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- PDB-9gau: Sumo-Darpin-C10-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9gau
タイトルSumo-Darpin-C10-complex
要素
  • DARPin
  • Ubiquitin-like protein SMT3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Sumo / Darpin / Ankyrin repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Wolf, E. / Cakilkaya, B. / Boergel, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Custom affinity probes reveal DNA-damage-induced, ssDNA-independent chromatin SUMOylation in budding yeast.
著者: Troster, V. / Wong, R.P. / Borgel, A. / Cakilkaya, B. / Renz, C. / Mockel, M.M. / Eifler-Olivi, K. / Marinho, J. / Reinberg, T. / Furler, S. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Wolf, E. / Ulrich, H.D.
履歴
登録2024年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DARPin
B: Ubiquitin-like protein SMT3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1502
ポリマ－22,1502
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.461, 44.687, 47.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.760, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 DARPin


分子量: 13211.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3


分子量: 8938.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12306
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Bis-Tris. 16% (v/v)PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→47.05 Å / Num. obs: 5539 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / CC1/2: 0.974 / Rmerge(I) obs: 0.293 / Rpim(I) all: 0.144 / Rrim(I) all: 0.329 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.64→2.77 Å / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 1.614 / Num. measured all: 3612 / Num. unique obs: 695 / CC1/2: 0.401 / Rpim(I) all: 0.776 / Rrim(I) all: 1.798 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
pointlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.64→47.05 Å / SU ML: 0.3983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.1653
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2883 554 10.02 %
Rwork0.233 4977 -
obs0.2385 5531 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.64→47.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1506 0 0 31 1537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221527
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58912070
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0407241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.3494208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.64-2.910.3721330.30321190X-RAY DIFFRACTION96.29
2.91-3.330.3041370.28221241X-RAY DIFFRACTION98.57
3.33-4.190.31651420.21681270X-RAY DIFFRACTION99.86
4.19-47.050.23621420.20521276X-RAY DIFFRACTION97.73
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.337516148411.40327772653-0.4796979281224.463300160684.406406602194.769763632380.735162439795-0.888779404394-0.7538755258752.26521901186-0.8045807130130.9320644279660.56004745063-0.3041165275840.1533516921330.8535911772560.008614967449550.06961138648920.449771811526-0.05320403071560.49274708520429.8224807361-17.26954040147.2515449984
25.383137911533.772099261751.295256160476.772595988772.399065360562.79908912903-0.913224193283-0.100913779472-0.263895659467-0.9784083395160.465989780776-0.0334062209562-0.314896063329-0.5169913243460.3024670218510.6859798735770.0654925985728-0.07438360433630.5757895829730.01903430509020.3134719955937.9492823854-17.68280189222.61103413085
33.03959042045-1.02423246715-1.444240908665.238610478910.2152660430665.370217220550.6524220459030.5278297011650.379083312791-0.514318733404-0.0288938125799-0.278562275639-0.0256619470469-0.0346443288982-0.5634006526720.4045814918970.0780126882441-0.01165262433480.319380106463-0.01714917052490.40848302098725.2669405094-9.925094548295.40757841965
45.270340652873.296118300664.75062674672.448426968473.152173363234.361379493810.359473537502-1.588178708060.4639225766520.645476739844-0.2205409160030.1945972241820.122918878494-0.930322546735-0.2471271138310.5413490681840.04668552251640.004943128055840.4584621147050.03172546662670.38204803557433.7047693934-6.3418108178910.4528316133
