PDB-9gci: The crystal structure of beta-glucosidase from the thermophilic b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9gci

タイトル

The crystal structure of beta-glucosidase from the thermophilic bacterium Caldicellulosiruptor saccharolyticus determined at 1.47 A resolution

要素

beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / Biocatalysis / beta-glucosidase / Caldicellulosiruptor saccharolyticus

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Chrysina, E.D. / Sotiropoulou, A.I.

資金援助

ギリシャ, European Union, 4件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Structural studies of beta-glucosidase from the thermophilic bacterium Caldicellulosiruptor saccharolyticus.
著者: Sotiropoulou, A.I. / Hatzinikolaou, D.G. / Chrysina, E.D.

履歴

登録	2024年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9gci.cif.gz	394.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9gci.ent.gz	311.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9gci.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/9gci	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9gcjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: beta-glucosidase

B: beta-glucosidase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: beta-glucosidase

ヘテロ分子

B: beta-glucosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.443, 98.718, 80.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.487, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	beta-glucosidase 分子量: 54118.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The actual sequence of the enzyme is deposited with Uniprotkb with entry code: A4XIG7_CALS8 (https://www.uniprot.org/uniprotkb/A4XIG7/entry) In the present structure, additional amino acids ...詳細: The actual sequence of the enzyme is deposited with Uniprotkb with entry code: A4XIG7_CALS8 (https://www.uniprot.org/uniprotkb/A4XIG7/entry) In the present structure, additional amino acids were incorporated at the N-terminus of Bgl1 (chain A) that correspond to the translated sequence of the pET15b plasmid between the thrombin cleavage site and the gene insertion point (BamHI) (residues SHMLEDP). 由来: (組換発現) Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア) 遺伝子: Csac_1089 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A4XIG7, beta-glucosidase

#1: タンパク質

beta-glucosidase

分子量: 54118.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The actual sequence of the enzyme is deposited with Uniprotkb with entry code: A4XIG7_CALS8 (https://www.uniprot.org/uniprotkb/A4XIG7/entry) In the present structure, additional amino acids ...
由来: (組換発現)

Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 (バクテリア)
遺伝子: Csac_1089
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A4XIG7, beta-glucosidase

-
非ポリマー , 7種, 847分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.62 % / 解説: Thin plates
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→67.86 Å / Num. obs: 173397 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 9.9 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.47→1.5 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 8680 / CC_1/2: 0.668 / R_pim(I) all: 0.574 / R_rim(I) all: 0.627 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.47→55.442 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.173 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.06 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1735	8764	5.055 %
R_work	0.153	164604	-
all	0.154	-	-
obs	-	173368	96.419 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.622 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.151 Å²	-0 Å²	-0.276 Å²
2-	-	0.717 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.477 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→55.442 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7596	0	111	829	8536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	7924
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7335
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.289	1.66	10696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.456	1.584	16889
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.146	5	914
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.246	5	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.909	10	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.26	10	410
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	6788
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	3883
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3824
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.212	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.916	1.248	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.915	1.248	3650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.412	2.241	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.412	2.242	4561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2	1.523	4274
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2	1.523	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.212	2.653	6134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.212	2.653	6135
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.464	15.55	9351
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.275	13.709	9151

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.47-1.508	0.282	678	0.261	12199	0.262	13205	0.945	0.953	97.5161	0.256
1.508-1.549	0.268	618	0.246	11647	0.247	12931	0.954	0.96	94.8496	0.237
1.549-1.594	0.229	601	0.218	11712	0.219	12597	0.965	0.968	97.7455	0.206
1.594-1.643	0.217	611	0.201	11406	0.202	12211	0.97	0.973	98.4113	0.186
1.643-1.697	0.211	593	0.186	10992	0.187	11807	0.971	0.977	98.1198	0.169
1.697-1.757	0.193	577	0.168	10624	0.169	11451	0.977	0.982	97.8168	0.151
1.757-1.823	0.177	545	0.159	10055	0.16	11039	0.98	0.984	96.0232	0.143
1.823-1.897	0.182	527	0.149	9737	0.151	10648	0.979	0.986	96.3937	0.134
1.897-1.982	0.171	487	0.145	9409	0.146	10158	0.982	0.987	97.4208	0.132
1.982-2.078	0.157	469	0.138	9059	0.139	9798	0.985	0.989	97.2443	0.128
2.078-2.19	0.156	411	0.139	8628	0.139	9279	0.986	0.989	97.4135	0.131
2.19-2.323	0.164	478	0.133	7904	0.135	8760	0.983	0.99	95.6849	0.128
2.323-2.483	0.157	384	0.125	7558	0.126	8265	0.986	0.991	96.092	0.122
2.483-2.682	0.156	362	0.129	7079	0.13	7705	0.984	0.99	96.5737	0.126
2.682-2.937	0.16	332	0.134	6459	0.135	7088	0.985	0.989	95.8098	0.135
2.937-3.282	0.157	308	0.141	5783	0.142	6427	0.984	0.988	94.772	0.146
3.282-3.788	0.144	266	0.138	5073	0.139	5695	0.987	0.988	93.7489	0.15
3.788-4.634	0.143	236	0.129	4226	0.13	4795	0.989	0.991	93.0553	0.147
4.634-6.53	0.196	188	0.168	3218	0.17	3748	0.983	0.989	90.8751	0.188
6.53-55.442	0.159	93	0.175	1835	0.174	2129	0.989	0.987	90.5589	0.202

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