PDB-9gpi: Structure of RmlD from Trichomonas vaginalis is space group P1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gpi

タイトル

Structure of RmlD from Trichomonas vaginalis is space group P1

要素

dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Rhamnose / reductase / parasite

機能・相同性

RmlD-like substrate binding domain / RmlD substrate binding domain / biosynthetic process / NAD(P)-binding domain superfamily / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

機能・相同性情報

生物種

Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Gabrielsen, M. / Liu, Y.-C. / Kamarainen, O. / Acosta-Serrano, A. / Mottram, J.C.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of RmlD from T. vaginalis in space group P1
著者: Gabrielsen, M. / Liu, Y.-C. / Kamarainen, O. / Acosta-Serrano, A. / Mottram, J.C.

履歴

登録	2024年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gpi.cif.gz	527.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gpi.ent.gz	362.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/9gpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

B: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

C: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

B: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative

ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.085, 66.981, 85.822
Angle α, β, γ (deg.)	91.160, 100.656, 116.151
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, putative 分子量: 32045.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし) 遺伝子: TVAG_357160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2FWC8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM magnesium formate and 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9722 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9722 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→52.08 Å / Num. obs: 69087 / % possible obs: 88.23 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.51 Å² / CC_1/2: 0.695 / CC star: 0.906 / R_merge(I) obs: 0.6308 / R_pim(I) all: 0.2915 / Net I/σ(I): 1.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.486 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 1.441 / Num. unique obs: 3179 / CC_1/2: 0.453 / R_pim(I) all: 0.6662 / % possible all: 71.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→52.02 Å / SU ML: 0.4112 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.5509
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2934	3524	5.1 %
R_work	0.2384	65563	-
obs	0.2412	69087	77.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→52.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8851	0	0	69	8920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	9020
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8634	12224
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0523	1406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	1577
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9623	1209

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3675	105	0.3179	1862	X-RAY DIFFRACTION	55.98
2.43-2.47	0.3055	121	0.3148	2078	X-RAY DIFFRACTION	60.71
2.47-2.5	0.4143	129	0.3269	2337	X-RAY DIFFRACTION	69.58
2.5-2.54	0.4441	143	0.3119	2638	X-RAY DIFFRACTION	79.05
2.54-2.59	0.3937	145	0.3208	2734	X-RAY DIFFRACTION	81.7
2.59-2.63	0.3732	125	0.3128	2728	X-RAY DIFFRACTION	79.83
2.63-2.68	0.4072	147	0.3044	2806	X-RAY DIFFRACTION	82.35
2.68-2.73	0.3358	118	0.3004	2677	X-RAY DIFFRACTION	80.41
2.73-2.78	0.3769	174	0.2968	2793	X-RAY DIFFRACTION	82.19
2.79-2.85	0.3696	149	0.295	2693	X-RAY DIFFRACTION	81.67
2.85-2.91	0.3304	141	0.2922	2798	X-RAY DIFFRACTION	81.1
2.91-2.98	0.3931	136	0.2795	2670	X-RAY DIFFRACTION	81.24
2.98-3.07	0.3959	122	0.2732	2766	X-RAY DIFFRACTION	80.54
3.07-3.16	0.3334	158	0.2751	2799	X-RAY DIFFRACTION	83.25
3.16-3.26	0.2879	131	0.2614	2707	X-RAY DIFFRACTION	80.08
3.26-3.37	0.3219	179	0.2584	2740	X-RAY DIFFRACTION	82.41
3.37-3.51	0.3008	129	0.2568	2766	X-RAY DIFFRACTION	81.73
3.51-3.67	0.3525	135	0.2844	2465	X-RAY DIFFRACTION	72.71
3.67-3.86	0.3818	107	0.2736	2487	X-RAY DIFFRACTION	73.69
3.86-4.1	0.298	144	0.2113	2674	X-RAY DIFFRACTION	79.47
4.1-4.42	0.2437	148	0.1948	2696	X-RAY DIFFRACTION	80.16
4.42-4.86	0.195	170	0.1711	2663	X-RAY DIFFRACTION	79.89
4.87-5.57	0.2171	134	0.1766	2700	X-RAY DIFFRACTION	79.52
5.57-7.01	0.2139	176	0.1917	2317	X-RAY DIFFRACTION	70.94
7.02-52.02	0.1879	158	0.1578	2969	X-RAY DIFFRACTION	88.03

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -11.4487198875 Å / Origin y: 16.4740601872 Å / Origin z: 23.2328489759 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.219009288262 Å²	-0.0126038739023 Å²	-0.048901297213 Å²	-	0.308647968549 Å²	-0.00502816397828 Å²	-	-	0.287209249542 Å²
L	0.0566563250298 °²	-0.0865750618732 °²	-0.147667027243 °²	-	0.523793088209 °²	-0.0320390917347 °²	-	-	0.451662069322 °²
S	0.0151773422448 Å °	-0.0478980318838 Å °	0.0151184930559 Å °	0.0083451381276 Å °	0.0272028985463 Å °	0.020086113024 Å °	0.0144085889795 Å °	0.0823675179059 Å °	-0.0409344188628 Å °

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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