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- PDB-9g8i: Sumo-Darpin-A10-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g8i
タイトルSumo-Darpin-A10-complex
要素
  • DARPin
  • Ubiquitin-like protein SMT3
キーワードSIGNALING PROTEIN / ankyrin repeat / sumo
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Cakilkaya, B. / Wolf, E. / Boergel, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Custom affinity probes reveal DNA-damage-induced, ssDNA-independent chromatin SUMOylation in budding yeast.
著者: Troster, V. / Wong, R.P. / Borgel, A. / Cakilkaya, B. / Renz, C. / Mockel, M.M. / Eifler-Olivi, K. / Marinho, J. / Reinberg, T. / Furler, S. / Schaefer, J.V. / Pluckthun, A. / Wolf, E. / Ulrich, H.D.
履歴
登録2024年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02025年6月11日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_ref_seq / symmetry
Item: _cell.volume / _entity.formula_weight ..._cell.volume / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.version / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Model orientation/position / 詳細: C terminus of DARPin structures are re-refined. / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DARPin
C: Ubiquitin-like protein SMT3
B: DARPin
D: Ubiquitin-like protein SMT3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2944
ポリマ－51,2944
非ポリマー00
水1,00956
1
A: DARPin
C: Ubiquitin-like protein SMT3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6472
ポリマ－25,6472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DARPin
D: Ubiquitin-like protein SMT3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6472
ポリマ－25,6472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.972, 94.747, 120.957
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DARPin


分子量: 16821.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3


分子量: 8824.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12306
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris pH 6.5, 23% (v/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→47.37 Å / Num. obs: 17608 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 61.58 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 17.7 / Num. measured all: 229854
反射 シェル解像度: 2.51→2.61 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 1.496 / Num. measured all: 24989 / Num. unique obs: 1948 / CC1/2: 0.897 / Rpim(I) all: 0.433 / Rrim(I) all: 1.558 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
pointlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→44.11 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.16 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3015 1744 9.97 %
Rwork0.2428 --
obs0.2486 17493 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→44.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3450 0 0 56 3506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5924759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.856477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.580.45051400.35191262X-RAY DIFFRACTION99
2.58-2.670.3941440.34431304X-RAY DIFFRACTION99
2.67-2.760.44931400.36781267X-RAY DIFFRACTION99
2.76-2.870.41711430.36081301X-RAY DIFFRACTION99
2.87-30.3271410.31711282X-RAY DIFFRACTION100
3-3.160.36761430.29851295X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.360.3691460.29411305X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.620.3261450.27821311X-RAY DIFFRACTION100
3.62-3.980.29631470.20811315X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.560.24991480.19231334X-RAY DIFFRACTION100
4.56-5.740.24531490.21151346X-RAY DIFFRACTION100
5.75-44.110.26951580.21121427X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7408-0.01572.27919.95090.37517.5294-0.3744-1.0914-0.090.74381.1518-2.36591.151.3021-0.75391.16020.6351-0.38061.5864-0.44380.9342-7.3136-21.2735-3.9822
