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- PDB-9gci: The crystal structure of beta-glucosidase from the thermophilic b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gci
タイトルThe crystal structure of beta-glucosidase from the thermophilic bacterium Caldicellulosiruptor saccharolyticus determined at 1.47 A resolution
要素beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Biocatalysis / beta-glucosidase / Caldicellulosiruptor saccharolyticus
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Chrysina, E.D. / Sotiropoulou, A.I.
資金援助 ギリシャ, European Union, 4件
組織認可番号国
Other governmentMIS 5000432 ギリシャ
Other governmentMIS 5002550 ギリシャ
European Commission653706European Union
European Commission871037European Union
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Structural studies of beta-glucosidase from the thermophilic bacterium Caldicellulosiruptor saccharolyticus.
著者: Sotiropoulou, A.I. / Hatzinikolaou, D.G. / Chrysina, E.D.
履歴
登録2024年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-glucosidase
B: beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,99220
ポリマ－108,2372
非ポリマー1,75518
水14,934829
1
A: beta-glucosidase
ヘテロ分子

B: beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,99220
ポリマ－108,2372
非ポリマー1,75518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.443, 98.718, 80.493
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.487, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 beta-glucosidase


分子量: 54118.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The actual sequence of the enzyme is deposited with Uniprotkb with entry code: A4XIG7_CALS8 (https://www.uniprot.org/uniprotkb/A4XIG7/entry) In the present structure, additional amino acids ...詳細: The actual sequence of the enzyme is deposited with Uniprotkb with entry code: A4XIG7_CALS8 (https://www.uniprot.org/uniprotkb/A4XIG7/entry) In the present structure, additional amino acids were incorporated at the N-terminus of Bgl1 (chain A) that correspond to the translated sequence of the pET15b plasmid between the thrombin cleavage site and the gene insertion point (BamHI) (residues SHMLEDP).
由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
遺伝子: Csac_1089
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A4XIG7, beta-glucosidase

-
非ポリマー , 7種, 847分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 % / 解説: Thin plates
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→67.86 Å / Num. obs: 173397 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 9.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8680 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.574 / Rrim(I) all: 0.627 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→55.442 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.173 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1735 8764 5.055 %
Rwork0.153 164604 -
all0.154 --
obs-173368 96.419 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.151 Å2-0 Å2-0.276 Å2
2--0.717 Å20 Å2
3----0.477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→55.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7596 0 111 829 8536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0127924
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0167335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.6610696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4561.58416889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1465914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.246534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.909101331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg16.2610410
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021937
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21545
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.26788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.23883
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.23824
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2120.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2170.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9161.2483650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9151.2483650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4122.2414560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4122.2424561
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it21.5234274
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other21.5234275
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2122.6536134
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2122.6536135
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.46415.559351
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.27513.7099151
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.47-1.5080.2826780.261121990.262132050.9450.95397.51610.256
1.508-1.5490.2686180.246116470.247129310.9540.9694.84960.237
1.549-1.5940.2296010.218117120.219125970.9650.96897.74550.206
1.594-1.6430.2176110.201114060.202122110.970.97398.41130.186
1.643-1.6970.2115930.186109920.187118070.9710.97798.11980.169
1.697-1.7570.1935770.168106240.169114510.9770.98297.81680.151
1.757-1.8230.1775450.159100550.16110390.980.98496.02320.143
1.823-1.8970.1825270.14997370.151106480.9790.98696.39370.134
1.897-1.9820.1714870.14594090.146101580.9820.98797.42080.132
1.982-2.0780.1574690.13890590.13997980.9850.98997.24430.128
2.078-2.190.1564110.13986280.13992790.9860.98997.41350.131
2.19-2.3230.1644780.13379040.13587600.9830.9995.68490.128
2.323-2.4830.1573840.12575580.12682650.9860.99196.0920.122
2.483-2.6820.1563620.12970790.1377050.9840.9996.57370.126
2.682-2.9370.163320.13464590.13570880.9850.98995.80980.135
2.937-3.2820.1573080.14157830.14264270.9840.98894.7720.146
3.282-3.7880.1442660.13850730.13956950.9870.98893.74890.15
3.788-4.6340.1432360.12942260.1347950.9890.99193.05530.147
4.634-6.530.1961880.16832180.1737480.9830.98990.87510.188
6.53-55.4420.159930.17518350.17421290.9890.98790.55890.202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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