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- PDB-9gi0: Truncated MmpL4 in detergent -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gi0
タイトルTruncated MmpL4 in detergent
要素
  • Acyl carrier protein
  • Siderophore exporter MmpL4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RND superfamily MmpL family Siderophore export Drug resistance Acyl carrier protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Kdo2-lipid A biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Membrane transport protein MmpL family / : / Membrane transport protein MMPL domain / MMPL family / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Acyl carrier protein / Siderophore exporter MmpL4
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Earp, J.C. / Garaeva, A.A. / Seeger, M.A.
資金援助European Union, スイス, 米国, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)772190European Union
University of ZurichFK-21-041 スイス
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21 AI151239 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI137338 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of siderophore export and drug efflux by Mycobacterium tuberculosis.
著者: Jennifer C Earp / Alisa A Garaeva / Virginia Meikle / Michael Niederweis / Markus A Seeger /
要旨: To replicate and cause disease, Mycobacterium tuberculosis secretes siderophores called mycobactins to scavenge iron from the human host. Two closely related transporters, MmpL4 and MmpL5, are ...To replicate and cause disease, Mycobacterium tuberculosis secretes siderophores called mycobactins to scavenge iron from the human host. Two closely related transporters, MmpL4 and MmpL5, are required for mycobactin secretion and drug efflux. In clinical strains, overproduction of MmpL5 confers resistance towards bedaquiline and clofazimine, key drugs to combat multidrug resistant tuberculosis. Here, we present cryogenic-electron microscopy structures of MmpL4 and identify a mycobactin binding site, which is accessible from the cytosol and also required for bedaquiline efflux. An unusual coiled-coil domain predicted to extend 130 Å into the periplasm is essential for mycobactin and bedaquiline efflux by MmpL4 and MmpL5. The mycobacterial acyl carrier protein MbtL forms a complex with MmpL4, indicating that mycobactin synthesis and export are coupled. Thus, MmpL4 and MmpL5 constitute the core components of a unique multi-subunit machinery required for iron acquisition and drug efflux by M. tuberculosis.
履歴
登録2024年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月19日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年2月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein
B: Siderophore exporter MmpL4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1983
ポリマ－92,4542
非ポリマー7441
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Acyl carrier protein / ACP


分子量: 8645.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TDX7
#2: タンパク質 Siderophore exporter MmpL4


分子量: 83808.508 Da / 分子数: 1 / Mutation: Deletion of S491-Y685 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A coiled-coil domain of MmpL4 (S491-Y685), predicted by AlphaFold2, was deleted and replaced with a short GS linker.,A coiled-coil domain of MmpL4 (S491-Y685), predicted by AlphaFold2, was ...詳細: A coiled-coil domain of MmpL4 (S491-Y685), predicted by AlphaFold2, was deleted and replaced with a short GS linker.,A coiled-coil domain of MmpL4 (S491-Y685), predicted by AlphaFold2, was deleted and replaced with a short GS linker.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: mmpL4, MT0466 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJV2
#3: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of truncated MmpL4 from M. tuberculosis bound to the E. coli acyl carrier protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1138 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl pH 7.5, 150mM NaCl, 0.03% DDM
試料濃度: 9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: at 15 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.3 sec. / 電子線照射量: 64 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6759
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv3.2粒子像選択
2EPUv2.9画像取得
4cryoSPARCv4.1.2CTF補正
7Cootモデルフィッティング
8ISOLDEモデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC4.1.2初期オイラー角割当
12cryoSPARCv4.1.2最終オイラー角割当
14cryoSPARCv4.1.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1633599
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 316324 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11P9WJV3B1AlphaFoldin silico model
21P0A6A8A2AlphaFoldin silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 121.2 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00316209
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47078426
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03751003
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00291062
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.8183897

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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