PDB-9gog: X-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with the dioxi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gog

タイトル

X-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with the dioxidovanadium(V) complex with furan-2-carboxylic acid (3-ethoxy-2-hydroxybenzylidene)hydrazide

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / metallodrugs / protein metalation / vanadium compounds / protein metal compounds interactions

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Paolillo, M. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア,

インド, 3件

組織	認可番号	国
Ministero dell Universita e della Ricerca	2022JMFC3X	イタリア
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)	01(3073)/21/EMR-II	インド
Science and Engineering Research Board (SERB)	CRG/2023/000884	インド

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2024
タイトル: Interaction of V V O 2 -hydrazonates with lysozyme.
著者: Paolillo, M. / Ferraro, G. / Sahu, G. / Pattanayak, P.D. / Garribba, E. / Halder, S. / Ghosh, R. / Mondal, B. / Chatterjee, P.B. / Dinda, R. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gog.cif.gz	48.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gog.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gog_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gog_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	9gog_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	9gog_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9gog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9gog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gokC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.846, 76.846, 36.839
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-336- HOH
2	1	AAA-337- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 6種, 114分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-VVB / bis(oxidanyl)vanadium / 水酸化バナジウム分子量: 84.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-A1IOM / dioxidovanadium(V) complex with furan-2-carboxylic acid (3-ethoxy-2-hydroxybenzylidene)hydrazide / 13-ethoxy-5-(furan-2-yl)-2,4$l^{3}-dioxa-6,7$l^{4}-diaza-3$l^{7}-vanadatricyclo[7.4.0.0^{3,7}]trideca-1(9),4,7,10,12-pentaene 3,3-dioxide 分子量: 355.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂N₂O₆V
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→54.34 Å / Num. obs: 32110 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.24→1.26 Å / Num. unique obs: 1555 / CC_1/2: 0.412

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.24→54.338 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 1.339 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2559	1554	4.894 %
R_work	0.203	30200	-
all	0.205	-	-
obs	-	31754	99.689 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.679 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.095 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.095 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.191 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→54.338 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	60	106	1167

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.014	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.86	1.695	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.541	1.598	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.696	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.222	20.299	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.953	15	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.309	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	282
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	966
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	560
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.131	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.213	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.159	2.284	551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.157	2.273	548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.96	3.425	695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.958	3.429	696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.728	2.773	613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.638	2.604	560
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.295	4.002	882
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.191	3.784	816
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.677	29.267	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.446	27.379	1347

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.24-1.272	0.485	129	0.464	2102	X-RAY DIFFRACTION	95.7511
1.272-1.307	0.393	107	0.393	2133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.307-1.345	0.311	112	0.311	2075	X-RAY DIFFRACTION	100
1.345-1.386	0.326	121	0.326	2016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.386-1.432	0.346	86	0.278	1981	X-RAY DIFFRACTION	100
1.432-1.482	0.266	100	0.257	1914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.482-1.538	0.259	100	0.234	1848	X-RAY DIFFRACTION	100
1.538-1.601	0.322	89	0.232	1781	X-RAY DIFFRACTION	100
1.601-1.672	0.263	73	0.229	1725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.672-1.753	0.286	76	0.232	1642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.753-1.848	0.296	88	0.227	1557	X-RAY DIFFRACTION	100
1.848-1.96	0.249	80	0.208	1462	X-RAY DIFFRACTION	100
1.96-2.095	0.246	65	0.195	1405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.095-2.263	0.272	69	0.195	1313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.263-2.478	0.21	62	0.181	1216	X-RAY DIFFRACTION	100
2.478-2.77	0.241	44	0.183	1106	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-3.197	0.267	53	0.194	989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.197-3.912	0.233	51	0.159	835	X-RAY DIFFRACTION	100
3.912-5.518	0.189	21	0.164	691	X-RAY DIFFRACTION	100
5.518-54.338	0.264	28	0.256	407	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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