27.562-4.2207-4.153.30190.98164.17440.82320.5369-0.97760.8459-0.60941.24232.7922-0.0339-0.33730.99890.0823-0.21480.7882-0.10880.6591-15.8494-18.40381.4544
33.06950.13350.83166.82031.31767.9379-0.1260.0927-0.029-0.2991-0.16180.26550.2238-0.210.31350.4660.1637-0.0930.9216-0.08030.4486-14.8736-5.5668-3.1961
45.0492-1.1161-1.76556.64070.48198.651-0.1412-0.09760.4294-0.4704-0.44070.8064-0.8577-0.57160.63050.68940.1335-0.19350.9016-0.14910.5679-16.08638.68960.0489
56.2127-5.5731-0.82519.34022.38745.5008-0.2107-0.29471.80531.45030.4522-1.2185-0.67732.0538-0.38030.8168-0.0157-0.27771.0722-0.17610.8878-10.266316.01053.6672
63.08232.6129-1.26923.5689-2.52262.0822-0.6331-1.16872.0809-0.567-0.1064-0.3362-0.16420.38960.89391.00010.0525-0.28750.8262-0.21890.4974-14.639218.2771-4.6912
71.1026-1.1720.9192.33280.69798.1145-0.0170.72110.0184-0.20290.15260.0930.5793-0.716-0.01140.67760.1074-0.22541.1663-0.00180.6827-1.7706-1.93294.7067
89.15743.6821-0.16066.1469-3.40543.9014-0.1262-0.92860.32970.71510.3602-0.1578-0.619-0.6194-0.24580.66620.0482-0.02810.9534-0.11570.4847-5.92334.79519.8117
94.91561.18540.61413.5938-3.55975.33290.0167-1.6191.00290.725-0.2336-0.3132-0.5298-0.2750.21990.67980.0121-0.08071.1316-0.17270.5731-1.50322.609817.4155
104.33573.3730.83636.15380.19618.32670.0351-0.367-0.2806-0.1525-0.3239-0.4263-0.45070.85320.24860.48640.0745-0.14221.0672-0.0550.60772.5586-1.002512.5517
115.6209-1.81372.89467.89970.27327.20971.7716-0.32941.19320.3501-0.092-1.5278-1.21151.4286-1.12681.0714-0.48920.34931.9936-0.06660.529812.40437.094534.6269
124.05442.60014.32839.67712.58266.91380.3157-0.55761.08031.1412-0.31860.6943-1.16960.69550.10750.9306-0.0880.26441.1371-0.14770.83278.76176.040237.0502
132.2009-0.094-2.83348.61684.90318.52640.5437-2.08820.85110.96580.2474-0.5234-0.24580.5519-0.8080.70910.06940.0121.1894-0.13660.477611.6127-2.610940.5396
147.44580.2968-6.99298.30682.42337.7385-0.6297-0.5062-0.14560.70710.09030.55230.08-0.41310.52630.45740.08330.06351.0950.08690.60636.4543-8.779438.0312
153.62930.1725-3.06263.36591.52787.8112-0.352-0.575-0.09950.754-0.25870.7310.751-0.96060.69320.5445-0.11290.16471.07850.00050.65034.6704-17.151233.4352
165.58342.142-4.02796.59711.95278.67790.0749-0.6508-0.87081.694-0.9343-0.26411.4040.92320.8580.97530.19060.19191.03130.22880.77418.5464-21.741743.3326
175.64786.5085-5.40737.9458-6.4175.31320.2091-0.7010.2079-0.07380.65180.6497-0.98881.7349-1.03280.9417-0.14440.12111.0648-0.00270.69480.7729-24.778129.3429
186.4522-2.38964.41792.1105-0.84443.55980.34540.2023-3.3009-0.76310.9457-0.44460.3123.2434-1.0021.18630.25610.44461.49130.02281.3789.8475-29.229429.1544
191.7191-0.9434-2.51433.2392.19464.15151.34210.7054-1.6550.4703-0.1566-0.73341.38611.7029-1.14581.3813-0.1194-0.17321.06420.24281.045211.1152-31.187537.4488
207.04951.1046-0.65587.94761.5156.5193-0.3286-0.4743-0.73860.28260.341-0.02970.1251-0.34430.00040.4620.160.01540.8591-0.0330.486616.9373-14.76724.6932
217.57177.5336-6.11778.8658-7.91737.4505-1.08281.1336-0.5282-1.59831.2495-0.85872.0109-0.5315-0.17170.71010.25280.12031.3429-0.16120.641425.355-17.337317.7807
229.1367-2.28223.95097.8465-5.75599.04870.29370.52630.0673-0.4777-0.5089-0.40011.45121.86490.26970.59920.11720.07731.0079-0.20140.427824.4634-13.399622.4306
精密化 TLSグループ
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18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 151 through 159 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 160 through 168 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 21 through 66 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 67 through 76 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 77 through 95 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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