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タイトルStructural basis of siderophore export and drug efflux by Mycobacterium tuberculosis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 1934, Year 2025
掲載日2025年2月24日
著者Jennifer C Earp / Alisa A Garaeva / Virginia Meikle / Michael Niederweis / Markus A Seeger /
PubMed 要旨To replicate and cause disease, Mycobacterium tuberculosis secretes siderophores called mycobactins to scavenge iron from the human host. Two closely related transporters, MmpL4 and MmpL5, are ...To replicate and cause disease, Mycobacterium tuberculosis secretes siderophores called mycobactins to scavenge iron from the human host. Two closely related transporters, MmpL4 and MmpL5, are required for mycobactin secretion and drug efflux. In clinical strains, overproduction of MmpL5 confers resistance towards bedaquiline and clofazimine, key drugs to combat multidrug resistant tuberculosis. Here, we present cryogenic-electron microscopy structures of MmpL4 and identify a mycobactin binding site, which is accessible from the cytosol and also required for bedaquiline efflux. An unusual coiled-coil domain predicted to extend 130 Å into the periplasm is essential for mycobactin and bedaquiline efflux by MmpL4 and MmpL5. The mycobacterial acyl carrier protein MbtL forms a complex with MmpL4, indicating that mycobactin synthesis and export are coupled. Thus, MmpL4 and MmpL5 constitute the core components of a unique multi-subunit machinery required for iron acquisition and drug efflux by M. tuberculosis.
リンクNat Commun / PubMed:39994240 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 6.3 Å
構造データ

51366

9gi0

EMDB-51366, PDB-9gi0:
Truncated MmpL4 in detergent
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

51368

9gi2

EMDB-51368, PDB-9gi2:
Truncated MmpL4 in nanodiscs in absence of substrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

51369

9gi3

EMDB-51369, PDB-9gi3:
Truncated MmpL4 in nanodiscs in the presence of desferrated mycobactin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-51370: Full-length MmpL4 in complex with the synthetic nanobody Sb09 and the E. coli acyl carrier protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-51371: Truncated MmpL4 mutant R375E/R383E.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

化合物

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

PDB-1il5:
STRUCTURE OF RICIN A CHAIN BOUND WITH INHIBITOR 2,5-DIAMINO-4,6-DIHYDROXYPYRIMIDINE (DDP)

由来
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • escherichia coli mc1061 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / RND superfamily MmpL family Siderophore export Drug resistance Acyl carrier protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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