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- PDB-9gp5: Homodimer of BACH1 F9A mutant BTB domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gp5
タイトルHomodimer of BACH1 F9A mutant BTB domain
要素Transcription regulator protein BACH1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BACH1 / back-to-back domain / BTB domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HMOX1 expression and activity / ligand-modulated transcription factor activity / regulation of metabolic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Regulation of BACH1 activity / Heme signaling / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...Regulation of HMOX1 expression and activity / ligand-modulated transcription factor activity / regulation of metabolic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / Regulation of BACH1 activity / Heme signaling / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / heme binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BACH, basic leucine zipper (bZIP) domain / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily ...BACH, basic leucine zipper (bZIP) domain / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / : / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription regulator protein BACH1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Schroeder, M. / Goretzki, B.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bric-a-brac domain of BACH1 F9A mutant
著者: Schroeder, M. / Goretzki, B.
履歴
登録2024年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Transcription regulator protein BACH1
D: Transcription regulator protein BACH1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9642
ポリマ－27,9642
非ポリマー00
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area11650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)31.084, 70.334, 65.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Transcription regulator protein BACH1 / BTB and CNC homolog 1 / HA2303


分子量: 13981.938 Da / 分子数: 2 / 変異: F9A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14867
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M HEPES, 0.15 M NaCl, 5% (w/v) glycerol, 0.001 M TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→70.33 Å / Num. obs: 22172 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.4 / Num. measured all: 115094
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. measured all: 7737 / Num. unique obs: 1433 / CC1/2: 0.79 / Rpim(I) all: 0.292 / Rrim(I) all: 0.697 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 2.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.573 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22555 1128 5.1 %RANDOM
Rwork0.19459 ---
obs0.19624 21023 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.237 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å20.14 Å2
2--0.38 Å2-0 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 0 136 1891
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0121818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161723
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6951.6332470
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5581.573960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4955235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.182510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.62310311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022143
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3912.029931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3692.029931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4163.6221169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4153.6251170
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8372.444887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8352.445888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.8144.2911302
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.7922.162077
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.78722.032056
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 72 -
Rwork0.246 1577 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.61611.5565-0.35454.0249-0.8191.2654-0.04-0.073-0.1275-0.0670.00670.07830.1598-0.18210.03330.0324-0.01160.00320.04830.00110.0288-3.9501-4.164417.8539
21.49531.27420.42063.49110.51021.2093-0.0848-0.09030.1186-0.02890.0298-0.1233-0.1790.11420.0550.0395-0.0012-0.01160.0378-0.00820.03334.010514.684917.892
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C5 - 118
2X-RAY DIFFRACTION2D6 - 118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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