[日本語] English
万見
- PDB-9gqu: Crystal structure of NtcA from S. elongatus in apo form A2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gqu
タイトルCrystal structure of NtcA from S. elongatus in apo form A2
要素Global nitrogen regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA binding protein. Transcriptional regulation / NtcA / nitrogen regulation / cyanobacteria / CRP
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator, NtcA / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain ...Transcription regulator, NtcA / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Global nitrogen regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Llacer, J.L. / Forcada-Nadal, A. / Rubio, V.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-116880GB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-84264-P スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structures of the cyanobacterial nitrogen regulators NtcA and PipX complexed to DNA shed light on DNA binding by NtcA and implicate PipX in the recruitment of RNA polymerase.
著者: Forcada-Nadal, A. / Bibak, S. / Salinas, P. / Contreras, A. / Rubio, V. / Llacer, J.L.
履歴
登録2024年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Global nitrogen regulator
B: Global nitrogen regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7242
ポリマ－49,7242
非ポリマー00
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.502, 88.845, 99.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Global nitrogen regulator


分子量: 24862.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
遺伝子: ntcA, Synpcc7942_0127 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P29283
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.46 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NtcA protein was at 6,1 mg/ml IN 50 mM sodium citrate pH 6.5, 0.5 M NaCl, 5 mM magnesium cloride, 50 mM arginine hydrocloride, 50 mM Na L-glutamate. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 0.1M Na HEPES pH ...詳細: NtcA protein was at 6,1 mg/ml IN 50 mM sodium citrate pH 6.5, 0.5 M NaCl, 5 mM magnesium cloride, 50 mM arginine hydrocloride, 50 mM Na L-glutamate. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 0.1M Na HEPES pH 6.5, 20,5% PEG 4000. CRYO PROTECTANT: 25% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→66.3 Å / Num. obs: 14209 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 3.6 % / Num. unique obs: 14209 / Rsym value: 0.341

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.85→23.78 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2588 712 5.03 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.2152 14161 99.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→23.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2977 0 0 15 2992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.131
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1671086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-3.070.35231600.29312537X-RAY DIFFRACTION97
3.07-3.380.30791620.27032652X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.860.2741270.23062719X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.860.24061270.18462721X-RAY DIFFRACTION100
4.86-23.780.22691360.19552820X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32251.0542-0.37325.24470.23323.12340.176-0.0053-0.5795-0.38390.1266-0.08390.2278-0.07170.00410.31120.0401-0.02340.41560.00290.498526.9998-19.8598-11.0971
24.1569-1.4633-2.75834.1725-0.03282.1820.3526-0.35830.0158-0.0812-0.008-0.3438-0.32420.004-0.00050.4476-0.0390.03390.60350.04110.455624.5353-12.209-7.19
30.93040.71120.06844.29030.41062.13840.38040.47340.0508-0.6519-0.14890.056-0.32510.1531-0.00060.5720.04140.08990.64830.07580.455426.7056-9.5024-17.1537
45.28921.0058-1.14772.3583-1.30753.59020.22591.1230.2022-0.73180.40210.362-0.404-0.33480.00740.4958-0.03260.0320.76140.14720.58484.1109-13.9615-10.4708
53.88261.1117-1.68044.5648-0.83453.61930.22950.48280.2972-0.03640.04160.4968-0.0781-0.3860.00080.41550.070.09330.63630.14640.63310.1164-15.9698-3.8091
62.3781-0.05780.56730.3421-0.67911.41220.67131.1307-1.05320.884-0.5418-0.41981.4156-0.26690.11841.0813-0.24640.10210.47380.24910.926734.162615.8896-25.5675
71.92650.6353-0.46942.3196-0.19573.20680.26660.43671.0999-0.07720.50831.386-0.9314-0.43630.04320.8419-0.01860.22950.54740.24350.812417.562110.4108-13.825
82.08663.67267.22191.52822.62225.1173-0.8237-2.55391.274-1.1918-0.23660.13810.1001-0.0588-1.33551.4486-0.14180.17870.42360.19880.649922.68465.609-18.1138
91.63293.0341-1.74295.8802-1.57731.77350.0974-0.2922-0.0222-0.4021-0.0055-0.0817-0.67790.80070.02710.6091-0.06910.21420.44880.01370.490626.39234.842-15.3535
100.82561.0043-0.09943.5304-0.1292.67070.6365-0.56520.91091.4388-0.35350.6059-0.99070.1816-0.01081.3126-0.25440.39810.7249-0.14930.961720.094510.8735.8877
112.95143.0939-0.65614.2861-1.98612.29230.7339-0.20871.43111.9454-0.76221.8143-0.32520.0613-0.18961.677-0.19280.22970.9263-0.19140.821425.327710.947612.6792
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 56 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 96 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 97 through 141 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 142 through 174 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 175 through 220 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 10 through 27 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 28 through 68 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 69 through 88 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 89 through 141 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 142 through 198 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 199 through 220 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る