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- PDB-9gvu: Human Rab27A in complex with cyclic peptide IMP-2660 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gvu
タイトルHuman Rab27A in complex with cyclic peptide IMP-2660
要素
  • Cyclic peptide IMP-2660
  • Ras-related protein Rab-27A
キーワードEXOCYTOSIS / Macrocyclic peptides / mRNA display / Rab27A / PPI inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / melanosome localization / natural killer cell degranulation / exosomal secretion / Weibel-Palade body / exocytic vesicle / multivesicular body sorting pathway ...multivesicular body organization / cytotoxic T cell degranulation / positive regulation of constitutive secretory pathway / positive regulation of regulated secretory pathway / melanosome localization / natural killer cell degranulation / exosomal secretion / Weibel-Palade body / exocytic vesicle / multivesicular body sorting pathway / melanocyte differentiation / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / melanosome membrane / melanosome transport / multivesicular body membrane / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / complement-dependent cytotoxicity / Insulin processing / synaptic vesicle transport / antigen processing and presentation / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / exocytosis / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / positive regulation of exocytosis / protein secretion / photoreceptor outer segment / positive regulation of phagocytosis / secretory granule / small monomeric GTPase / specific granule lumen / blood coagulation / GDP binding / melanosome / late endosome / G protein activity / lysosome / apical plasma membrane / protein domain specific binding / GTPase activity / dendrite / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rab27a/b / : / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ras-related protein Rab-27A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Petracca, R. / Tersa, M. / De Vita, E. / Morgan, M.R. / Cota, E. / Tate, E.W.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKC29637/A20781 英国
Cancer Research UKC29637/A26892 英国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission797995European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A potent macrocyclic peptide modulator of Rab27a identified by RaPID screening
著者: Petracca, R. / Tersa, M. / De Vita, E. / Morgan, M.R. / Cota, E. / Tate, E.W.
履歴
登録2024年9月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-27A
B: Ras-related protein Rab-27A
D: Cyclic peptide IMP-2660
F: Cyclic peptide IMP-2660
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,73022
ポリマ－45,3474
非ポリマー2,38218
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9760 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area17280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.357, 72.714, 91.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABDF

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-27A / Rab-27 / GTP-binding protein Ram


分子量: 20953.697 Da / 分子数: 2 / 変異: Q78L, C123S, C188S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Missing hypervariable C-terminal (193-221) / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB27A, RAB27
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P51159, small monomeric GTPase
#2: タンパク質・ペプチド Cyclic peptide IMP-2660


分子量: 1719.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 193分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M NH4SO4, 0.1 MES, pH 6.0, 15% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.097→56.97 Å / Num. obs: 28187 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.951 / Net I/σ(I): 4.39
反射 シェル解像度: 2.097→2.172 Å / Num. unique obs: 2727 / CC1/2: 0.821

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→56.97 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1405 5 %
Rwork0.1865 --
obs0.189 28107 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→56.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2937 0 267 175 3379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0984394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.205704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004542
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.170.33161170.27052544X-RAY DIFFRACTION97
2.17-2.260.33631250.26122649X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.360.31350.23732643X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.490.30931360.22822647X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.640.28881390.22082644X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.850.29331430.20332673X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.130.23521300.18932681X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.590.21071450.16342691X-RAY DIFFRACTION100
3.59-4.520.19911720.14622691X-RAY DIFFRACTION100
4.52-56.970.20541630.18532839X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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