55.589068433191.620666904114.242514417067.907520399531.542203346153.47107621740.4637725175380.8076930214572.19430818069-0.11127475545-0.2169563462040.320720602843-0.01116070066250.605179437202-0.3850113195330.4190283251590.004540559067350.04517452943270.486674182286-0.02978610940330.63056884700539.7356531174-6.937721347782.51215790723
66.48101559962-3.76464907452-6.089782139224.888868547174.797419344826.3225673570.5960308379581.158516365580.708618317705-0.0179886665946-0.510288611233-0.0911960605384-0.261632211977-0.305017939860.0004212084802050.5585926814880.1494232932050.02342442975510.5503995081890.09182435970730.28317596174525.7116531348-0.9381116317925.70411494389
74.98394088891-4.13965099275-4.931709536317.649538479083.297245147575.58589363995-1.13601423371-1.421075204891.010048445570.4103524267380.603282285389-1.82650975286-0.3701434120181.52197969470.2378475562370.54503225240.167018210274-0.07847680260160.599007219673-0.08312797608020.73988754608633.5340527642.2956420227712.8632408786
86.211335805091.34839358024-1.563932053632.84649459355-0.6364588139118.314909875660.773068729777-0.1946253314140.9115036333850.7109872445060.0504673387762-0.474609743585-0.6960620230191.24199184073-0.504280400130.507517548828-0.0395291955512-0.04466579191070.4368791629270.03711753076560.5564903044540.35929448463.292777394694.87460067237
99.47979220571-4.8223200433-5.212247469944.354473589473.242319759423.425811491280.713935747926-0.05202379292042.61707832877-0.3881841102750.142384947041-1.03271837811-0.6135156736620.9125265326070.1122387786050.5381937196910.0011247837602-0.05040190142730.3861443067950.03644499929290.46954941285128.3850338068.702573755949.88638381088
107.27188404583-3.39136136745-4.661587957997.98267605350.3881662884633.49099555406-0.128359606401-1.000997774552.283766544540.519686678780.675907018009-1.85491840377-1.714649100571.49331134777-0.3110763928480.68727559727-0.08946529792420.1008727229250.494016063749-0.2470949278911.511382578539.87886724211.224535602511.7708080037
114.55043024523-2.11232024039-0.592613237566.05612702005-1.268625371210.590498121368-0.4009236358920.01699365461780.5721095178920.5473575227360.270878504785-1.03920235386-0.05391903114070.1516409918670.1518186547320.6005137789160.109397117893-0.1131801461730.391382176013-0.1192687015390.4016759400117.13282137182.9714468983318.9175707832
126.85206474121-3.874830931990.07926804179142.66170304091-1.899594752338.71064965919-0.0428727927541.048843441560.703052106801-0.192893337577-0.553215001739-0.331984674063-0.922097442714-0.56052480340.3325867640190.646231390256-0.03285048814330.06159906907870.554063084499-0.02177685089350.37527422963711.052215121410.357145815713.2022192858
137.97105994134-2.502729651770.9045203069448.1585439792-0.3974011336750.105955502373-0.1784586966540.8530830064580.893091308132-0.1111948586510.639416140869-0.669879946233-0.812100178388-0.727430062427-0.1868201287290.59425940426-0.00529377294747-0.04510772204230.5639714403970.0149435019660.1833918221563.8493270780211.138596579316.5410276669
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 14 through 26 )AA14 - 261 - 13
22chain 'A' and (resid 27 through 38 )AA27 - 3814 - 25
33chain 'A' and (resid 39 through 51 )AA39 - 5126 - 38
44chain 'A' and (resid 52 through 61 )AA52 - 6139 - 48
55chain 'A' and (resid 62 through 70 )AA62 - 7049 - 57
66chain 'A' and (resid 71 through 84 )AA71 - 8458 - 71
77chain 'A' and (resid 85 through 95 )AA85 - 9572 - 82
88chain 'A' and (resid 96 through 104 )AA96 - 10483 - 91
99chain 'A' and (resid 105 through 126 )AA105 - 12692 - 113
1010chain 'A' and (resid 127 through 136 )AA127 - 136114 - 123
1111chain 'B' and (resid 21 through 45 )BB21 - 451 - 25
1212chain 'B' and (resid 46 through 56 )BB46 - 5626 - 36
1313chain 'B' and (resid 57 through 66 )BB57 - 6637 - 46
1414chain 'B' and (resid 67 through 81 )BB67 - 8147 - 61
1515chain 'B' and (resid 82 through 96 )BB82 - 9662 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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