PDB-9gsq: DNA binding domain of J-DNA Binding Protein 3 (JBP3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gsq

タイトル

DNA binding domain of J-DNA Binding Protein 3 (JBP3)

要素

DNA binding domain of J-DNA binding protein 3

キーワード

TRANSCRIPTION / J-DNA binding / JBP3 / J-DNA binding protein

機能・相同性

JBP1, DNA-binding domain superfamily / chromatin organization / nucleus / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

de Vries, I. / Adamopoulos, A. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2024
タイトル: JBP1 and JBP3 have conserved structures but different affinity to base-J.
著者: de Vries, I. / Adamopoulos, A. / Kazokaite-Adomaitiene, J. / Heidebrecht, T. / Fish, A. / Celie, P.H.N. / Joosten, R.P. / Perrakis, A.

履歴

登録	2024年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月22日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gsq.cif.gz	220.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gsq.ent.gz	135.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gsq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/9gsq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/9gsq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gsoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DNA binding domain of J-DNA binding protein 3

B: DNA binding domain of J-DNA binding protein 3

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.701, 40.937, 100.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 123.816, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-408- HOH
2	1	B-423- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 86 - 281 / Label seq-ID: 3 - 198

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	DNA binding domain of J-DNA binding protein 3 分子量: 23609.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 遺伝子: LMJF_36_0390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Q239
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.75 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v polyethylane glycol 3,350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.966 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.966 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→83.576 Å / Num. obs: 41694 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.5 Å² / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.73	2.9	0.75	2186	0.736	0.63
9-83.58	3	28.8	304		0.024	93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
DIALS		データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定
PDB-REDO	8.01	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→83.576 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.986 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.107 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2116	2114	5.074 %
R_work	0.174	39551	-
all	0.176	-	-
obs	-	41665	98.357 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.999 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	0 Å²	-0.421 Å²
2-	-	0.315 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.632 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→83.576 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3109	0	48	174	3331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.017	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.164	1.798	4411
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.449	1.575	7245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.689	5.428	421
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.904	10	589
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.252	10	160
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	468
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	811
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	2773
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1631
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.072	0.2	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	110
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.715	2.583	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.708	2.584	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.47	4.597	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.468	4.602	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.492	3.314	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.491	3.313	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.155	5.715	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.151	5.713	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.87	32.275	13721
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.887	32.189	13628
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.112	0.05	6166

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11222	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11222	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.283	171	0.274	2882	0.274	3073	0.94	0.945	99.3492	0.264
1.744-1.792	0.271	163	0.249	2858	0.251	3034	0.954	0.956	99.5715	0.234
1.792-1.844	0.237	154	0.233	2751	0.234	2939	0.962	0.963	98.8431	0.213
1.844-1.901	0.255	121	0.205	2657	0.207	2855	0.962	0.971	97.303	0.182
1.901-1.963	0.235	118	0.192	2587	0.194	2794	0.968	0.976	96.8146	0.169
1.963-2.032	0.189	135	0.18	2545	0.181	2690	0.975	0.979	99.6283	0.159
2.032-2.108	0.214	167	0.17	2392	0.173	2575	0.97	0.981	99.3786	0.15
2.108-2.194	0.194	126	0.157	2377	0.158	2515	0.976	0.985	99.5229	0.142
2.194-2.292	0.179	138	0.156	2268	0.157	2414	0.981	0.985	99.6686	0.141
2.292-2.404	0.199	112	0.16	2193	0.161	2319	0.972	0.984	99.3963	0.148
2.404-2.534	0.207	114	0.153	2036	0.155	2170	0.971	0.985	99.0783	0.146
2.534-2.687	0.186	82	0.152	1932	0.153	2060	0.975	0.985	97.767	0.149
2.687-2.872	0.236	85	0.157	1824	0.16	1968	0.965	0.984	97.002	0.156
2.872-3.102	0.203	77	0.16	1698	0.162	1801	0.971	0.983	98.5564	0.164
3.102-3.398	0.181	76	0.167	1577	0.168	1691	0.977	0.982	97.7528	0.177
3.398-3.798	0.216	76	0.162	1387	0.165	1516	0.969	0.984	96.504	0.184
3.798-4.384	0.187	59	0.16	1250	0.161	1359	0.98	0.984	96.3208	0.189
4.384-5.366	0.243	89	0.174	1023	0.179	1149	0.963	0.982	96.7798	0.216
5.366-7.573	0.274	36	0.234	827	0.236	905	0.96	0.969	95.3591	0.285
7.573-83.576	0.129	15	0.194	486	0.192	533	0.993	0.973	93.9963	0.25

精密化 TLS

S31: -0.0145 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2741	0.3205	0.3203	1.2179	0.077	0.5395	0.0161	0.0407	-0.004	0.1214	0.0077	-0.0037	0.008	-0.0237	0.031	-0.011	0.019	0.0577	0.0096	0.0292	13.2146	0.9364	31.0897
2	0.459	0.0046	0.135	0.5124	0.157	0.3678	0.0599	-0.0028	0.0022	-0.0304	-0.028	-0.1063	-0.1351	-0.0319	0.0209	-0.0052	-0.003	0.087	0.0233	0.0321	-14.0507	-13.0892	12.3862

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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