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万見
- PDB-9goe: Cryo-EM structure of the multiple peptide resistance factor (MprF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9goe
タイトルCryo-EM structure of the multiple peptide resistance factor (MprF) from Pseudomonas aeruginosa bound to a synthetic nanobody (Sb29)
要素
  • Phosphatidylglycerol lysyltransferase
  • Synthetic nanobody (Sybody) 29
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Lipid Transport / Sybody complex / Antimicrobial Resistance / Saposin-protein Nanoparticle
機能・相同性
機能・相同性情報


lysyltransferase / phosphatidylglycerol alanyltransferase activity / phosphatidylglycerol lysyltransferase activity / phospholipid homeostasis / lipid metabolic process / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lysylphosphatidylglycerol synthetase/glycosyltransferase AglD / Lysylphosphatidylglycerol synthase TM region / : / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Phosphatidylglycerol lysyltransferase, C-terminal / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylglycerol lysyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Hankins, M.T.K. / Parrag, M. / Garaeva, A.A. / Earp, J.C. / Seeger, M.A. / Stansfeld, P.J. / Bublitz, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust102161/Z/13/Z 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: MprF from is a promiscuous lipid scramblase with broad substrate specificity.
著者: Matthew T K Hankins / Matyas Parrag / Alisa A Garaeva / Jennifer C Earp / Markus A Seeger / Phillip J Stansfeld / Maike Bublitz /
要旨: The multiple peptide resistance factor (MprF) is a bifunctional membrane protein found in many bacteria, including and . MprF modifies inner leaflet lipid headgroups through aminoacylation and ...The multiple peptide resistance factor (MprF) is a bifunctional membrane protein found in many bacteria, including and . MprF modifies inner leaflet lipid headgroups through aminoacylation and translocates modified lipid to the outer leaflet. This activity provides increased resistance to antimicrobial agents. MprF presents a promising target in multiresistant pathogens, but structural information is limited and both substrate specificity and energization of MprF-mediated lipid transport are poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of MprF from (MprF) bound to a synthetic nanobody. MprF adopts an "open" conformation with a wide, lipid-exposed groove on the periplasmic side that induces a local membrane deformation in molecular dynamics simulations. Using an in vitro liposome transport assay, we demonstrate that MprF translocates a wide range of different lipids without an external energy source. This suggests that MprF is the first dedicated lipid scramblase to be characterized in bacteria.
履歴
登録2024年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylglycerol lysyltransferase
B: Synthetic nanobody (Sybody) 29


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8932
ポリマ－112,8932
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylglycerol lysyltransferase / Lysylphosphatidylglycerol synthase


分子量: 96394.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: PA0920 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q9I537, lysyltransferase
#2: 抗体 Synthetic nanobody (Sybody) 29


分子量: 16498.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of PaMprF with Sybody29 in Saposin A-protein nanoparticlesCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Phosphatidylglycerol lysyltransferaseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Synthetic nanobody (Sybody) 29COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.112 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)208964
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008C41
33Escherichia coli MC1061 (大腸菌)1211845
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
280 mMpotassium chlorideKCl1
32 mMmahnesium chlorideMgCl1
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm
撮影電子線照射量: 42 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4cryoSPARCCTF補正
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111010 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 115.64 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00757270
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67799896
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0441147
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00521251
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.19922591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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