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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9gp9 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Polyphosphate kinase 2-II (PPK2-II) from Lysinibacillus fusiformis bound to ADP (form I) | |||||||||
![]() | Polyphosphate kinase | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / phosphotransferase / enzyme structure / kinase / polyphosphate. | |||||||||
機能・相同性 | Polyphosphate phosphotransferase / Polyphosphate kinase-2-related / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / polyphosphate kinase activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Polyphosphate kinase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Saleem-Batcha, R. / Keppler, M. / Kuge, M. / Andexer, J.N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into Broad-Range Polyphosphate Kinase 2-II Enzymes Applicable for Pyrimidine Nucleoside Diphosphate Synthesis. 著者: Kuge, M. / Keppler, M. / Friedrich, F. / Saleem-Batcha, R. / Winter, J. / Prucker, I. / Germer, P. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Jung, M. / Jessen, H.J. / Andexer, J.N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9h8jC ![]() 9h8kC ![]() 9h8lC ![]() 9gia ![]() 9gor ![]() 9gp6 C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 36 - 262 / Label seq-ID: 36 - 262
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34054.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminus 6X His-tagged 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BG258_19905 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.21 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium Sulfate and MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月5日 / 詳細: Two-stage focusing X-ray optics |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.88→48.39 Å / Num. obs: 20089 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 16.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.88→3.03 Å / Rmerge(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2871 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.621 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.88→48.39 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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