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- PDB-9gp9: Crystal Structure of Polyphosphate kinase 2-II (PPK2-II) from Lys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gp9
タイトルCrystal Structure of Polyphosphate kinase 2-II (PPK2-II) from Lysinibacillus fusiformis bound to ADP (form I)
要素Polyphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / phosphotransferase / enzyme structure / kinase / polyphosphate.
機能・相同性Polyphosphate phosphotransferase / Polyphosphate kinase-2-related / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / polyphosphate kinase activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Polyphosphate kinase
機能・相同性情報
生物種Lysinibacillus fusiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Saleem-Batcha, R. / Keppler, M. / Kuge, M. / Andexer, J.N.
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
組織認可番号
German Research Foundation (DFG)235777276/RTG1976 ドイツ
European Research Council (ERC)ERC project 716966European Union
引用ジャーナル: Chembiochem / : 2025
タイトル: Structural Insights into Broad-Range Polyphosphate Kinase 2-II Enzymes Applicable for Pyrimidine Nucleoside Diphosphate Synthesis.
著者: Kuge, M. / Keppler, M. / Friedrich, F. / Saleem-Batcha, R. / Winter, J. / Prucker, I. / Germer, P. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Jung, M. / Jessen, H.J. / Andexer, J.N.
履歴
登録2024年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyphosphate kinase
B: Polyphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,53410
ポリマ-68,1102
非ポリマー1,4248
724
1
A: Polyphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8626
ポリマ-34,0551
非ポリマー8075
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polyphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6724
ポリマ-34,0551
非ポリマー6173
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.782, 109.782, 286.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 36 - 262 / Label seq-ID: 36 - 262

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Polyphosphate kinase


分子量: 34054.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminus 6X His-tagged
由来: (組換発現) Lysinibacillus fusiformis (バクテリア)
遺伝子: BG258_19905 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E4R1F9
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium Sulfate and MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日 / 詳細: Two-stage focusing X-ray optics
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→48.39 Å / Num. obs: 20089 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.88→3.03 Å / Rmerge(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2871

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.88→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 13.76 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.446 / ESU R Free: 0.304 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 1005 5.003 %
Rwork0.1895 19084 -
all0.192 --
obs-20089 98.562 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 92.621 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.013 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.013 Å20 Å2
3---0.027 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3341 0 84 4 3429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0123501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.791.8514726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5891.7937760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2685398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.361526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_2_deg0.59252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.5310646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.14410170
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1990.23105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.21673
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.21968
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.260.238
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3010.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.7478.5721604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.7388.571604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.8615.4051998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other12.86515.4081999
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it12.2129.7031897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other12.0659.6861889
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.71117.3892728
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other16.59817.3582717
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it19.881107.90314811
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other19.881107.9114812
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1090.056605
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.108530.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.108530.05009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.88-2.9530.581720.4781362X-RAY DIFFRACTION97.551
2.953-3.0340.497710.3981359X-RAY DIFFRACTION99.7211
3.034-3.1210.284700.3421319X-RAY DIFFRACTION99.4986
3.121-3.2170.278680.2651293X-RAY DIFFRACTION99.4883
3.217-3.3220.243650.2331232X-RAY DIFFRACTION99.387
3.322-3.4380.224630.1921204X-RAY DIFFRACTION98.9071
3.438-3.5670.229620.1811172X-RAY DIFFRACTION99.2759
3.567-3.7120.236580.1711100X-RAY DIFFRACTION97.8041
3.712-3.8760.237570.1771086X-RAY DIFFRACTION99.1327
3.876-4.0640.226540.171032X-RAY DIFFRACTION98.8171
4.064-4.2820.193520.157980X-RAY DIFFRACTION98.9454
4.282-4.5390.204490.14941X-RAY DIFFRACTION99.0991
4.539-4.850.236460.142879X-RAY DIFFRACTION98.9305
4.85-5.2340.205450.152843X-RAY DIFFRACTION98.7764
5.234-5.7270.285390.167754X-RAY DIFFRACTION98.2652
5.727-6.3920.232370.211694X-RAY DIFFRACTION98.2527
6.392-7.3590.277310.228595X-RAY DIFFRACTION93.2936
7.359-8.9610.169280.155532X-RAY DIFFRACTION97.7312
8.961-12.4610.145230.139435X-RAY DIFFRACTION97.2399
12.461-48.390.45150.318272X-RAY DIFFRACTION96.3087

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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