[日本語] English
万見
- PDB-9gos: CryoEM structure of the native Chlamydomonas reinhardtii Flagella... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gos
タイトルCryoEM structure of the native Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B.
要素Flagella Membrane Glycoprotein 1B
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mucin / Glycoprotein / Glycocalyx
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nievergelt, A.P. / Hoepfner, L.M. / Matrino, F. / Scholz, M. / Foster, H.E. / Rodenfels, J. / von Appen, A. / Hippler, M. / Pigino, G.
資金援助 フランス, European Union, ドイツ, 4件
組織認可番号国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000515/2019 フランス
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 891-2018European Union
European Research Council (ERC)819826European Union
German Research Foundation (DFG)HI 739/12-4 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the native Chlamydomonas reinhardtii Flagella Membrane Glycoprotein 1B.
著者: Nievergelt, A.P. / Hoepfner, L.M. / Matrino, F. / Scholz, M. / Foster, H.E. / Rodenfels, J. / von Appen, A. / Hippler, M. / Pigino, G.
履歴
登録2024年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Additional map / Part number: 2 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Additional map / Part number: 3 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Additional map / Part number: 4 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Additional map / Part number: 5 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Additional map / Part number: 6 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: FSC / Part number: 1 / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: FSC / Part number: 2 / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: FSC / Part number: 3 / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: FSC / Part number: 4 / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: FSC / Part number: 5 / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: FSC / Part number: 6 / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月7日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Flagella Membrane Glycoprotein 1B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)448,2271
ポリマ－448,2271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

#1: タンパク質 Flagella Membrane Glycoprotein 1B


分子量: 448226.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-124 32M fmg1a
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Flagella Membrane Glycoprotein 1B / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Material purified from endogenous Chlamydomonas cilia by lectin affinity chromatography.
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.55 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC-124 32M fmg1a / 細胞内の位置: Ciliary membrane / Organelle: Cilia
緩衝液pH: 7.3
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2300 mMsodium chlorideNaCl1
31
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The is sample lightly clusters but can be separated due to the large size
試料支持詳細: Grids were washed in chloroform before discharge. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 297 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Calibrated defocus min: 750 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 77 K
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8100
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 6500000
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 583765 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 10 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 63.55 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003127240
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.583437509
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04495042
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00514725
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.47074057

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る