PDB-9gmy: Tubulin in complex with an oxathiane analog of zampanolide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gmy

タイトル

Tubulin in complex with an oxathiane analog of zampanolide

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / tubulin / microtubule stabilizing agents / zampanolide

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase / regulation of metaphase plate congression / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.97 Å

データ登録者

Oliva, M.A. / Diaz, J.F. / Altmann, K.H.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tubulin in complex with an oxathiane analog of zampanolide
著者: Oliva, M.A. / Diaz, J.F. / Altmann, K.H.

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gmy.cif.gz	2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gmy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gmy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gmy	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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類似性 (1)
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インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
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RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
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人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

271 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.907, 158.35, 178.836
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	2	B
4	2	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	A	A	2 - 437	2 - 437
2	1	1	VAL	VAL	C	C	2 - 437	2 - 437
3	2	2	ALA	ALA	B	B	2 - 438	2 - 428
4	2	2	ALA	ALA	D	D	2 - 438	2 - 428

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 22125.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8V0Z8P0

-
非ポリマー , 11種, 1314分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#10: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-A1IM9 / (2Z,4E)-N-[(S)-[(1R,2E,5S,8E,10Z,17S)-3,11-dimethyl-7,13-bis(oxidanylidene)-6,21-dioxa-19-thiabicyclo[15.3.1]henicosa-2,8,10-trien-5-yl]-oxidanyl-methyl]hexa-2,4-dienamide 分子量: 503.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇NO₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE 分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#14: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.8 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.1 M Mes/0.1M Imidazole, 0.03M CaCl2/MgCl2, 5 mM L-Tyr, 2.5% glycerol, 4.6% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→49.306 Å / Num. obs: 209850 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.629 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/av σ(I): 8.6 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 1.386 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 10323 / CC_1/2: 0.539 / R_pim(I) all: 0.507 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.97→49.306 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 7.118 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2024	10427	4.971 %
R_work	0.1602	199310	-
all	0.162	-	-
obs	-	209737	99.93 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.186 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.723 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.257 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.97→49.306 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16991	0	259	1294	18544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	18094
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	16690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.298	1.836	24613
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.781	1.759	38519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.729	5	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.129	5	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	11.483	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.744	10	3055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	1.62	10	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.569	10	867
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	2686
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.132	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	21545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	15753
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	8952
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	10063
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.133	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.124	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.204	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.181	2.697	8818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.181	2.697	8819
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.985	4.823	11083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.987	4.821	11072
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.075	3.203	9276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.075	3.203	9276
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.103	5.65	13516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.103	5.65	13517
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.092	30.193	20821
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.102	29.201	20465
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.133	0.05	13407
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.123	0.05	13894

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1331	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1331	0.05007
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12305	0.05007
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12305	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.97-2.021	0.298	797	0.276	14623	0.277	15433	0.936	0.945	99.9158	0.26
2.021-2.076	0.276	764	0.249	14148	0.25	14917	0.949	0.959	99.9665	0.226
2.076-2.136	0.258	768	0.208	13855	0.211	14624	0.957	0.972	99.9932	0.181
2.136-2.202	0.22	690	0.182	13412	0.184	14104	0.968	0.978	99.9858	0.156
2.202-2.274	0.229	692	0.174	13062	0.177	13759	0.968	0.981	99.9637	0.147
2.274-2.354	0.217	623	0.154	12653	0.156	13287	0.972	0.986	99.9172	0.129
2.354-2.442	0.187	642	0.145	12230	0.147	12882	0.978	0.987	99.9224	0.122
2.442-2.542	0.202	588	0.143	11721	0.146	12330	0.975	0.988	99.8297	0.122
2.542-2.655	0.186	639	0.137	11242	0.14	11893	0.979	0.989	99.8991	0.118
2.655-2.784	0.205	529	0.152	10807	0.154	11349	0.973	0.987	99.8855	0.133
2.784-2.934	0.204	542	0.148	10299	0.151	10855	0.975	0.987	99.871	0.134
2.934-3.111	0.2	502	0.154	9750	0.156	10252	0.975	0.986	100	0.143
3.111-3.325	0.206	463	0.163	9182	0.165	9646	0.977	0.986	99.9896	0.155
3.325-3.59	0.21	492	0.168	8528	0.17	9020	0.977	0.986	100	0.164
3.59-3.931	0.183	397	0.152	7919	0.153	8318	0.982	0.989	99.976	0.152
3.931-4.391	0.17	370	0.13	7201	0.132	7571	0.984	0.99	100	0.135
4.391-5.064	0.148	331	0.126	6381	0.127	6714	0.987	0.992	99.9702	0.134
5.064-6.185	0.248	262	0.178	5459	0.181	5721	0.973	0.985	100	0.186
6.185-8.679	0.212	204	0.176	4303	0.177	4511	0.979	0.985	99.9113	0.187
8.679-49.306	0.226	132	0.197	2535	0.199	2677	0.97	0.976	99.6264	0.213

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9186	0.0411	-0.3049	2.0919	0.6929	1.3878	0.0524	-0.0057	0.0985	0.1242	0.0096	0.0761	-0.1752	0.0016	-0.062	0.1269	0.0071	0.0186	0.0979	-0.0847	0.0891	25.5179	83.5605	60.6867
2	0.9789	-0.208	0.0293	1.4973	0.8956	1.9456	-0.0078	-0.0259	0.1398	0.0356	-0.0683	0.1884	-0.2054	-0.2046	0.076	0.0626	0.0101	-0.0011	0.1442	-0.0879	0.1393	16.1683	57.2606	29.2673
3	0.9259	-0.2592	0.1025	1.2928	0.4994	1.2137	-0.0103	0.0321	0.0672	-0.0031	0.0208	0.084	-0.0495	-0.0561	-0.0106	0.0094	-0.0167	0.0176	0.0637	-0.039	0.062	13.3362	29.1098	-3.7337
4	1.4241	0.0249	-0.2912	1.0586	0.1369	1.5856	-0.0683	0.2832	-0.0804	-0.1677	0.1004	-0.0625	0.123	0.0011	-0.0321	0.1385	-0.0301	0.0088	0.1835	-0.124	0.097	17.5143	-1.5808	-32.1879
5	0.1301	-0.1224	-0.1012	1.9672	1.9716	2.2405	-0.0331	0.0156	-0.0234	0.2141	0.2643	-0.236	0.2243	0.3668	-0.2312	0.1059	-0.0099	0.0229	0.2581	-0.1028	0.2571	39.9512	41.7979	19.4393
6	1.1278	0.1538	-1.1807	1.0277	-0.4056	2.9463	-0.1211	-0.0655	-0.3126	0.0125	0.1147	-0.1061	0.4264	0.1826	0.0065	0.3277	0.0137	0.0099	0.1175	0.0052	0.2519	4.0953	56.7745	91.0152

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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