PDB-9gso: DNA binding domain of J-DNA Binding Protein 3 (JBP3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gso

タイトル

DNA binding domain of J-DNA Binding Protein 3 (JBP3)

要素

DNA binding domain of J-DNA Binding Protein 3 (JBP3)

キーワード

TRANSCRIPTION / J-DNA binding / JBP3 / J-DNA binding protein

機能・相同性

JBP1, DNA-binding domain superfamily / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Leishmania tarentolae (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.615 Å

データ登録者

de Vries, I. / Adamopoulos, A. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024
タイトル: JBP1 and JBP3 have conserved structures but different affinity to base-J.
著者: de Vries, I. / Adamopoulos, A. / Kazokaite-Adomaitiene, J. / Heidebrecht, T. / Fish, A. / Celie, P.H.N. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.

履歴

登録	2024年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gso.cif.gz	109.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gso.ent.gz	64.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gso_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gso_full_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示
XML形式データ	9gso_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	9gso_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/9gso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/9gso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gsqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA binding domain of J-DNA Binding Protein 3 (JBP3)

20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.828, 59.678, 67.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	DNA binding domain of J-DNA Binding Protein 3 (JBP3) 分子量: 20680.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leishmania tarentolae (真核生物) / 遺伝子: LtaPh_3603800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A640KTL4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v polyethylane glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.966 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.615→44.648 Å / Num. obs: 24706 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 21.9 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.4

反射シェル

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.62-1.64	0.79	1069	0.142	1.97	1
8.85-46.83		195		0.038	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定
PDB-REDO	8.01	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.615→44.648 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.328 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	1211	4.909 %
R_work	0.1903	23459	-
all	0.192	-	-
obs	-	24670	99.312 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.777 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.531 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.638 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.893 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.615→44.648 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1375	0	0	117	1492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.016	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.24	1.832	1968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.499	1.582	3212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.922	5.438	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.891	10	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.566	10	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	372
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.155	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.065	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.106	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.208	1.868	687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.187	1.866	686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.535	3.333	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.535	3.333	863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.225	2.325	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.223	2.325	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.09	4.055	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.088	4.055	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.143	23.005	6114
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.105	22.703	6044

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.615-1.657	0.294	84	0.325	1573	0.324	1800	0.915	0.917	92.0555	0.318
1.657-1.703	0.329	89	0.298	1644	0.299	1736	0.922	0.937	99.8272	0.289
1.703-1.752	0.323	86	0.287	1636	0.288	1724	0.935	0.947	99.884	0.271
1.752-1.806	0.26	69	0.274	1620	0.273	1689	0.956	0.956	100	0.252
1.806-1.865	0.318	69	0.254	1527	0.257	1596	0.944	0.964	100	0.224
1.865-1.93	0.234	85	0.238	1476	0.238	1562	0.968	0.967	99.936	0.205
1.93-2.003	0.274	78	0.213	1439	0.217	1519	0.942	0.972	99.8683	0.182
2.003-2.084	0.2	76	0.191	1361	0.191	1437	0.972	0.978	100	0.167
2.084-2.177	0.192	58	0.176	1359	0.177	1417	0.978	0.982	100	0.153
2.177-2.283	0.217	56	0.178	1279	0.18	1336	0.959	0.982	99.9251	0.156
2.283-2.406	0.185	77	0.172	1211	0.173	1288	0.977	0.982	100	0.152
2.406-2.552	0.191	57	0.171	1157	0.172	1215	0.974	0.983	99.9177	0.154
2.552-2.727	0.211	64	0.174	1097	0.176	1162	0.968	0.982	99.9139	0.159
2.727-2.945	0.195	56	0.178	1005	0.179	1061	0.973	0.98	100	0.166
2.945-3.224	0.239	46	0.176	938	0.179	985	0.96	0.98	99.8985	0.174
3.224-3.603	0.224	41	0.178	879	0.18	922	0.964	0.981	99.7831	0.184
3.603-4.155	0.216	36	0.165	760	0.167	797	0.973	0.984	99.8745	0.177
4.155-5.078	0.232	35	0.167	662	0.17	702	0.967	0.983	99.2878	0.182
5.078-7.136	0.213	35	0.212	506	0.212	546	0.969	0.977	99.0842	0.226
7.136-44.648	0.195	14	0.2	330	0.2	346	0.982	0.971	99.422	0.229

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.76 Å / Origin y: -15.668 Å / Origin z: 8.332 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1823 Å²	0.0121 Å²	-0.0039 Å²	-	0.0049 Å²	0.0045 Å²	-	-	0.0114 Å²
L	1.3862 °²	0.7571 °²	-0.8485 °²	-	2.1201 °²	-1.2112 °²	-	-	1.9435 °²
S	-0.0001 Å °	0.0402 Å °	-0.0238 Å °	-0.0358 Å °	0.079 Å °	0.1154 Å °	0.1105 Å °	-0.0723 Å °	-0.0789 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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