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- PDB-9gsc: Structure of RmlD from Trichomonas vaginalis is space group P212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gsc
タイトルStructure of RmlD from Trichomonas vaginalis is space group P212121
要素dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Rhamnose / reductase / parasite
機能・相同性RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative
機能・相同性情報
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Liu, Y.-C. / Kamarainen, O. / Acosta-Serrano, A. / Mottram, J.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust80400 英国
引用ジャーナル: Wellcome Open Res / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of RmlD, a dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase from Trichomonas vaginalis
著者: Gabrielsen, M. / Liu, Y.-C. / Kamarainen, O. / Acosta-Serrano, A. / Mottram, J.C.
履歴
登録2024年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年10月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative
B: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative
C: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative
D: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,1814
ポリマ－128,1814
非ポリマー00
水905
1
A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative
B: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0912
ポリマ－64,0912
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative
D: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0912
ポリマ－64,0912
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.400, 108.311, 153.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 31 or resid 36...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 31 or resid 36...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1 through 39 or (resid 40...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1 through 31 or resid 36...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETTHRTHRAA1 - 312 - 32
d_12ASPASPLYSLYSAA36 - 27937 - 280
d_21METMETTHRTHRBB1 - 312 - 32
d_22ASPASPALAALABB36 - 6037 - 61
d_23LEULEULYSLYSBB79 - 27980 - 280
d_31METMETALAALACC1 - 602 - 61
d_32LEULEULYSLYSCC79 - 27980 - 280
d_41METMETTHRTHRDD1 - 312 - 32
d_42ASPASPALAALADD36 - 6037 - 61
d_43LEULEULYSLYSDD79 - 27980 - 280

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.981248516597, 0.00785670927774, 0.192586657884), (0.0140442527661, -0.999427371544, -0.0307845411317), (0.192234512093, 0.0329120210223, -0.980796967385)8.17156509257, -27.567047041, -81.5718223553
2given(-0.987804987003, 0.033499982857, -0.152049527458), (-0.0618284437276, -0.980676527309, 0.185609246352), (-0.142893495996, 0.192746724832, 0.970788416118)13.0139128739, -16.4866940233, 8.5816835945
3given(-0.997852644745, 0.050250830659, 0.0420113483982), (0.0408857853119, 0.978972105894, -0.199854868443), (-0.0511708113634, -0.197708042069, -0.978924449672)21.3022338288, -8.83543431823, -74.4688148254

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要素

#1: タンパク質
dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative


分子量: 32045.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_357160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2FWC8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 00 mM magnesium formate and 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→41.35 Å / Num. obs: 29580 / % possible obs: 89.48 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 54.55 Å2 / CC1/2: 0.866 / Rmerge(I) obs: 0.697 / Net I/σ(I): 27.87
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 1.605 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 2773 / CC1/2: 0.518

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
d*TREKデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→41.35 Å / SU ML: 0.4084 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.8028
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3036 1332 5.03 %
Rwork0.2631 25159 -
obs0.2651 26491 89.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8598 0 0 5 8603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00868760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.496711853
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08171359
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091520
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.95441161
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.03051407626
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.11087465356
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.12325838825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.90.37391420.34472631X-RAY DIFFRACTION95.55
2.9-3.020.41871340.34222655X-RAY DIFFRACTION95.61
3.02-3.150.33641350.33042626X-RAY DIFFRACTION95.14
3.15-3.320.36621470.31172615X-RAY DIFFRACTION94.52
3.32-3.530.36011320.28712635X-RAY DIFFRACTION94.02
3.53-3.80.32571460.26672527X-RAY DIFFRACTION91.26
3.8-4.180.27771410.26352369X-RAY DIFFRACTION84.83
4.18-4.790.26091110.22272237X-RAY DIFFRACTION79
4.79-6.030.28291240.2332231X-RAY DIFFRACTION78.71
6.03-41.350.23251200.21732633X-RAY DIFFRACTION87.45
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92243337463-0.636663217822-0.3065301677234.466904178181.102905176872.24666445569-0.0481191782973-0.0680696814396-0.266006551532-0.05230608976730.08538618159040.09370546990410.1799027995950.0796331606944-0.009012098261750.222420845718-0.0138864406322-0.01372637422840.369121743629-0.03280677289470.21591921574223.4280398104-11.861795552-20.2257376896
21.91771540569-0.441611227231-0.2268222570953.591077595550.6006397685742.47911166084-0.076603002522-0.00235384288945-0.0398187569010.05662455184280.0739594540579-0.0714674454461-0.1805043137590.1019811635150.0129630547890.2095057129480.0162808350998-0.02360648830220.4628877790250.01031241534630.19475621905727.9816693805-13.8474092776-58.146497928
31.542529425370.400586752073-0.3065045092353.59717837021-1.032488249951.792818126680.02203195597220.1146838404920.2794763438630.01699764538050.0957288358736-0.542242862532-0.08489828446920.0387312571772-0.1217905293710.271306406367-0.007477846746270.02688875165440.436716891996-0.09501485507640.572254748244-5.25354918078-15.6856478347-54.4199635983
42.45501161483-0.261632969209-0.9123293306592.30844797406-0.07611047508633.7475494909-0.15986541448-0.261496138396-0.189639223361-0.05732294085340.0433380684307-0.205838138470.1742006872960.1039110615010.09618929381760.300550608751-0.012730402291-0.002503917131220.315539723282-0.07373456750710.589415324272-8.93894280154-9.56136154302-16.540684126
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain B and resseq 0:281)BB0 - 2811 - 282
22(chain A and resseq 1:280)AA1 - 2801 - 262
33(chain C and resseq 1:279)CC1 - 2791 - 275
44(chain D and resseq 0:280)DD0 - 2801 - 274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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