DIFFRACTION	99.9179
9.459-67.106	0.327	63	0.217	1315	X-RAY DIFFRACTION	99.3511

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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