PDB-9gm0: KvPepI F420-dependent oxidoreductase, F420 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gm0

タイトル

KvPepI F420-dependent oxidoreductase, F420 complex

要素

Putative F420-dependent oxidoreductase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / KvPepi F420-dependent reductase in complex with F420 / Pepstatin biosynthesis

機能・相同性

Luciferase-like, F420-dependent oxidoreductase, MSMEG2516, predicted / alkanesulfonate monooxygenase activity / : / alkanesulfonate catabolic process / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / COENZYME F420 / Putative F420-dependent oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Mueller, R. / Zhao, H. / Sikandar, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Tandem ketone reduction in pepstatin biosynthesis reveals an F 420 H 2 -dependent statine pathway.
著者: Mo, J. / Sikandar, A. / Zhao, H. / Bashiri, G. / Huo, L. / Empting, M. / Muller, R. / Fu, C.

履歴

登録	2024年8月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gm0.cif.gz	229.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gm0.ent.gz	181.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gm0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gm0_validation.pdf.gz	719.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gm0_full_validation.pdf.gz	723.4 KB	表示
XML形式データ	9gm0_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	9gm0_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gm0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/9gm0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9g64C 9gkhC 9gncC 9gndC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative F420-dependent oxidoreductase

B: Putative F420-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative F420-dependent oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative F420-dependent oxidoreductase

登録者が定義した集合体
33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.353, 94.271, 111.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative F420-dependent oxidoreductase 分子量: 33160.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces (バクテリア) / 遺伝子: FHX73_11672 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A561UC02
#2: 化合物	ChemComp-F42 / COENZYME F420 分子量: 773.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₆N₅O₁₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.2 M Sodium acetate and 0.1 M Tris-Cl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.03 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→48.37 Å / Num. obs: 71956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 3513 / CC_1/2: 0.703

