[日本語] English
万見
- PDB-9gbe: Structure of Human Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK) harboring the... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gbe
タイトルStructure of Human Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK) harboring the G1202R/L1196M Compound Mutation in Complex with NVL-655
要素ALK tyrosine kinase receptor
キーワードONCOPROTEIN / ALK / Tyrosine Kinase Inhibitor / Resistance / NVL-655
機能・相同性
機能・相同性情報


ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway ...ASP-3026-resistant ALK mutants / NVP-TAE684-resistant ALK mutants / alectinib-resistant ALK mutants / brigatinib-resistant ALK mutants / ceritinib-resistant ALK mutants / crizotinib-resistant ALK mutants / lorlatinib-resistant ALK mutants / MDK and PTN in ALK signaling / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / regulation of dopamine receptor signaling pathway / response to environmental enrichment / ALK mutants bind TKIs / swimming behavior / phosphorylation / positive regulation of dendrite development / regulation of neuron differentiation / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / Signaling by ALK / response to stress / adult behavior / energy homeostasis / neuron development / negative regulation of lipid catabolic process / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / hippocampus development / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / heparin binding / regulation of cell population proliferation / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / receptor complex / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / ALK/LTK, Glycine-rich domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily ...: / ALK/LTK, Glycine-rich domain / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ALK tyrosine kinase receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Mente, S. / Horan, J.C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2024
タイトル: NVL-655 Is a Selective and Brain-Penetrant Inhibitor of Diverse ALK-Mutant Oncoproteins, Including Lorlatinib-Resistant Compound Mutations.
著者: Lin, J.J. / Horan, J.C. / Tangpeerachaikul, A. / Swalduz, A. / Valdivia, A. / Johnson, M.L. / Besse, B. / Camidge, D.R. / Fujino, T. / Yoda, S. / Nguyen-Phuong, L. / Mizuta, H. / Bigot, L. / ...著者: Lin, J.J. / Horan, J.C. / Tangpeerachaikul, A. / Swalduz, A. / Valdivia, A. / Johnson, M.L. / Besse, B. / Camidge, D.R. / Fujino, T. / Yoda, S. / Nguyen-Phuong, L. / Mizuta, H. / Bigot, L. / Nobre, C. / Lee, J.B. / Yu, M.R. / Mente, S. / Sun, Y. / Kohl, N.E. / Porter, J.R. / Shair, M.D. / Zhu, V.W. / Felip, E. / Cho, B.C. / Friboulet, L. / Hata, A.N. / Pelish, H.E. / Drilon, A.
履歴
登録2024年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年12月11日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ALK tyrosine kinase receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3862
ポリマ－38,9331
非ポリマー4531
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.525, 57.198, 105.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 ALK tyrosine kinase receptor / Anaplastic lymphoma kinase


分子量: 38932.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UM73, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1IJ8 / NVL-655 / (14R)-5-Chloro-7-ethyl-16-fluoro-2,14-dihydro-2,14-dimethyl-7H-8,12-metheno-4H-dipyrazolo[3,4-h:4',3'-k][2,5]benzoxaazacyclotetradecin-11-amine / 7H-8,12-Metheno-4H-dipyrazolo[3,4-h:4',3'-k][2,5]benzoxaazacyclotetradecin- 11-amine, 5-chloro-7-ethyl-16-fluoro-2,14-dihydro- 2,14-dimethyl-, (14R)-


分子量: 452.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22ClFN6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16-22% (w/v) PEG3350 pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.578→52.615 Å / Num. obs: 43503 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.578→1.606 Å / Num. unique obs: 14849 / CC1/2: 0.751

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
autoPROCデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.58→52.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 6.212 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2236 3937 9.1 %RANDOM
Rwork0.1827 ---
obs0.1863 39564 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 135.53 Å2 / Biso mean: 40.695 Å2 / Biso min: 17.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.83 Å20 Å2
3---4.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→52.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2401 0 32 211 2644
Biso mean--34 46.28 -
残基数----304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0132608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4551.6653573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31.5785631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3065336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.99221.76125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51915426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7881517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.422.5251302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4112.5241301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6294.2121652
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.619 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 283 -
Rwork0.376 2878 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2027-0.40130.09252.7111.41433.7047-0.0522-0.2129-0.02410.20180.0119-0.0348-0.21430.00840.04040.19930.04260.0230.26730.04710.0512-20.68923.347-8.689
22.5526-0.68180.15893.2187-0.21911.41180.0282-0.0785-0.05820.16580.04290.15510.00870.0613-0.0710.08660.00080.01090.21170.01380.0114-9.8833.48-21.117
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1086 - 1401
2X-RAY DIFFRACTION2A1501

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る