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- PDB-9gck: yeast TFIIIC TauA subcomplex bound to a tRNA gene -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gck
タイトルyeast TFIIIC TauA subcomplex bound to a tRNA gene
要素
  • (DNA (45-MER)) x 2
  • (Transcription factor tau ...) x 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / A-box / tRNA gene
機能・相同性
機能・相同性情報


5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / phosphatase activity / transcription by RNA polymerase III / protein localization to chromatin / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm ...5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / phosphatase activity / transcription by RNA polymerase III / protein localization to chromatin / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor tau subunit sfc3/Tfc3, C-terminal / : / Family of unknown function (DUF6581) / Transcription factor tau 138 kDa subunit, extended winged helix / Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain ...Transcription factor tau subunit sfc3/Tfc3, C-terminal / : / Family of unknown function (DUF6581) / Transcription factor tau 138 kDa subunit, extended winged helix / Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain / B-block binding subunit of TFIIIC / Tfc3, extended winged-helix domain / Transcription facto Tfc3-like / B-block binding subunit of TFIIIC / : / Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor tau 95 kDa subunit / Transcription factor tau 131 kDa subunit / Transcription factor tau 138 kDa subunit / Transcription factor tau 55 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Seifert-Davila, W. / Girbig, M. / Hauptmann, L. / Hoffmann, T. / Eustermann, S. / Mueller, C. / Chaban, A. / Duss, O. / Baudin, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Structural and kinetic insights into tRNA promoter engagement by yeast general transcription factor TFIIIC.
著者: Wolfram Seifert-Dávila / Anastasiia Chaban / Florence Baudin / Mathias Girbig / Luis Hauptmann / Thomas Hoffmann / Olivier Duss / Sebastian Eustermann / Christoph W Müller /
要旨: Transcription of transfer RNA (tRNA) genes by RNA polymerase (Pol) III requires the general transcription factor IIIC (TFIIIC), which recognizes intragenic A-box and B-box DNA motifs of type II ...Transcription of transfer RNA (tRNA) genes by RNA polymerase (Pol) III requires the general transcription factor IIIC (TFIIIC), which recognizes intragenic A-box and B-box DNA motifs of type II gene promoters. However, the underlying mechanism has remained elusive, in part due to missing structural information for A-box recognition. In this study, we use single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and single-molecule fluorescence resonance energy transfer (smFRET) to reveal structural and real-time kinetic insights into how the 520-kDa yeast TFIIIC complex engages A-box and B-box DNA motifs in the context of a tRNA gene promoter. Cryo-EM structures of τA and τB subcomplexes bound to the A-box and B-box were obtained at 3.7 and 2.5 Å resolution, respectively, while cryo-EM single-particle mapping determined the specific distance and relative orientation of the τA and τB subcomplexes revealing a fully engaged state of TFIIIC. smFRET experiments show that overall recruitment and residence times of TFIIIC on a tRNA gene are primarily governed by B-box recognition, while footprinting experiments suggest a key role of τA and the A-box in TFIIIB and Pol III recruitment following TFIIIC recognition of type II promoters.
履歴
登録2024年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.22025年1月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.year ..._citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor tau 138 kDa subunit
B: Transcription factor tau 131 kDa subunit
C: Transcription factor tau 95 kDa subunit
D: Transcription factor tau 55 kDa subunit
E: DNA (45-MER)
F: DNA (45-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,3086
ポリマ－403,3086
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Transcription factor tau ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Transcription factor tau 138 kDa subunit / TFIIIC 138 kDa subunit / Transcription factor C subunit 3


分子量: 136602.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC3, TSV115, YAL001C, FUN24
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P34111
#2: タンパク質 Transcription factor tau 131 kDa subunit / TFIIIC 131 kDa subunit / Transcription factor C subunit 4


分子量: 120746.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC4, PCF1, YGR047C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P33339
#3: タンパク質 Transcription factor tau 95 kDa subunit / TFIIIC 95 kDa subunit / Transcription factor C subunit 1


分子量: 69066.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC1, YBR123C, YBR0919
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32367
#4: タンパク質 Transcription factor tau 55 kDa subunit / TFIIIC 55 kDa subunit / Transcription factor C subunit 7


分子量: 49198.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC7, YOR110W, O3234, YOR3234w
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12415

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#5: DNA鎖 DNA (45-MER)


分子量: 13643.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#6: DNA鎖 DNA (45-MER)


分子量: 14049.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Yeast TFIIIC TauA monomer bound to a tRNA geneCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Transcription factor tauCOMPLEX#1-#41RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
33Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 39.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
詳細: dataset1: 39.6 dataset2: 43.6 dataset3: 43.2 dataset4: 43.2 dataset5: 44.4

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114621 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.7→3.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / SU B: 57.24 / SU ML: 0.786 / ESU R: 0.803
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.46105 --
obs0.46105 98925 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 247.984 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 12301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.01312752
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0030.01611267
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.8281.65817638
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.3011.57926046
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg9.6251280
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg33.40122.434567
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.521151966
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg17.2761569
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.1130.21738
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0090.0212936
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.022720
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it24.7223.6055141
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other24.71523.6035140
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it40.04435.256414
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other40.04535.2516415
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it20.0729.3777611
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other20.0729.3777611
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other34.14143.89711225
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined62.87451008
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other62.87351009
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.435 7355 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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