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- PDB-9gqt: influenza neuraminidase hybrid N1/09 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gqt
タイトルinfluenza neuraminidase hybrid N1/09
要素Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN / influenza neuraminidase hybrid expression
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Bowden, T.A. / Paesen, G.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S007555/1 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Structure-Guided Loop Grafting Improves Expression and Stability of Influenza Neuraminidase for Vaccine Development
著者: Rijal, P. / Wei, L. / Paesen, G.C. / Stuart, D.I. / Howarth, M.R. / Huang, K.Y.A. / Bowden, T.A. / Townsend, A.R.
履歴
登録2024年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,97112
ポリマ－111,2802
非ポリマー1,69110
水12,520695
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,34824
ポリマ－222,5604
非ポリマー3,78820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area21360 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area50310 Å2
2
B: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,53524
ポリマ－222,5604
非ポリマー2,97520
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area18150 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area47320 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)92.089, 92.089, 146.804
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Space group name HallP4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 66 through 167 or resid 169 through 469 or resid 500 through 504))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 66 through 167 or resid 169 through 469 or resid 500 through 504))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ILEILEPROPROAA66 - 167108 - 209
d_12PROPROLYSLYSAA169 - 469211 - 511
d_13CACACACAAD500
d_14CACACACAAE501
d_15NAGNAGNAGNAGAF502
d_16NAGNAGNAGNAGAG503
d_17NAGNAGNAGNAGCC1
d_21ILEILEPROPROBB66 - 167108 - 209
d_22PROPROLYSLYSBB169 - 469211 - 511
d_23CACACACABH500
d_24CACACACABI501
d_25NAGNAGNAGNAGBJ502
d_26NAGNAGNAGNAGBK503
d_27NAGNAGNAGNAGBL504

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.24237459611, -0.970160420626, 0.00658129249009), (-0.970178660614, 0.242387678914, 0.00125682142208), (-0.00281454261042, -0.00608040794858, -0.999977553243) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.24237459611, -0.970160420626, 0.00658129249009), (-0.970178660614, 0.242387678914, 0.00125682142208), (-0.00281454261042, -0.00608040794858, -0.999977553243)
ベクター: 56.0578399674, 33.5607218547, -104.731255751)

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要素

#1: タンパク質 Neuraminidase


分子量: 55640.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
遺伝子: NA
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A024CWJ7, exo-alpha-sialidase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.02 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% w/v pentaerythritol ethoxylate 797, 100 mM MES pH 6.5, 50 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.6199 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X CdTe 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→41.18 Å / Num. obs: 90312 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 19.98 Å2 / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / Num. unique obs: 4440 / CC1/2: 0.282

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1_5286精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→39.12 Å / SU ML: 0.2694 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.277
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 1948 2.17 %
Rwork0.1826 88022 -
obs0.1832 89970 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→39.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6273 0 102 695 7070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01286543
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15418887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0678955
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00951150
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6362439
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.466204415741 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.990.34131140.34026171X-RAY DIFFRACTION97.87
1.99-2.040.39151480.36436116X-RAY DIFFRACTION96.7
2.04-2.10.29661250.26646310X-RAY DIFFRACTION99.84
2.1-2.170.30171620.24476231X-RAY DIFFRACTION99.83
2.17-2.250.27011440.22286320X-RAY DIFFRACTION99.97
2.25-2.340.2811290.20696293X-RAY DIFFRACTION99.94
2.34-2.440.25761470.2016271X-RAY DIFFRACTION99.92
2.44-2.570.23041450.19236304X-RAY DIFFRACTION99.97
2.57-2.730.24091340.18486309X-RAY DIFFRACTION99.98
2.73-2.940.20421020.15376356X-RAY DIFFRACTION99.97
2.94-3.240.17241490.15436287X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.710.15011410.13326344X-RAY DIFFRACTION99.95
3.71-4.670.14841550.12146332X-RAY DIFFRACTION100
4.67-39.120.17051530.16096378X-RAY DIFFRACTION99.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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