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- PDB-9gro: Crystal structure of the engineered C-terminal phosphatase domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gro
タイトルCrystal structure of the engineered C-terminal phosphatase domain from Saccharomyces cerevisiae Vip1 in complex with 1,5-InsP8 (phosphatase dead mutant, loop deletion residues 848-918)
要素Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Inositol pyrophosphate / inositol pyrophosphate phosphatase / histidine acid phosphatase / phytase / enzyme mechanism / GAF domain / phosphate homeostasis
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol hexakisphosphate 4-kinase activity / inositol hexakisphosphate 6-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity / regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol pentakisphosphate kinase activity / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / 5-diphosphoinositol pentakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity ...inositol hexakisphosphate 4-kinase activity / inositol hexakisphosphate 6-kinase activity / inositol hexakisphosphate 3-kinase activity / regulation of bipolar cell growth / inositol-1-diphosphate-2,3,4,5,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol pentakisphosphate kinase activity / diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase / 5-diphosphoinositol pentakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 1-kinase activity / inositol hexakisphosphate 5-kinase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol phosphate biosynthetic process / inositol metabolic process / regulation of microtubule cytoskeleton organization / cytoskeleton / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine acid phosphatase, VIP1 family / VIP1, N-terminal / Diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 N-terminal domain / ATP-grasp fold, RimK-type / RimK-like ATP-grasp domain / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Histidine phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-hexane-1,2,6-triol / Chem-I8P / L-ornithine / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMINE / Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Raia, P. / Hothorn, M.
資金援助 スイス, 米国, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationCRSII5_209412 スイス
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)55008733 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: A small signaling domain controls PPIP5K phosphatase activity in phosphate homeostasis.
著者: Raia, P. / Lee, K. / Bartsch, S.M. / Rico-Resendiz, F. / Portugal-Calisto, D. / Vadas, O. / Panse, V.G. / Fiedler, D. / Hothorn, M.
履歴
登録2024年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
B: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,72932
ポリマ－116,6932
非ポリマー4,03630
水91951
1
A: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,68019
ポリマ－58,3461
非ポリマー2,33318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,04913
ポリマ－58,3461
非ポリマー1,70212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.586, 114.586, 172.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1322-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Inositol hexakisphosphate and diphosphoinositol-pentakisphosphate kinase / InsP6 and PP-IP5 kinase


分子量: 58346.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: VIP1, YLR410W / 細胞株 (発現宿主): Tnao / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: Q06685, diphosphoinositol-pentakisphosphate 1-kinase

-
非ポリマー , 8種, 81分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#4: 化合物 ChemComp-ORN / L-ornithine / オルニチン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 132.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O2
#5: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-I8P / (1R,3S,4R,5S,6R)-2,4,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexane-1,3-diyl bis[trihydrogen (diphosphate)] / 1D-myo-inositol 1,5-bisdiphosphate 2,3,4,6-tetrakisphosphate / D-myo-イノシト-ル2,3,4,6-テトラキスりん酸1,5-ビス二りん酸


分子量: 819.995 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H20O30P8
#8: 化合物 ChemComp-1JW / (2S)-hexane-1,2,6-triol / (-)-1,2,6-Hexanetriol / 6999990


分子量: 134.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus II screen condition H2, 32.5% v/v Precipitant Mix 6: 25% w/v PEG 4000, 40% w/v 1,2,6-Hexanetriol; 0.04M Polyamines: 0.01M Spermine tetrahydrochloride, 0.01M Spermidine ...詳細: Morpheus II screen condition H2, 32.5% v/v Precipitant Mix 6: 25% w/v PEG 4000, 40% w/v 1,2,6-Hexanetriol; 0.04M Polyamines: 0.01M Spermine tetrahydrochloride, 0.01M Spermidine trihydrochloride, 0.01M 1,4-Diaminobutane dihydrochloride, 0.01M DL-Ornithine monohydrochloride; 0.1M Buffer System 4: pH6.5 MOPSO, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→49.68 Å / Num. obs: 54137 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.4 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.36→2.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 8604 / CC1/2: 0.52 / Rrim(I) all: 2.95 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.36→49.68 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 2707 5 %
Rwork0.2279 --
obs0.2302 54125 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→49.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7874 0 142 51 8067
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57211015
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9673295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.410.42631400.38842665X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.450.37091400.35422660X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.50.40091410.3272674X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.560.3391410.31142672X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.620.31671410.29162692X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.680.34161410.30052674X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.750.35031400.31272668X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.840.42281420.33752689X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.930.37441410.30572671X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.030.33831420.27432697X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.150.30211410.26042685X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.30.31151420.26642693X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.470.291420.26342704X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.690.27851430.23022708X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.970.27361430.21822722X-RAY DIFFRACTION100
3.97-4.370.25671440.22730X-RAY DIFFRACTION100
4.37-50.22731430.17932734X-RAY DIFFRACTION100
5-6.30.2611470.21592788X-RAY DIFFRACTION100
6.31-49.680.22381530.18752892X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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