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万見
- PDB-9h8j: Crystal Structure of Polyphosphate kinase 2-II (PPK2-II) from Lys... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9h8j
タイトルCrystal Structure of Polyphosphate kinase 2-II (PPK2-II) from Lysinibacillus fusiformis in apo form
要素Polyphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / Polyphosphate / Phosphorylation
機能・相同性Polyphosphate phosphotransferase / Polyphosphate kinase-2-related / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / polyphosphate kinase activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PHOSPHATE ION / SUCCINIC ACID / Polyphosphate kinase
機能・相同性情報
生物種Lysinibacillus fusiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Friedrich, F. / Kuge, M. / Keppler, M. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Andexer, J.N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)527572100 ドイツ
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into Broad-Range Polyphosphate Kinase 2-II Enzymes Applicable for Pyrimidine Nucleoside Diphosphate Synthesis.
著者: Kuge, M. / Keppler, M. / Friedrich, F. / Saleem-Batcha, R. / Winter, J. / Prucker, I. / Germer, P. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Jung, M. / Jessen, H.J. / Andexer, J.N.
履歴
登録2024年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Polyphosphate kinase
A: Polyphosphate kinase
C: Polyphosphate kinase
D: Polyphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,36013
ポリマ－127,4824
非ポリマー8789
水8,395466
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10320 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area42460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.112, 71.931, 97.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Polyphosphate kinase


分子量: 31870.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lysinibacillus fusiformis (バクテリア)
遺伝子: BG258_19905 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1E4R1F9
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% (w/v) PEG 3,350, 0.1 M succinic acid pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→66.03 Å / Num. obs: 59963 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.215 / Χ2: 0.8 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 413086
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.255 / Num. measured all: 31313 / Num. unique obs: 4462 / CC1/2: 0.632 / Rpim(I) all: 0.51 / Rrim(I) all: 1.357 / Χ2: 0.4 / Net I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→63.13 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 2988 4.99 %
Rwork0.2046 --
obs0.207 59935 98.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→63.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8081 0 48 466 8595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89911182
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.733193
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.30571580.26832674X-RAY DIFFRACTION99
2.24-2.270.32031670.25312667X-RAY DIFFRACTION99
2.27-2.320.29581600.24062744X-RAY DIFFRACTION99
2.32-2.360.28811390.23852680X-RAY DIFFRACTION99
2.36-2.410.28211410.23112714X-RAY DIFFRACTION99
2.41-2.460.30721240.22992746X-RAY DIFFRACTION99
2.46-2.520.2841420.23342687X-RAY DIFFRACTION99
2.52-2.580.30851410.22652697X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.650.28621480.22032695X-RAY DIFFRACTION99
2.65-2.730.27661370.22032684X-RAY DIFFRACTION98
2.73-2.820.25581370.2132675X-RAY DIFFRACTION97
2.82-2.920.24541090.19892657X-RAY DIFFRACTION97
2.92-3.030.25971450.20112589X-RAY DIFFRACTION94
3.03-3.170.24021310.21092592X-RAY DIFFRACTION94
3.17-3.340.23481300.20722765X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.550.25651270.19692752X-RAY DIFFRACTION100
3.55-3.820.24351600.1862750X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.210.25231520.17662754X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.820.21981480.18362779X-RAY DIFFRACTION100
4.82-6.070.23191320.20192808X-RAY DIFFRACTION100
6.07-63.130.21881600.19852838X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.7129 Å / Origin y: 25.8967 Å / Origin z: 30.0488 Å
111213212223313233
T0.2706 Å2-0.0085 Å2-0.0189 Å2-0.2116 Å2-0.0047 Å2--0.2304 Å2
L0.8376 °2-0.2387 °2-0.2063 °2-0.7988 °2-0.0338 °2--0.49 °2
S0.0705 Å °0.1958 Å °-0.0202 Å °-0.2293 Å °-0.0549 Å °0.034 Å °-0.0341 Å °-0.0485 Å °-0.0208 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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