PDB-9gok: X-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with the dioxi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gok

タイトル

X-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with the dioxidovanadium(V) complex with (E)-N'-(1-(2-hydroxy-5-methoxyphenyl)ethylidene)furan-2-carbohydrazide)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / metallodrugs / protein metalation / vanadium compounds / protein metal compounds interactions

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.18 Å

データ登録者

Paolillo, M. / Ferraro, G. / Merlino, A.

資金援助

イタリア,

インド, 3件

組織	認可番号	国
Ministero dell Universita e della Ricerca	2022JMFC3X	イタリア
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR)	01(3073)/21/EMR-II	インド
Science and Engineering Research Board (SERB)	CRG/2023/000884	インド

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2024
タイトル: Interaction of V V O 2 -hydrazonates with lysozyme.
著者: Paolillo, M. / Ferraro, G. / Sahu, G. / Pattanayak, P.D. / Garribba, E. / Halder, S. / Ghosh, R. / Mondal, B. / Chatterjee, P.B. / Dinda, R. / Merlino, A.

履歴

登録	2024年9月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gok.cif.gz	76.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gok.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9gok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9gok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gogC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.670, 76.670, 36.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-326- HOH
2	1	AAA-336- HOH
3	1	AAA-437- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 155分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-A1ION / dioxidovanadium(V) complex with (E)-N'-(1-(2-hydroxy-5-methoxyphenyl)ethylidene)furan-2-carbohydrazide / 5-(furan-2-yl)-11-methoxy-8-methyl-2,4$l^{3}-dioxa-6,7$l^{4}-diaza-3$l^{7}-vanadatricyclo[7.4.0.0^{3,7}]trideca-1(9),4,7,10,12-pentaene 3,3-dioxide 分子量: 355.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₂N₂O₆V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.18→38.343 Å / Num. obs: 34130 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 19.3 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 1.18→1.2 Å / Num. unique obs: 1027 / CC_1/2: 0.376

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.18→38.343 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.31 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2207	1575	5.132 %
R_work	0.159	29112	-
all	0.162	-	-
obs	-	30687	83.778 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.209 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.209 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.418 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.18→38.343 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	58	147	1206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.012	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.014	996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.302	1.697	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.677	1.595	2273
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.331	5	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.222	20.615	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.914	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.508	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.093	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.192	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.392	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.385	1.852	536
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.321	1.85	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.633	2.788	674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.644	2.792	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.714	2.605	594
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.393	2.274	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.897	3.711	861
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.751	3.257	792
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	16.571	27.494	1630
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.342	23.635	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	11.903	3	2125

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.18-1.211	0.301	10	0.363	244	0.36	2627	0.657	0.554	9.6688	0.364
1.211-1.244	0.346	40	0.305	806	0.307	2608	0.686	0.725	32.4387	0.304
1.244-1.28	0.341	71	0.281	1331	0.284	2528	0.752	0.801	55.4589	0.273
1.28-1.319	0.28	94	0.249	1812	0.25	2457	0.841	0.851	77.5743	0.236
1.319-1.362	0.27	117	0.217	2195	0.22	2387	0.863	0.895	96.858	0.197
1.362-1.41	0.278	131	0.207	2160	0.211	2291	0.884	0.904	100	0.185
1.41-1.463	0.275	111	0.18	2124	0.185	2236	0.89	0.925	99.9553	0.158
1.463-1.523	0.245	108	0.167	2039	0.171	2148	0.93	0.944	99.9534	0.145
1.523-1.59	0.201	104	0.143	1956	0.146	2067	0.952	0.96	99.6613	0.125
1.59-1.668	0.193	109	0.136	1883	0.139	1996	0.959	0.964	99.7996	0.123
1.668-1.758	0.178	98	0.146	1779	0.148	1884	0.953	0.959	99.6284	0.133
1.758-1.864	0.205	86	0.14	1698	0.143	1794	0.951	0.964	99.4426	0.134
1.864-1.993	0.202	76	0.129	1590	0.132	1674	0.949	0.969	99.5221	0.133
1.993-2.152	0.173	75	0.139	1510	0.141	1588	0.955	0.965	99.8111	0.148
2.152-2.357	0.212	81	0.144	1383	0.148	1466	0.949	0.965	99.8636	0.161
2.357-2.634	0.216	72	0.141	1269	0.144	1342	0.942	0.965	99.9255	0.162
2.634-3.039	0.185	71	0.147	1122	0.149	1193	0.959	0.963	100	0.173
3.039-3.716	0.243	63	0.143	951	0.149	1014	0.945	0.969	100	0.172
3.716-5.23	0.192	37	0.161	779	0.162	816	0.967	0.97	100	0.207
5.23-38.343	0.353	21	0.236	481	0.24	502	0.94	0.944	100	0.301

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