[日本語] English
万見
- PDB-9gqx: influenza neuraminidase mSN1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gqx
タイトルinfluenza neuraminidase mSN1
要素Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza neuraminidase recombinant expression
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Pramila, R. / Paesen, G.C. / Bowden, T.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structure-Guided Loop Grafting Improves Expression and Stability of Influenza Neuraminidase for Vaccine Development
著者: Rijal, P. / Wei, L. / Paesen, G.C. / Stuart, D.I. / Howarth, M.R. / Huang, K.Y.A. / Bowden, T.A. / Townsend, A.R.
履歴
登録2024年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,33412
ポリマ－111,2782
非ポリマー2,05610
水11,151619
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,99224
ポリマ－222,5564
非ポリマー4,43620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area20450 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area51400 Å2
2
B: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,34424
ポリマ－222,5564
非ポリマー3,78820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area20370 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area49690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)92.165, 92.165, 147.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Space group name HallP4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1038-

HOH

21B-1015-

HOH

31B-1034-

HOH

41B-1043-

HOH

51B-1080-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 59 through 469 or resid 701 through 705))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 59 through 469 or resid 701 through 705))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ALAALALYSLYSAA59 - 469101 - 511
d_12CACACACAAE701
d_13CACACACAAF702
d_14NAGNAGNAGNAGAG703
d_15NAGNAGNAGNAGCC1
d_16NAGNAGNAGNAGCC2
d_21ALAALALYSLYSBB59 - 469101 - 511
d_22CACACACABI701
d_23CACACACABJ702
d_24NAGNAGNAGNAGBK703
d_25NAGNAGNAGNAGBL704
d_26NAGNAGNAGNAGDD1

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.234186526899, 0.972191345359, -0.000811558950392), (0.972189607276, -0.234187670493, -0.00187149495742), (-0.00200950830055, -0.000350710273076, -0.999997919437) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.234186526899, 0.972191345359, -0.000811558950392), (0.972189607276, -0.234187670493, -0.00187149495742), (-0.00200950830055, -0.000350710273076, -0.999997919437)
ベクター: 34.1424070975, -55.6471403948, -162.074856666)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 55638.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A024CWJ7, exo-alpha-sialidase

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 623分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.03 M NaFl, 0.03 M NaBr, 0.03 M NaI, 0.1 M imidazole/MES pH6.5, 30% ethylene glycol/PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→147.9 Å / Num. obs: 85857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 24.33 Å2 / CC1/2: 0.976 / Net I/σ(I): 2.8
反射 シェル解像度: 1.98→2.01 Å / Num. unique obs: 4278 / CC1/2: 0.342

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→92.17 Å / SU ML: 0.3303 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.0694
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2382 1935 2.31 %
Rwork0.2107 81937 -
obs0.2114 83872 97.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→92.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6296 0 127 619 7042
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00296585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66988945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0498969
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00511152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.10472475
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 3.87420692926 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.030.468770.42034205X-RAY DIFFRACTION70.06
2.03-2.080.35861200.35015937X-RAY DIFFRACTION99.12
2.08-2.140.33871560.31975938X-RAY DIFFRACTION99.48
2.14-2.210.34031530.3065944X-RAY DIFFRACTION99.75
2.21-2.290.28731360.27385988X-RAY DIFFRACTION99.9
2.29-2.380.29691780.26925905X-RAY DIFFRACTION99.93
2.38-2.490.27881460.25475990X-RAY DIFFRACTION99.92
2.49-2.620.25951460.23675933X-RAY DIFFRACTION99.98
2.62-2.790.24381470.22796003X-RAY DIFFRACTION99.98
2.79-30.24381430.19665983X-RAY DIFFRACTION100
3-3.310.22551470.17735973X-RAY DIFFRACTION99.97
3.31-3.780.17451260.15136036X-RAY DIFFRACTION99.95
3.78-4.770.16451240.13676017X-RAY DIFFRACTION99.98
4.77-92.170.17831360.18086085X-RAY DIFFRACTION99.49

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る