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万見
- PDB-9gmp: TKUL kinase domain from Leishmania mexicana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gmp
タイトルTKUL kinase domain from Leishmania mexicana
要素Uncharacterized protein (Map kinase kinase-like protein)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase domain / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-protein transferase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. ...: / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein (Map kinase kinase-like protein)
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Fokkens, T.J. / Wolter, M. / Lorenz, S.
資金援助European Union, ドイツ, 3件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)439-2022European Union
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK2243 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the TKUL kinase domain
著者: Fokkens, T.J. / Wolter, M. / Lorenz, S.
履歴
登録2024年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein (Map kinase kinase-like protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3466
ポリマ－30,8711
非ポリマー4745
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area11760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.092, 74.565, 77.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein (Map kinase kinase-like protein)


分子量: 30871.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania mexicana (メキシコリーシュマニア)
遺伝子: LMXM_34_4000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9B6S8
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition F8 (0.12 M monosaccharides, 0.1 M buffer system 2 pH 7.5, 37% (v/v) precipitant mix 4) protein concentration of 15 mg/mL and a protein-to- ...詳細: Morpheus screen (Molecular Dimensions) condition F8 (0.12 M monosaccharides, 0.1 M buffer system 2 pH 7.5, 37% (v/v) precipitant mix 4) protein concentration of 15 mg/mL and a protein-to-mother liquor ratio of 1:1. Prior to freezing, crystals were soaked with 20% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→44.09 Å / Num. obs: 21222 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.89→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1355 / CC1/2: 0.902

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→38.87 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 1100 5.2 %
Rwork0.1881 --
obs0.1903 21174 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1875 0 31 39 1945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7092668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.903729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013345
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.980.34171330.2712478X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.080.30131500.2322447X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.210.34941240.23812476X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.380.21051320.20182466X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.620.26071710.1992478X-RAY DIFFRACTION100
2.62-30.24491420.20692499X-RAY DIFFRACTION100
3-3.780.25111280.1842540X-RAY DIFFRACTION100
3.78-38.870.19051200.16822690X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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