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.1_4122: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→48.37 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.96 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1811	3652	5.08 %
R_work	0.1568	-	-
obs	0.1581	71860	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→48.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4118	0	53	524	4695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4248
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.062	5787
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.878	602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	681
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.024	749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.2924	131	0.2488	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.69	0.2439	150	0.2234	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2316	124	0.1968	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.74	0.2229	113	0.1828	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.74-1.77	0.2004	130	0.1702	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.8	0.1953	145	0.1636	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.2167	142	0.1615	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.87	0.1967	158	0.1592	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.87-1.9	0.1952	132	0.1578	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9-1.94	0.1962	132	0.1585	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.94-1.98	0.1879	162	0.1665	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.03	0.1694	147	0.1462	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.08	0.1693	154	0.1426	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.14	0.1663	125	0.1385	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.2	0.1825	143	0.1402	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.27	0.1741	139	0.1362	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.35	0.1698	132	0.1398	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.44	0.1725	138	0.1458	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.56	0.1851	147	0.1492	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.69	0.1469	139	0.152	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.86	0.1838	137	0.1523	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.08	0.1783	147	0.1574	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.39	0.1663	142	0.1633	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.39-3.88	0.1805	138	0.1477	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.89	0.1578	156	0.1409	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
4.89-48.37	0.2124	149	0.1903	2835	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2794	-0.0008	0.1074	1.1751	0.2908	0.4935	0.0177	-0.0184	0.0342	-0.0619	0.0058	-0.0189	-0.0226	-0.0097	-0.0216	0.1381	-0.0022	0.0127	0.1631	0.0001	0.1691	-14.6474	-16.4665	18.2626
2	1.6306	-0.0583	0.1258	1.7252	-0.2671	1.7337	0.1836	0.0763	-0.2884	-0.1533	0.0214	0.2552	0.0065	-0.0929	-0.194	0.1578	0.0156	-0.0196	0.173	-0.0313	0.1875	-20.409	-0.6821	27.8124
3	1.1398	-0.5526	0.5568	1.2387	-0.3674	1.5775	-0.059	-0.0147	0.0929	-0.2496	0.0753	0.0044	-0.2516	-0.1567	-0.012	0.2446	-0.007	0.0132	0.1772	-0.0099	0.1868	-17.8273	8.1657	14.1735
4	0.472	0.0563	-1.0718	3.312	-0.9767	3.1274	0.0278	0.0071	0.0617	-0.3959	0.0034	-0.1488	-0.0021	0.0263	0.003	0.2716	-0.0055	0.0646	0.1844	-0.0138	0.2088	-10.3636	-0.5217	8.181
5	0.5757	0.4297	0.2141	1.1981	0.4171	1.3043	0.0022	0.0499	-0.1072	0.1027	0.0575	-0.246	-0.0033	0.1311	-0.0388	0.1581	-0.0084	-0.031	0.189	0.0136	0.2038	-30.8998	-8.0386	-10.0541
6	0.7058	-0.0461	-0.2394	0.7863	0.0339	0.4986	-0.0049	-0.0473	-0.0288	0.1506	-0.0042	-0.0891	-0.0222	0.0314	0.006	0.1866	-0.0011	-0.0146	0.1579	0.0114	0.1707	-41.8925	-13.9723	-8.6878
7	2.0398	-1.1469	-1.2022	1.461	0.5586	1.6425	0.1349	0.1671	0.2446	-0.1592	-0.1029	-0.0467	-0.2149	0.1824	-0.0063	0.2071	0.0273	0.017	0.2089	0.0427	0.1765	-47.759	-6.031	-28.0676
8	0.7551	-0.1819	0.3668	1.0151	-0.9026	1.5177	0.0684	-0.0627	-0.0101	0.012	-0.0266	0.0403	0.0431	-0.1122	-0.0292	0.1835	0.0122	0.0091	0.1857	0.0171	0.1699	-53.3215	-6.1842	-12.2158
9	0.8754	-0.1674	0.9829	2.1643	0.3329	1.2227	0.0563	0.176	0.1526	-0.119	-0.1619	-0.0027	-0.0277	0.0911	0.1119	0.1927	0.023	0.0164	0.2276	0.023	0.1804	-48.8867	4.8558	-11.5307
10	3.1798	0.7003	-0.8645	2.909	-1.5384	3.9381	-0.0748	-0.1799	0.3257	0.2026	-0.1279	0.2849	-0.0759	-0.2597	0.1934	0.2434	0.0236	0.0351	0.212	-0.0324	0.2567	-51.7121	10.796	-6.1945
11	2.7264	1.4008	-0.8284	1.297	-0.1445	0.9152	-0.0799	0.1203	0.1034	-0.0004	0.1305	-0.1594	-0.1859	0.1906	-0.0165	0.2185	-0.0517	0.006	0.2559	-0.0019	0.2223	-32.6764	8.5432	-8.847
12	4.7413	-0.5068	2.2463	1.5578	-1.2672	5.6462	0.2424	0.7783	0.2529	-0.1617	0.2263	0.1445	-0.4153	-0.3774	-0.3391	0.3995	-0.0751	0.0224	0.5441	0.1752	0.4099	-28.2278	20.5761	-18.7584
13	2.8344	0.2454	-0.0324	0.8133	0.1849	0.8861	0.0831	0.1761	0.3917	0.1067	-0.0447	-0.0169	-0.1947	0.0619	-0.0055	0.2563	-0.0404	0.0067	0.2183	-0.0008	0.2367	-33.4004	14.8987	-5.9057
14	2.2487	0.0766	-0.461	1.3461	0.1249	0.5632	0.0228	0.1583	-0.1792	0.1103	-0.0197	-0.0891	-0.0858	-0.0629	-0.0128	0.1984	-0.0267	-0.03	0.1922	0.0079	0.2016	-28.4612	2.7625	-6.1996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 25 through 182 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 183 through 221 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 222 through 284 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 285 through 304 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 25 through 67 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 68 through 118 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 119 through 136 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 137 through 166 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 167 through 200 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 201 through 221 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 222 through 236 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 237 through 252 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 253 through 284 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 285 through 304 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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