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- PDB-9guk: Crystal structure of transcription factor NtcA from Synechococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9guk
タイトルCrystal structure of transcription factor NtcA from Synechococcus elongatus in complex with its transcriptional co- activator PipX and its target DNA (Crystal I)
要素
  • DNA (30-MER)
  • Global nitrogen regulator
  • PipX
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA binding protein. Transcriptional regulation / NtcA / nitrogen regulation / cyanobacteria / CRP / PipX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PII-interacting protein X, cyanobacteria / PII-interacting protein X / Transcription regulator, NtcA / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain ...PII-interacting protein X, cyanobacteria / PII-interacting protein X / Transcription regulator, NtcA / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Global nitrogen regulator / PipX
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Forcada-Nadal, A. / Llacer, J.L. / Rubio, V.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-116880GB-I00 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-84264-P スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Structures of the cyanobacterial nitrogen regulators NtcA and PipX complexed to DNA shed light on DNA binding by NtcA and implicate PipX in the recruitment of RNA polymerase.
著者: Forcada-Nadal, A. / Bibak, S. / Salinas, P. / Contreras, A. / Rubio, V. / Llacer, J.L.
履歴
登録2024年9月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Global nitrogen regulator
F: Global nitrogen regulator
G: DNA (30-MER)
I: DNA (30-MER)
J: PipX
H: PipX
A: Global nitrogen regulator
B: Global nitrogen regulator
C: DNA (30-MER)
K: DNA (30-MER)
L: PipX
E: PipX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,22916
ポリマ－179,64512
非ポリマー5844
水00
1
D: Global nitrogen regulator
F: Global nitrogen regulator
G: DNA (30-MER)
I: DNA (30-MER)
J: PipX
H: PipX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1158
ポリマ－89,8226
非ポリマー2922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15460 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area33670 Å2
手法PISA
2
A: Global nitrogen regulator
B: Global nitrogen regulator
C: DNA (30-MER)
K: DNA (30-MER)
L: PipX
E: PipX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1158
ポリマ－89,8226
非ポリマー2922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15610 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area33430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.260, 68.180, 126.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Global nitrogen regulator


分子量: 24862.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
遺伝子: ntcA, Synpcc7942_0127 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P29283
#2: DNA鎖
DNA (30-MER)


分子量: 9508.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
#3: タンパク質
PipX


分子量: 10540.987 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
遺伝子: Synpcc7942_2061 / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q7X386
#4: 化合物
ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PipX-NTCA-DNA complex was in 50 mM sodium citrate pH 6.5, 0.5 M NaCl, 5 mM magnesium cloride, 50 mM arginine hydrocloride, 50 mM Na L-glutamate and 10mM 2-oxoglutarate. CRYSTALLIZATION ...詳細: PipX-NTCA-DNA complex was in 50 mM sodium citrate pH 6.5, 0.5 M NaCl, 5 mM magnesium cloride, 50 mM arginine hydrocloride, 50 mM Na L-glutamate and 10mM 2-oxoglutarate. CRYSTALLIZATION SOLUTION: 0,2M MgSO4 and 20% PEG3350. Cryo protectant: 39% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→114.4 Å / Num. obs: 16087 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.193 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 3.8→4.01 Å / Num. unique obs: 16087 / Rsym value: 0.398

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
SCALAデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.8→64.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 188.698 / SU ML: 1.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.35385 811 5 %RANDOM
Rwork0.3154 ---
obs0.31739 15269 91.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.248 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.83 Å2-0 Å21.75 Å2
2--1.38 Å2-0 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.8→64.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9543 2460 40 0 12043
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01112511
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0190.01610589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7581.68317393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6681.54724650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.47751177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.4075104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.204101754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4263.5344750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4263.5344750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.015.35913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.015.35914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9343.7027761
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9333.7027760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3165.52411481
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.665201909
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.665201910
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.525 47 -
Rwork0.451 1086 -
obs--89.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1013-0.34650.25162.74160.61512.43920.04970.42850.0198-0.246-0.0225-0.0433-0.14210.0596-0.02720.35320.0854-0.11380.11140.00940.3538-2.4957-11.7887-37.9051
22.6353-0.79360.52222.7159-0.72922.3781-0.0336-0.1660.1493-0.2003-0.0585-0.2445-0.2030.15740.09210.22480.0051-0.00350.0512-0.03790.38050.4587-0.2411-17.8308
30.36880.5930.8332.62232.32544.65010.1482-0.06770.0320.0646-0.14980.03770.2473-0.31290.00160.1293-0.0038-0.02310.3270.10640.4623-11.6378-24.9053-16.4359
40.9860.4891-0.01462.24532.32644.79680.15510.0005-0.12790.153-0.13570.00340.4016-0.5456-0.01940.23330.0408-0.1050.26510.10410.503-11.6326-24.0196-15.041
56.3379-3.931.30233.4486-0.18982.31120.1588-0.33250.1483-0.36030.1838-0.55410.02260.3073-0.34260.40270.05870.0230.25510.1170.468226.0298-11.0002-18.4484
67.4227-0.48010.35073.79211.43963.48710.36980.45730.10010.0823-0.36190.1092-0.1164-0.4412-0.00790.4240.0807-0.04260.1750.01790.3188-25.01974.6714-41.1393
73.14670.33450.41061.71850.45132.3977-0.0240.1240.13770.1757-0.01410.1733-0.1248-0.11240.0380.2477-0.0004-0.06120.02230.06540.3963-3.6541-0.2644-96.3344
82.75-0.31650.41042.9886-0.85311.7723-0.1147-0.3511-0.04090.33560.1089-0.0034-0.26620.05370.00580.3788-0.0924-0.07750.0969-0.01830.3034-0.4618-11.8919-76.4007
91.0089-0.2858-0.22782.2048-2.40995.24870.17230.0147-0.1606-0.2142-0.03960.05350.45810.3813-0.13280.2224-0.0505-0.09340.2476-0.12540.50758.4703-24.0236-99.2873
100.3381-0.59241.16693.7036-3.23155.74990.06740.10240.0143-0.1699-0.0939-0.02890.39710.15360.02650.15870.0216-0.03780.3018-0.11580.61718.4174-24.8683-97.9135
116.284-0.3537-0.33371.9056-1.92143.50610.0783-0.2542-0.01360.2002-0.10750.0376-0.2460.25750.02920.3872-0.0539-0.05720.1875-0.05640.307121.77954.6719-73.0006
125.42542.68980.56932.287-0.52823.86970.09440.11640.4230.26360.07340.22810.0307-0.4918-0.16780.3823-0.0101-0.01330.25-0.07660.3742-29.1984-11.1705-95.5223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1D7 - 222
2X-RAY DIFFRACTION2F6 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3G2 - 31
4X-RAY DIFFRACTION4I2 - 31
5X-RAY DIFFRACTION5J4 - 88
6X-RAY DIFFRACTION6H4 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7A7 - 222
8X-RAY DIFFRACTION8B6 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9C2 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10K2 - 31
11X-RAY DIFFRACTION11L4 - 88
12X-RAY DIFFRACTION12E4 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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