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万見
- PDB-9gn2: Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase from Lactobacillus leichman... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gn2
タイトルNucleoside-2'-deoxyribosyltransferase from Lactobacillus leichmannii. Complex with ribose and cytosine
要素Nucleoside deoxyribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Nucleoside-2'-deoxyribosyltransferase
機能・相同性nucleoside deoxyribosyltransferase / nucleotide salvage / nucleoside deoxyribosyltransferase activity / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / alpha-D-ribofuranose / Nucleoside deoxyribosyltransferase
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus leichmannii (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Ascham, A. / Salihovic, A. / Burley, G. / Grogan, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2025
タイトル: Biocatalytic synthesis of ribonucleoside analogues using nucleoside transglycosylase-2.
著者: Salihovic, A. / Ascham, A. / Rosenqvist, P.S. / Taladriz-Sender, A. / Hoskisson, P.A. / Hodgson, D.R.W. / Grogan, G. / Burley, G.A.
履歴
登録2024年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4584
ポリマ－36,1972
非ポリマー2612
水1,15364
1
A: Nucleoside deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Nucleoside deoxyribosyltransferase
B: Nucleoside deoxyribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,37412
ポリマ－108,5906
非ポリマー7846
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.981, 148.981, 148.981
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-229-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoside deoxyribosyltransferase


分子量: 18098.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus leichmannii (乳酸菌)
遺伝子: ntd / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9R5V5
#2: 化合物 ChemComp-CYT / 6-AMINOPYRIMIDIN-2(1H)-ONE / CYTOSINE / シトシン


分子量: 111.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-RIB / alpha-D-ribofuranose / alpha-D-ribose / D-ribose / ribose / α-D-リボフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DRibfaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-ribofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-RibfIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RibSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% tascimate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976269 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976269 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→60.82 Å / Num. obs: 21394 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.5 % / Biso Wilson estimate: 68 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 35
反射 シェル解像度: 2.41→2.5 Å / 冗長度: 40.6 % / Rmerge(I) obs: 1.65 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2231 / CC1/2: 0.87 / Rpim(I) all: 0.37 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→60.82 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.19 --
obs-21394 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→60.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2532 0 17 64 2613

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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