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- PDB-9gee: Entamoeba histolytica Gal/GalNAc lectin heavy chain residues 808-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gee
タイトルEntamoeba histolytica Gal/GalNAc lectin heavy chain residues 808-992 in the presence of galactose
要素Galactose/N-acetyl-D-galactosamine lectin heavy subunit 1
キーワードCELL ADHESION / Entamoeba histolytica / lectin / Gal/GalNAc / trogocytosis
機能・相同性carbohydrate binding / cell adhesion / plasma membrane / Galactose/N-acetyl-D-galactosamine lectin heavy subunit 1
機能・相同性情報
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.818 Å
データ登録者Gerard, S.F. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: Structural basis for carbohydrate recognition by the Gal/GalNAc lectin of Entamoeba histolytica involved in host cell adhesion.
著者: Samuel F Gérard / Christina Redfield / Matthew K Higgins /
要旨: Intestinal amoebiasis is caused by Entamoeba histolytica, one of the deadliest human-infective parasites. Central to its pathogenicity is its binding to mucosal carbohydrates, which precedes tissue ...Intestinal amoebiasis is caused by Entamoeba histolytica, one of the deadliest human-infective parasites. Central to its pathogenicity is its binding to mucosal carbohydrates, which precedes tissue damage by trogocytosis. Carbohydrate binding is mediated by a single adhesin, the galactose/N-acetylgalactosamine (Gal/GalNAc) lectin, which is the leading vaccine candidate for amoebiasis. We present the structure of the native heterodimeric lectin, revealing an ordered core containing the light chain and the N-terminal region of the heavy chain. Structures obtained in the presence of ligand show that the Gal/GalNAc binding site is in the light chain, which adopts a β-trefoil fold found in other lectins. An elongated arm emerges from the heavy chain, which adopts multiple positions and may be modulated by sugar binding. This study reveals the molecular basis for sugar binding by the Entamoeba histolytica Gal/GalNAc lectin, a prerequisite for parasite invasion and development of intestinal disease.
履歴
登録2024年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Galactose/N-acetyl-D-galactosamine lectin heavy subunit 1
B: Galactose/N-acetyl-D-galactosamine lectin heavy subunit 1
C: Galactose/N-acetyl-D-galactosamine lectin heavy subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9706
ポリマ－65,3063
非ポリマー6643
水7,891438
1
A: Galactose/N-acetyl-D-galactosamine lectin heavy subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9902
ポリマ－21,7691
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Galactose/N-acetyl-D-galactosamine lectin heavy subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9902
ポリマ－21,7691
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Galactose/N-acetyl-D-galactosamine lectin heavy subunit 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9902
ポリマ－21,7691
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.239, 146.315, 85.328
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Galactose/N-acetyl-D-galactosamine lectin heavy subunit 1 / Gal/GalNAc lectin heavy subunit 1 / Galactose-inhibitable lectin 170 kDa subunit / N-acetyl D- ...Gal/GalNAc lectin heavy subunit 1 / Galactose-inhibitable lectin 170 kDa subunit / N-acetyl D-galactosamine-specific lectin


分子量: 21768.637 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: hgl1, EHI_133900 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32022
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M Sodium acetate, pH 4.0, 0.225 M Ammonium sulfate, 12 % w/v PEG 4000, 500 mM Gal + 20% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.818→77.95 Å / Num. obs: 52043 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.818→2 Å / Num. unique obs: 2602 / CC1/2: 0.43 / Rpim(I) all: 0.882

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (26-JUL-2023)精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 9GEI

9gei


解像度: 1.818→36.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.185 / SU Rfree Blow DPI: 0.162 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2459 2527 4.86 %RANDOM
Rwork0.2173 ---
obs0.2187 52033 62.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 108.55 Å2 / Biso mean: 44.51 Å2 / Biso min: 18.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7569 Å20 Å2-2.4171 Å2
2---2.6705 Å20 Å2
3---5.4274 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.818→36.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4398 0 42 438 4878
Biso mean--40.42 47.41 -
残基数----544
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1651SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes771HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4540HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion627SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3641SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4540HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6139HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.36
LS精密化 シェル解像度: 1.82→1.94 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3378 45 4.32 %
Rwork0.2971 996 -
all0.2989 1041 -
obs--6.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.74281.28310.36580.7672-0.0721-0.37670.1673-0.23570.41870.0808-0.09440.1041-0.0313-0.0699-0.0729-0.2016-0.00690.0091-0.0065-0.0457-0.10074.255334.646716.8666
23.1212-2.55020.2332.92-0.3254-0.4036-0.1181-0.18340.10170.29580.1784-0.11050.0639-0.0243-0.0602-0.06060.083-0.1065-0.1339-0.0419-0.0789-18.741311.694518.4058
30.62431.0873-0.20653.0541-0.2264-0.2337-0.05790.1026-0.12980.14050.1413-0.274-0.0043-0.0344-0.0834-0.0826-0.0097-0.0719-0.18940.0015-0.034113.11883.682222.993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ C|808 - C|992 }C808 - 992
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|808 - A|992 }A808 - 992
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|808 - B|992 }B808 - 992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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