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- PDB-9gfa: Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with Tau pS214 pepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gfa
タイトルCrystal structure of 14-3-3 sigma in complex with Tau pS214 peptide and covalent stabilizer LD33
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Microtubule-associated protein tau
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 / tau / protein-protein interaction / covalent stabilization
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / negative regulation of tubulin deacetylation ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / phosphatidylinositol bisphosphate binding / negative regulation of tubulin deacetylation / generation of neurons / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / positive regulation of epidermal cell differentiation / regulation of mitochondrial fission / keratinocyte development / keratinization / axon development / regulation of chromosome organization / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / regulation of cell-cell adhesion / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of microtubule polymerization / dynactin binding / cAMP/PKA signal transduction / apolipoprotein binding / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / main axon / protein polymerization / phosphoserine residue binding / glial cell projection / axolemma / negative regulation of mitochondrial fission / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / negative regulation of keratinocyte proliferation / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of cellular response to heat / positive regulation of superoxide anion generation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / synapse assembly / supramolecular fiber organization / RHO GTPases activate PKNs / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of protein localization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of calcium-mediated signaling / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / astrocyte activation / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / positive regulation of cell adhesion / nuclear periphery / regulation of microtubule cytoskeleton organization / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / protein phosphatase 2A binding / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / cellular response to reactive oxygen species / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / synapse organization / PKR-mediated signaling / cellular response to nerve growth factor stimulus / protein homooligomerization / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / neuron projection development / intracellular protein localization / cell-cell signaling
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. ...Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Microtubule-associated protein tau / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者van den Oetelaar, M.C.M. / Engelen, S.F.H. / Ottmann, C. / Brunsveld, L.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Site-selective stabilization of the 14-3-3/tau protein-protein interaction
著者: Oberheide, A.O. / van den Oetelaar, M.C.M. / Scheele, J.J.A. / Engelen, S.F.H. / Cossar, P. / Ottmann, C. / Brunsveld, L.
履歴
登録2024年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Microtubule-associated protein tau
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4443
ポリマ－28,0792
非ポリマー3641
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12340 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.384, 112.568, 62.459
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 1520.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
#3: 化合物 ChemComp-A1IKN / 3-(3-bromanyl-4-methyl-phenyl)-2-pyridin-3-yl-1,2-dihydrobenzimidazole


分子量: 364.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H14BrN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10mg/mL 14-3-3sigma delta C, 1.5eq peptide, 0.095 M HEPES pH 7.1, 28% PEG400, 0.19 M CaCl2, 5% (v/v) glycerol compound soaked

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.885601 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885601 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→66.48 Å / Num. obs: 38694 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 1894 / CC1/2: 0.954

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5精密化
PDB-REDO精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→66.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 1.31 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19621 1974 5.1 %RANDOM
Rwork0.17349 ---
obs0.17466 36693 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å2-0 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→66.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1870 0 23 181 2074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0161933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.8212603
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5871.5684241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1275.28250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg52.95352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0510360
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9921.86950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9851.859950
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0373.3161184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0383.321185
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.4942.342983
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.492.342983
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.3264.0571420
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.37122.332314
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.35222.162284
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.198 150 -
Rwork0.174 2689 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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