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- PDB-9ggp: Alpha-1-antitrypsin in complex with the Fab fragment of an anti-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ggp
タイトルAlpha-1-antitrypsin in complex with the Fab fragment of an anti-polymer antibody
要素
  • Alpha-1-antitrypsin
  • Fab fragment heavy chain of 2C1 monoclonal antibody
  • Fab fragment light chain of 2C1 monoclonal antibody
キーワードPROTEIN BINDING / Serpin / Fab fragment / monoclonal antibody / selective binding / epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation ...Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Post-translational protein phosphorylation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protease binding / : / ficolin-1-rich granule lumen / endoplasmic reticulum lumen / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-1-antitrypsin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Lowen, S.M. / Laffranchi, M. / Lomas, D.A. / Irving, J.A.
資金援助 英国, 米国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/V034243/1 英国
Other private1036784 米国
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: High-resolution characterization of ex vivo AAT polymers by solution-state NMR spectroscopy.
著者: Lowen, S.M. / Waudby, C.A. / Jagger, A.M. / Aldobiyan, I. / Laffranchi, M. / Fra, A. / Christodoulou, J. / Irving, J.A. / Lomas, D.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2013
タイトル: How good are my data and what is the resolution?
著者: Evans, P.R. / Murshudov, G.N.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: Integration, scaling, space-group assignment and post-refinement.
著者: Kabsch, W.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-1-antitrypsin
B: Alpha-1-antitrypsin
H: Fab fragment heavy chain of 2C1 monoclonal antibody
L: Fab fragment light chain of 2C1 monoclonal antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,7797
ポリマ－138,5934
非ポリマー1863
水10,989610
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10980 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area32670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.946, 75.554, 87.146
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-393-

GLN

21A-703-

HOH

31H-459-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1-antitrypsin / Alpha-1 protease inhibitor / Alpha-1-antiproteinase / Serpin A1


分子量: 45611.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Reactive centre loop cleaved / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINA1, AAT, PI, PRO0684, PRO2209 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P01009
#2: 抗体 Fab fragment heavy chain of 2C1 monoclonal antibody


分子量: 23874.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Spleen / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment light chain of 2C1 monoclonal antibody


分子量: 23494.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Spleen / 細胞株 (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.2 M Ammonium citrate dibasic 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 pH 5.1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月20日 / 詳細: KB mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→44.36 Å / Num. obs: 81380 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.184 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 1060725
反射 シェル解像度: 1.84→1.9 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 2.869 / Num. measured all: 106307 / Num. unique obs: 7899 / CC1/2: 0.564 / Rpim(I) all: 0.805 / Rrim(I) all: 2.981 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I) obs: 1.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→39.9 Å / SU ML: 0.2391 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4971
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 2000 2.46 %
Rwork0.1728 79305 -
obs0.1737 81305 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6120 0 12 610 6742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00726396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85118716
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.94712309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.84-1.890.37161400.35125586X-RAY DIFFRACTION99.98
1.89-1.940.35691430.28885623X-RAY DIFFRACTION99.93
1.94-1.990.26941400.24445576X-RAY DIFFRACTION99.97
1.99-2.060.27031420.22425608X-RAY DIFFRACTION99.97
2.06-2.130.24081410.20985617X-RAY DIFFRACTION99.97
2.13-2.220.2221420.19075619X-RAY DIFFRACTION99.98
2.22-2.320.26221420.1835624X-RAY DIFFRACTION99.97
2.32-2.440.2371420.17745646X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.590.20641420.18075633X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.790.26151430.18565680X-RAY DIFFRACTION99.98
2.79-3.070.21311440.17665693X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.520.19011440.16185705X-RAY DIFFRACTION100
3.52-4.430.15621460.13565770X-RAY DIFFRACTION99.88
4.43-39.90.1641490.14895925X-RAY DIFFRACTION98.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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