PDB-9gdg: Crystal structure of TRIM24 PHD-BRD in complex with N-(2-(2-(2-ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gdg

タイトル

Crystal structure of TRIM24 PHD-BRD in complex with N-(2-(2-(2-acetamidoethoxy)ethoxy)ethyl)-3-(N-(1,3-dimethyl-2-oxo-6-(3-propoxyphenoxy)-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)sulfamoyl)benzamide (PEG linker unresolved)

要素

Transcription intermediary factor 1-alpha

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcriptional regulation / PHD / Bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

perichromatin fibrils / regulation of vitamin D receptor signaling pathway / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / calcium ion homeostasis / : / Signaling by FGFR1 in disease / regulation of signal transduction by p53 class mediator / epithelial cell proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.462 Å

データ登録者

Platt, M.A. / Kot, E. / Conway, S.J. / Koekemoer, L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TRIM24 PHD-BRD in complex with N-(2-(2-(2-acetamidoethoxy)ethoxy)ethyl)-3-(N-(1,3-dimethyl-2-oxo-6-(3-propoxyphenoxy)-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)sulfamoyl) ...
著者: Platt, M.A. / Kot, E. / Conway, S.J. / Koekemoer, L.

履歴

登録	2024年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gdg.cif.gz	192.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gdg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gdg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9gdg_validation.pdf.gz	761.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9gdg_full_validation.pdf.gz	763 KB	表示
XML形式データ	9gdg_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	9gdg_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/9gdg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/9gdg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Transcription intermediary factor 1-alpha

ヘテロ分子

22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.942, 36.652, 65.456
Angle α, β, γ (deg.)	90, 111.325, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcription intermediary factor 1-alpha / TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / RING-type E3 ubiquitin ...TIF1-alpha / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM24 / RING finger protein 82 / RING-type E3 ubiquitin transferase TIF1-alpha / Tripartite motif-containing protein 24 分子量: 21481.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM24, RNF82, TIF1, TIF1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15164, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-A1IKF / N-(2-(2-(2-acetamidoethoxy)ethoxy)ethyl)-3-(N-(1,3-dimethyl-2-oxo-6-(3-propoxyphenoxy)-2,3-dihydro-1H-benzo[d]imidazol-5-yl)sulfamoyl)benzamide 分子量: 683.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₁N₅O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES (pH 7.3), 5% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.46→60.974 Å / Num. obs: 23849 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 6.44 % / R_rim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 1.46→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1192 / R_rim(I) all: 0.623

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0430 (refmacat 0.4.77)	精密化
autoPROC		data processing
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.462→60.974 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.446 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2098	1232	5.166 %
R_work	0.1499	22616	-
all	0.153	-	-
obs	-	23848	67.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.956 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.043 Å²	-0 Å²	0.032 Å²
2-	-	-0.159 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.462→60.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1431	0	50	119	1600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.175	1.852	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.779	1.765	3242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.404	5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.534	7.917	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.374	10	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.766	10	70
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.013	0.02	325
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	1229
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	813
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.117	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.314	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.242	2.252	702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	8.198	2.251	702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.452	4.038	874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.454	4.038	875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.517	2.803	815
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.512	2.803	816
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	17.478	4.922	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	17.471	4.934	1181
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.876	26.531	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.804	25.625	1726
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.386	3	2910

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
1.462-1.5	0.005	1	0.241	51	0.235	2546	0.959	2.0424	0.238
1.5-1.541	0.1	4	0.194	154	0.191	2526	0.97	6.2549	0.188	0.991
1.541-1.586	0.296	19	0.201	321	0.206	2441	0.97	13.9287	0.194	0.929
1.586-1.634	0.223	39	0.199	545	0.201	2362	0.969	24.7248	0.185	0.959
1.634-1.688	0.225	58	0.199	968	0.2	2294	0.971	44.7254	0.182	0.964
1.688-1.747	0.244	74	0.172	1385	0.176	2252	0.978	64.7869	0.156	0.961
1.747-1.813	0.239	77	0.159	1689	0.163	2140	0.983	82.5234	0.141	0.964
1.813-1.887	0.181	111	0.138	1928	0.141	2072	0.987	98.4073	0.118	0.978
1.887-1.971	0.226	92	0.13	1888	0.135	1980	0.985	100	0.114	0.956
1.971-2.067	0.21	97	0.121	1778	0.125	1876	0.991	99.9467	0.109	0.969
2.067-2.178	0.221	101	0.115	1726	0.12	1827	0.992	100	0.105	0.967
2.178-2.31	0.198	89	0.117	1620	0.121	1712	0.992	99.8248	0.109	0.977
2.31-2.47	0.19	75	0.13	1544	0.133	1622	0.989	99.815	0.125	0.976
2.47-2.667	0.223	68	0.141	1438	0.144	1507	0.988	99.9336	0.142	0.976
2.667-2.921	0.222	75	0.157	1315	0.161	1390	0.984	100	0.164	0.97
2.921-3.265	0.21	79	0.178	1197	0.18	1277	0.98	99.9217	0.191	0.97
3.265-3.768	0.197	51	0.155	1063	0.157	1117	0.987	99.7314	0.175	0.981
3.768-4.611	0.186	50	0.137	889	0.14	939	0.988	100	0.171	0.976
4.611-6.502	0.226	48	0.186	705	0.188	755	0.981	99.7351	0.229	0.968
6.502-60.974	0.219	24	0.193	411	0.194	436	0.977	99.7706	0.275	0.97

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