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- PDB-9gh7: Complex of human TfR1 with a potent bicyclic peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gh7
タイトルComplex of human TfR1 with a potent bicyclic peptide
要素
  • Bicyclic peptide
  • Transferrin receptor protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transferrin receptor protein 1
機能・相同性
機能・相同性情報


transferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of isotype switching / Transferrin endocytosis and recycling / response to manganese ion / response to copper ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / RND1 GTPase cycle ...transferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / positive regulation of isotype switching / Transferrin endocytosis and recycling / response to manganese ion / response to copper ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / response to retinoic acid / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / transport across blood-brain barrier / clathrin-coated pit / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / response to nutrient / Hsp70 protein binding / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / transferrin transport / acute-phase response / positive regulation of protein-containing complex assembly / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / receptor internalization / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein localization to nucleus / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cellular response to xenobiotic stimulus / Clathrin-mediated endocytosis / melanosome / extracellular vesicle / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / cytoplasmic vesicle / blood microparticle / basolateral plasma membrane / intracellular iron ion homeostasis / response to hypoxia / early endosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / endosome / intracellular signal transduction / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transferrin receptor protein 1/2, PA domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Peptidase M28 / Peptidase family M28
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transferrin receptor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.079 Å
データ登録者Pellegrino, S. / Pernigo, S. / Swan, M.K. / Bezerra, G.A. / Chen, L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Not funded 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2025
タイトル: Conjugation to a transferrin receptor 1-binding Bicycle peptide enhances ASO and siRNA potency in skeletal and cardiac muscles.
著者: Ostergaard, M.E. / Carrer, M. / Anderson, B.A. / Afetian, M. / Bakooshli, M.A. / Santos, J.A. / Klein, S.K. / Capitanio, J. / Freestone, G.C. / Tanowitz, M. / Galindo-Murillo, R. / Gaus, H.J. ...著者: Ostergaard, M.E. / Carrer, M. / Anderson, B.A. / Afetian, M. / Bakooshli, M.A. / Santos, J.A. / Klein, S.K. / Capitanio, J. / Freestone, G.C. / Tanowitz, M. / Galindo-Murillo, R. / Gaus, H.J. / Dwyer, C.A. / Jackson, M. / Jafar-Nejad, P. / Rigo, F. / Seth, P.P. / Gaynor, K.U. / Stanway, S.J. / Urbonas, L. / St Denis, M.A. / Pellegrino, S. / Bezerra, G.A. / Rigby, M. / Gowans, E. / Van Rietschoten, K. / Beswick, P. / Chen, L. / Skynner, M.J. / Swayze, E.E.
履歴
登録2024年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transferrin receptor protein 1
P: Bicyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8217
ポリマ-77,6272
非ポリマー1,1945
2,054114
1
A: Transferrin receptor protein 1
P: Bicyclic peptide
ヘテロ分子

A: Transferrin receptor protein 1
P: Bicyclic peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,64214
ポリマ-155,2534
非ポリマー2,38810
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area11180 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area46450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.955, 94.955, 225.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / , 3種, 4分子 AP

#1: タンパク質 Transferrin receptor protein 1 / TR / TfR / TfR1 / Trfr / T9 / p90


分子量: 76081.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFRC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): Expi293f / 参照: UniProt: P02786
#2: タンパク質・ペプチド Bicyclic peptide


分子量: 1544.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Bicyclic peptide inhibitor. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 117分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-A1ILE / 1-(3,5-diethanoyl-1,3,5-triazinan-1-yl)ethanone


分子量: 213.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C9H15N3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 12% (w/v) PEG 3350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月15日 / 詳細: 80x20
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.079→87.542 Å / Num. obs: 48208 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 24.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.079→2.264 Å / Rmerge(I) obs: 1.256 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2411 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.363 / Rrim(I) all: 1.308 / % possible all: 75.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0430精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.079→87.542 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.199 / SU B: 5.546 / SU ML: 0.138 / Average fsc free: 0.954 / Average fsc work: 0.9674 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2351 2438 5.057 %Random selection
Rwork0.1983 45770 --
all0.2 ---
obs-48208 76.422 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 52.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.079 Å20 Å20 Å2
2---0.079 Å20 Å2
3---0.158 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.079→87.542 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5098 0 78 114 5290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0125308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7221.8097211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5961.74811356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3225648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.4725.55627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.93810850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg2.117103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.5210238
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026226
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2030.24747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.22711
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0950.22880
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2195
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0670.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.140.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1540.226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1810.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.265.1832599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.265.1832599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.839.3023244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8299.3023245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.245.6422709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.2395.6422710
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.53710.1683967
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.53610.1673968
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.93151.9086055
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.93151.9076056
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.079-2.1330.298130.3372560.33545730.9180.9135.88240.332
2.133-2.1910.362370.3167150.31844770.9350.93116.7970.305
2.191-2.2550.28560.28710950.28643480.9490.94326.47190.273
2.255-2.3240.312990.27917610.28142330.9390.94743.94050.256
2.324-2.40.3091320.27327930.27541010.9440.95271.32410.249
2.4-2.4840.322040.26236860.26539850.9390.95697.61610.236
2.484-2.5780.2851950.25736470.25838440.9510.9699.9480.224
2.578-2.6830.2972030.24534930.24836960.9460.9651000.212
2.683-2.8020.311670.23333850.23735520.9380.9681000.2
2.802-2.9390.2741730.22432250.22733990.9470.96999.97060.198
2.939-3.0980.2811560.2231080.22232640.9480.9711000.197
3.098-3.2850.271550.23329380.23530930.9510.9661000.217
3.285-3.5120.2831490.22827680.23129170.9540.9691000.217
3.512-3.7930.2621420.21225820.21427240.9630.9761000.207
3.793-4.1540.1981200.17424010.17525210.9780.9841000.179
4.154-4.6430.181300.14821600.1522900.980.9871000.167
4.643-5.3590.166990.15219540.15320530.9830.9861000.177
5.359-6.5570.278910.17516580.18117490.9640.9841000.201
6.557-9.2470.166720.15113340.15214060.9840.9891000.19
9.247-87.5420.146450.1818110.188560.9870.9721000.259

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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