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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9gnl | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of VvPYL1 with ABA | ||||||
![]() | Abscisic acid receptor PYR1 | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / VvPYL1 / ABA receptor protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rivera-Moreno, M. / Benavente, J.L. / Infantes, L. / Albert, A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Regulation of transpiration in grapevine through chemical activation of ABA signaling by ABA receptor agonists 著者: Rivera-Moreno, M. / Benavente, J.L. / Infantes, L. / Albert, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 882.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 900.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9gnmC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.930106578665, 0.351876790046, 0.105282842621), (0.365418849894, 0.857641183721, 0.361829606483), (0.0370245387021, 0.37501243261, -0.926280119036)ベクター: -5. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.930106578665, 0.351876790046, 0.105282842621), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24045.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: F6HT94 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.76 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 0.2 M magnesium chloride, 20% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月24日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972422 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→46.83 Å / Num. obs: 47169 / % possible obs: 98.25 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 57.76 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.489 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 14366 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.922 / % possible all: 96.83 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.83 Å
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.25004845257 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -1.80614616923 Å / Origin y: 3.56783535208 Å / Origin z: 17.3710055238 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |