PDB-9go5: CryoEM Reconstruction of Yeast ADP-Actin Filament at 2.5 A resolution.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9go5

タイトル

CryoEM Reconstruction of Yeast ADP-Actin Filament at 2.5 A resolution.

要素

Actin

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Fibre / polymer / helical protein / motility

機能・相同性

機能・相同性情報

RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / vacuole inheritance / ascospore wall assembly / actin cortical patch / Swr1 complex / Ino80 complex / establishment of cell polarity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Bullough, P.A. / Ayscough, K.R. / Lahiri, I. / Tzokov, S.B. / Stevenson, S.R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM reconstruction of yeast ADP-actin filament at 2.5 Å resolution. A comparison with vertebrate F-actin.
著者: Sarah R Stevenson / Svetomir B Tzokov / Indrajit Lahiri / Kathryn R Ayscough / Per A Bullough /

要旨: The core component of the actin cytoskeleton is the globular protein G-actin, which reversibly polymerizes into filaments (F-actin). Budding yeast possesses a single actin that shares 87%-89% ...

履歴

登録	2024年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9go5.cif.gz	366.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9go5.ent.gz	299.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9go5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9go5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/go/9go5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	51491MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (11) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Actin

B: Actin

C: Actin

D: Actin

E: Actin

ヘテロ分子

211 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Actin 分子量: 41735.547 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ACT1, ABY1, END7, YFL039C / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) 参照: UniProt: P60010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Polymer of actin subunits / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)	生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液	pH: 8 / 詳細: 50 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 10 mM Tris
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結	装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 500 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 27 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称	回転角度/サブユニット: -167.2 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.76 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成	解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1368572 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築	手法: real space / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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