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- PDB-9gi4: TFIIIC5 DNA binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gi4
タイトルTFIIIC5 DNA binding domain
要素General transcription factor 3C polypeptide 5
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TFIIIC / Transcription / Pol III
機能・相同性
機能・相同性情報


5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / transcription by RNA polymerase III / skeletal muscle cell differentiation / tRNA transcription by RNA polymerase III ...5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / transcription by RNA polymerase III / skeletal muscle cell differentiation / tRNA transcription by RNA polymerase III / DNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / Tau95 Triple barrel domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / General transcription factor 3C polypeptide 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Leen, E. / Bayliss, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V029975/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: N-myc interacts with TFIIIC via the DNA binding interface of TFIIIC5.
著者: Leen, E. / Bayliss, R.
履歴
登録2024年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General transcription factor 3C polypeptide 5
B: General transcription factor 3C polypeptide 5
C: General transcription factor 3C polypeptide 5
D: General transcription factor 3C polypeptide 5
E: General transcription factor 3C polypeptide 5
F: General transcription factor 3C polypeptide 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,70313
ポリマ－168,0386
非ポリマー6657
水54030
1
A: General transcription factor 3C polypeptide 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1012
ポリマ－28,0061
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: General transcription factor 3C polypeptide 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1012
ポリマ－28,0061
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: General transcription factor 3C polypeptide 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1012
ポリマ－28,0061
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: General transcription factor 3C polypeptide 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1963
ポリマ－28,0061
非ポリマー1902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: General transcription factor 3C polypeptide 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1012
ポリマ－28,0061
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: General transcription factor 3C polypeptide 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1012
ポリマ－28,0061
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.524, 37.644, 276.677
Angle α, β, γ (deg.)90.010, 90.020, 59.900
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質
General transcription factor 3C polypeptide 5 / TF3C-epsilon / Transcription factor IIIC 63 kDa subunit / TFIIIC 63 kDa subunit / TFIIIC63 / ...TF3C-epsilon / Transcription factor IIIC 63 kDa subunit / TFIIIC 63 kDa subunit / TFIIIC63 / Transcription factor IIIC subunit epsilon


分子量: 28006.293 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Modified human TFIIIC5 protein sequence (UniProt Q9Y5Q8). 208-470 Delta 345-366 inclusive. The construct has a non-native Glycine at the N-terminus.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF3C5, CDABP0017 / プラスミド: pET30TEV
詳細 (発現宿主): pET vector with an N-terminal TEV cleavable 6xHis tag
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: Q9Y5Q8
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M Phosphate/Citrate pH 4.2, 40% PEG 300.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→46.11 Å / Num. obs: 38159 / % possible obs: 97.91 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 67.74 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.67→2.742 Å / Num. unique obs: 3706 / Rpim(I) all: 0.692 / % possible all: 93.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.63→46.11 Å / SU ML: 0.485 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 34.1286
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2996 1825 4.78 %Random selection
Rwork0.2437 36334 --
obs0.2463 38159 97.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→46.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9225 0 35 30 9290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.486212915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04021389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.59781267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.70.35311390.32592729X-RAY DIFFRACTION91.22
2.7-2.780.32991280.33662610X-RAY DIFFRACTION97.54
2.78-2.870.4464520.33033043X-RAY DIFFRACTION98.16
2.87-2.970.40961930.29922645X-RAY DIFFRACTION98.13
2.97-3.090.39361980.28562855X-RAY DIFFRACTION98.01
3.09-3.230.27371000.28772729X-RAY DIFFRACTION98.09
3.23-3.40.25661120.25452961X-RAY DIFFRACTION98.68
3.4-3.610.28921640.23622659X-RAY DIFFRACTION98.26
3.61-3.890.3664960.24622865X-RAY DIFFRACTION98.8
3.89-4.290.31271940.21412828X-RAY DIFFRACTION99.15
4.29-4.90.23291100.20132819X-RAY DIFFRACTION99.09
4.9-6.180.27891820.24482876X-RAY DIFFRACTION99.25
6.18-46.110.28821570.23042715X-RAY DIFFRACTION97.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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