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- PDB-9gnm: X-ray crystal structure of VvPYL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gnm
タイトルX-ray crystal structure of VvPYL1
要素Abscisic acid receptor PYR1
キーワードPLANT PROTEIN / VvPYL1 / ABA receptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Abscisic acid receptor PYR1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Rivera-Moreno, M. / Benavente, J.L. / Infantes, L. / Albert, A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-119805RB-I00 スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Regulation of transpiration in grapevine through chemical activation of ABA signaling by ABA receptor agonists
著者: Rivera-Moreno, M. / Benavente, J.L. / Infantes, L. / Albert, A.
履歴
登録2024年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Abscisic acid receptor PYR1
B: Abscisic acid receptor PYR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3743
ポリマ－48,0912
非ポリマー2821
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.028, 69.417, 107.698
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 28 through 217)
d_2ens_1(chain "B" and resid 28 through 217)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 28 - 217 / Label seq-ID: 19 - 209

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.820085000928, -0.517833705159, -0.243534073704), (-0.520149507141, -0.851965735049, 0.0599906369572), (-0.238547859923, 0.0774767068444, -0.968035267138)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.820085000928, -0.517833705159, -0.243534073704), (-0.520149507141, -0.851965735049, 0.0599906369572), (-0.238547859923, 0.0774767068444, -0.968035267138)
ベクター: -1.91832128933, -4.85509005116, -10.0855454112)

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要素

#1: タンパク質 Abscisic acid receptor PYR1


分子量: 24045.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: VIT_02s0012g01270
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: F6HT94
#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.2 M magnesium chloride, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月24日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→42.64 Å / Num. obs: 24246 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 1.34 % / Biso Wilson estimate: 34.49 Å2 / CC1/2: 0.946 / Net I/σ(I): 47.34
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 2375 / CC1/2: 0.825 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→42.64 Å / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.0301
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 1212 5 %
Rwork0.2321 23010 -
obs0.234 24222 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3036 0 19 21 3076
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.28573697156 Å
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / % reflection obs: 98.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5153485959730.2003317595820.01216150877040.4721541138580.3076121937580.0852838742021-0.0373646933288-0.0313142699794-0.0243289707613-0.09180909491760.09932063123310.042253776225-0.0789892957531-0.0285880561691-6.79017447965E-60.4037620978180.01048470321460.0136574763840.3042217359360.01073573220470.352475419247-3.72938920326-7.85656833461-24.7256569091
20.5715823625320.0605570388608-0.6375499979090.0917627435458-0.2701721692390.4348811825720.0319688462805-0.1451627251640.06859174330140.332806082641-0.0119069884355-0.158381122395-0.9543454792180.3951801766620.003790279176970.418834245351-0.0258101636089-0.002390305205760.423858836740.009924085200870.35023937896611.53059183687.57730712647-17.4751201259
30.7246771475950.336868137299-0.1294966158031.439662605370.2200724847980.674198358012-0.04881837658990.147031821122-0.09325248353560.03662812962440.04007451255840.00033473453904-0.1320149980470.147470695539-8.93667574821E-50.2788660486750.004966570282160.01797706320230.2993977656270.04464674844530.2858882185533.33556964565-2.78864565513-22.6055124243
40.483051798053-0.1312275619960.1139279541430.0877986760687-0.2385730702220.507078843693-0.0133400752263-0.41360297392-0.2862353415210.2720147770830.2440055895590.4786887851440.0586442537473-0.09704389627968.02541767811E-50.367341419267-0.04121732493910.02406392072230.2986827229420.04343842899850.356292902475-0.189545911824-2.9273121545-12.0588820127
50.3908835475590.0118593478380.0697641565934-0.0570449918566-0.2158729853250.2722912222430.11394193784-0.4972164120550.3307854292750.490858837556-0.08605793132790.190053692595-0.21638168325-0.0190908069228-0.0001791380626230.63137322294-0.003652073662940.003751636841710.360722180027-0.07150791103490.4782210705945.900185461316.8909077416416.4493826122
60.187710562254-0.01925258306160.194301364733-0.243687937665-0.1561012214220.2049843248910.034091758481-0.1293758335430.0379889322903-0.151722766659-0.05338290367650.0323505779151-0.1794027401340.0733174118171-0.0002445662208760.331891612909-0.0194399731097-0.03712506022080.385769404222-0.02468064205480.3655778724894.43112908981-2.3925872803611.2972787252
70.0697006991666-0.07415210824710.0262388223761-0.00536047171192-0.07343837719020.03660410027020.2311981734610.1427685581510.00873694995305-0.1545828216850.05378264058330.5962488361820.474714293276-0.103718744668-0.0001718734996820.475838218802-0.108464086479-0.03014687128120.375042704260.045673167140.436210076662.49904294953-14.41634444134.30460247666
80.267104322061-0.03840518109910.1169085779120.08413996821860.05802720307830.08425582258610.02290840353230.0422212417107-0.204536758754-0.1939016395190.2936344584330.2492998647170.615777760669-0.5299758117240.0009441996469130.6153966951760.0408632918749-0.002221635219930.3596054468590.02342492838090.4669579646697.41341009845-22.80966607339.53441230101
90.6295570301440.1193139705040.4800346745870.0703248251818-0.02802328416110.4918035618560.1017218935840.0620729703105-0.03314344696570.331748676104-0.1982717206590.07597828195760.5964065824180.0752577615548-0.006701980165350.4860902248070.0340070547365-0.02545789933870.3621599141170.01671193951550.35020664425510.4745800979-14.32224853978.55844508639
100.7264059793770.3109524619160.5611582363410.90121100412-0.2188882662290.9341834987680.0229576054868-0.3056804758570.1629838990660.156114440536-0.0180171424583-0.04028533555720.106958982930.122701336518-6.82002436151E-50.278682982955-0.02764484904590.005301143427940.35879342687-0.02106434067090.3329480529087.63960767469-1.972186922189.19015627591
110.409482568361-0.19994417744-0.0152490308976-0.07913182160140.02055138896930.1966187500360.3025024259390.1182755388290.2280458044550.0791892404394-0.1794287525830.0596174332772-0.1193617388260.0577557489078-0.000192103934010.423851031375-0.0120749402781-0.010402185590.372301296540.02677934191040.3211470814993.31249363687-2.476534880491.50807899752
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 28 through 86 )AA28 - 861 - 59
22chain 'A' and (resid 87 through 127 )AA87 - 12760 - 100
33chain 'A' and (resid 128 through 189 )AA128 - 189101 - 162
44chain 'A' and (resid 190 through 219 )AA190 - 219163 - 192
55chain 'B' and (resid 28 through 57 )BB28 - 571 - 30
66chain 'B' and (resid 58 through 86 )BB58 - 8631 - 59
77chain 'B' and (resid 87 through 98 )BB87 - 9860 - 71
88chain 'B' and (resid 99 through 114 )BB99 - 11472 - 87
99chain 'B' and (resid 115 through 149 )BB115 - 14988 - 122
1010chain 'B' and (resid 150 through 189 )BB150 - 189123 - 162
1111chain 'B' and (resid 190 through 217 )BB190 - 217163 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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