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- PDB-9gfe: hRAR LBD protein in complex with AM580 agonist ligand and a stapl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gfe
タイトルhRAR LBD protein in complex with AM580 agonist ligand and a stapled peptide
要素
  • Retinoic acid receptor alpha
  • Stapled peptide-like ligand
キーワードTRANSCRIPTION / hRAR LBD protein / complex / stapled peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / glandular epithelial cell development ...Sertoli cell fate commitment / positive regulation of binding / trachea cartilage development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / chondroblast differentiation / embryonic camera-type eye development / protein kinase B binding / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / glandular epithelial cell development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / prostate gland development / negative regulation of cartilage development / retinoic acid-responsive element binding / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / outflow tract septum morphogenesis / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / response to vitamin A / limb development / apoptotic cell clearance / regulation of myelination / Signaling by Retinoic Acid / ureteric bud development / DNA-binding transcription repressor activity / protein kinase A binding / heterocyclic compound binding / positive regulation of interleukin-4 production / alpha-actinin binding / face development / germ cell development / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to estrogen stimulus / response to retinoic acid / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to retinoic acid / positive regulation of cell cycle / response to cytokine / positive regulation of neuron differentiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / negative regulation of miRNA transcription / liver development / hippocampus development / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / female pregnancy / neural tube closure / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / multicellular organism growth / regulation of synaptic plasticity / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / mRNA 5'-UTR binding / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / actin cytoskeleton / cellular response to lipopolysaccharide / spermatogenesis / transcription regulator complex / response to ethanol / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein phosphorylation / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / chromatin binding / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...: / : / Retinoic acid receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EQN / Retinoic acid receptor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.583 Å
データ登録者Perdriau, C. / Luton, A. / Zimmeter, K. / Neuville, M. / Saragaglia, C. / Peluso-lltis, C. / Kauffmann, B. / Collie, G. / Rochel, N. / Guichard, G. / Pasco, M.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-CE07-0010 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE07-0020 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE18-0038 フランス
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2025
タイトル: Guanidinium-Stapled Helical Peptides for Targeting Protein-Protein Interactions.
著者: Perdriau, C. / Luton, A. / Zimmeter, K. / Neuville, M. / Saragaglia, C. / Peluso-Iltis, C. / Osz, J. / Kauffmann, B. / Collie, G.W. / Rochel, N. / Guichard, G. / Pasco, M.
履歴
登録2024年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor alpha
B: Stapled peptide-like ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1373
ポリマ－27,7862
非ポリマー3511
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.66, 62.34, 49.47
Angle α, β, γ (deg.)90, 105.3, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-660-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor alpha / RAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group B member 1


分子量: 26587.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RARA, NR1B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P10276
#2: タンパク質・ペプチド Stapled peptide-like ligand


分子量: 1198.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-EQN / 4-{[(5,5,8,8-tetramethyl-5,6,7,8-tetrahydronaphthalen-2-yl)carbonyl]amino}benzoic acid / Am-580


分子量: 351.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 3350 20%, 0.2M Lithium Acetate, 0.05M NH4 Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→37.6 Å / Num. obs: 33762 / % possible obs: 96.31 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.58→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.5313 / Num. unique obs: 5222

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.583→28.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.097 / SU Rfree Blow DPI: 0.093 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.092
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2291 1996 -RANDOM
Rwork0.2042 ---
obs0.2057 33762 96.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.3032 Å20 Å21.6386 Å2
2---7.4334 Å20 Å2
3---3.1302 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.583→28.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1832 0 112 162 2106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012017HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.022745HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d759SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes358HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2017HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion277SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2036SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.18
LS精密化 シェル解像度: 1.583→1.6 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4008 40 -
Rwork0.366 --
obs--67.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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